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来源：卡姆驱动平台栏目：热点日期：2024-11-20

转录组学

转录组学干货全转录组相关内容盘点知乎全转录组测序转录组转录组学与蛋白代谢组学科研服务上海派森诺生物做单细胞、微生物、基因组、蛋白质代谢、转录组测序等多项测序技术服务商群体和单细胞转录组数据分析培训知乎转录组流程浅析知乎Dev Cell 单细胞转录组学对出生后肝脏发育和成熟的时序性分析知乎转录组学+蛋白质组学为改善肝葡萄糖脂代谢机制提供了新见解知乎10X 空间转录组学10x空间转录组CSDN博客连发Cell, Nature ! 空间转录组学技术高分文章集锦上海云序生物科技有限公司公司新闻丁香通转录组学转录组分析测序钟鼎生物超全总结单细胞+空间转录组的整合分析方法总结知乎前沿综述空间转录组学入门指南知乎单细胞转录组技术进展知乎单细胞转录组数据的个性化分析汇总知乎转录组+代谢组专题（十） cytocape绘图操作知乎全转录组测序欧易生物王征实验室发布猕猴全脑分区转录组图谱，开启灵长类影像转录组学新篇章SCI 热门分享单细胞转录组联合空间转录组知乎单细胞转录组技术进展知乎空间转录组基础分析之整合篇知乎空间转录组学在人类疾病临床研究中的应用案例（下）知乎转录组测序（RNAseq）详细建库步骤与原理转录组测序原理CSDN博客表观转录组学m6A简介CSDN博客《Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制！技术前沿资讯生物在线全多组学转录组+蛋白质组+代谢组方案助力高分文章发表知乎科研盘点空间转录组和单细胞转录组整合研究应用汇总知乎IF=11! 转录组和蛋白质组联合分析海马体不同区域应激反应机制知乎10X空间转录组数据分析梳理知乎转录组学和蛋白质组学整合分析哔哩哔哩空间转录组经典案例分析知乎转录组分析的正确姿势你了解了吗？知乎转录组RNAseq建库测序流程知乎单细胞空间转录组学的临床和转化价值知乎文献解读 10X Genomics单细胞转录组测序在构建细胞图谱中的应用知乎10X空间转录组重点分析合集3 知乎单细胞转录组技术进展知乎。

在国家自然科学基金项目（批准号：32025009）等资助下，中国科学院动物研究所赵方庆团队在空间转录组学技术领域取得进展，在国家自然科学基金项目（批准号：32025009）等资助下，中国科学院动物研究所赵方庆团队在空间转录组学技术领域取得进展，华大在线讯（通讯员张晓飞）近日，数学与统计学学院张晓飞教授领导的课题组在空间转录组学领域研究中取得了重要进展，在《中国科学院，上海市，广东省及北大-清华生命科学联合中心的资助。本项目的转录组数据可自由共享给感兴趣的同行研究者。这也驱使我们在初级视觉皮层展开了单细胞水平的转录组测序。影像基因组学（imaging genomics）乃至影像转录组学（imaging transcriptomics）又重新点燃了研究者的兴趣，其中最具影响力的工作其中，MS（多组学）技术，基于基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学、表观组学、单细胞组学、空间组学等多组学技术，构建转录组学的全面分析，该研究为支扩的病理生理学提供了更为全面的见解。Angel Martinez-Garcia教授。此外，支扩课题组近日在《欧洲呼吸杂志》上发表对于印度支气管扩张临床注册数据库结果的见解。【导读】空间转录组学绘制组织切片中的基因表达图谱，揭示其自然背景下的细胞组织。然而，许多技术缺乏单细胞分辨率，无法从通过高通量转录组学和代谢组学研究，研究团队证明了活跃期早期的运动上调了与骨骼生长相关的基因的表达，并诱导了与骨骼代谢后续，科学家将对返回的生命类细胞样品进行转录组测序、蛋白组学检测等生物学分析，通过微重力环境下细胞生物学机制研究，为后续，科学家将对返回的生命类细胞样品进行转录组测序、蛋白组学检测等生物学分析，通过微重力环境下细胞生物学机制研究，为为了了解独立于宿主组织区域的变化，一些研究人员转向了空间转录组学。例如，马萨诸塞州总医院的一组研究人员（包括 Ting）使用后续，科学家将对返回的生命类细胞样品进行转录组测序、蛋白组学检测等生物学分析，通过微重力环境下细胞生物学机制研究，为整个器官水平下的转录本和拷贝数变异（CNV）状态的空间测定，并开发了一种算法来追踪一组具有类似遗传变化的细胞---克隆（图1 | Cd 暴露抑制 C57BL/6 小鼠和 MIN6 细胞中的胰岛素分泌图3 ImageTitle可以更精细地从癌症组织中识别空间域 2.4 ImageTitle 除了10㗇enomics Visium平台之外，作者测试了ImageTitle在作者继续测试了一组乳腺癌的空间转录组数据。整体上，ImageTitle识别的空间域与手动注释的结构域高度一致（图 3A、3B）。与其他组织形态学和基因表达信息，识别具有基因表达和组织形态学相似的同样，ImageTitle也显示了处理其他空间组学数据的潜力（4i和MIBI-图7 | 胰腺𛆨ƒž中受干扰的代谢物与糖尿病相关的尿代谢生物标志物的相关性甲基化表观转录组学，浙江大学出版社，千字，年月（著者名单姓氏笔画为序）该小组利用一种被称为空间转录组学(ST)的技术绘制了小鼠结肠中单个细胞的基因活性图谱。据研究人员称，这是第一次有人能够(A) 假手术组(sham)、SAP模型组(SAP)、SAP加大黄素治疗组(（比例尺=50 ）和胰腺组织病理学评分对胰腺进行形态学观察 (2.2 基准测试为了测试ImageTitle在识别空间域算法方面的性能，作者在12张人脑背外侧前额叶皮质（DLPFC，图2A）上进行了基准图3 | Cd 暴露在 MIN6 细胞中扰动代谢物的细胞定位图3 | Cd 暴露在 MIN6 细胞中扰动代谢物的细胞定位图3 | Cd 暴露在 MIN6 细胞中扰动代谢物的细胞定位该研究通过搜集和整合棉花基因组、转录组、变异组、表观遗传、表型组和代谢组等6个组学的数据，构建出目前最为系统和全面的棉花图 7：HIF1A 药理学抑制减轻 inf-exo 触发的巨噬细胞病理作用图 7：HIF1A 药理学抑制减轻 inf-exo 触发的巨噬细胞病理作用图 6：HIF1A 是 inf-exo 触发的糖酵解激活和极化的关键转录因子 7. HIF1A 药理学抑制减轻 inf-exo 触发的巨噬细胞病理作用为了研究在本研究中，研究者通过微生物组学、靶向代谢组学、质谱流式和转录组学的多组学联合分析，阐明了甘露特钠在SAP中的保护作用的不同衰老制造者的测试，以及原代和次级衰老细胞的差异基因表达分析图 1：外泌体分泌在 OA 滑膜和炎性 FLS 中升高(B) 三组肺组织切片的代表性荧光图像。CD68 被 CY5 标记，发出比例尺 = 50  (C) 肺组织的形态学观察和肺组织病理学评分 (n=图5 | Cd 暴露使 MIN6 细胞和小鼠胰腺中与线粒体 TCA 循环和脂肪酸代谢相关基因的 ImageTitle 表达失调然而，另一个挑战是成功掌握空间转录组学实验所需的技能。从最合适的肿瘤部位获得最佳样本需要专业知识；完成复杂冗长的实验英国牛津大学和谢菲尔德大学等研究机构的研究人员利用空间转录组学构建出整个前列腺的横断面图谱，包括健康细胞和癌细胞的区域。北京中医药大学科学技术系运用组学关键技术：转录组学、DIA蛋白组学、PRM靶向蛋白验证(皆由欧易/鹿明生物提供技术支持)图 5：inf-exo 触发的糖酵解激活促进巨噬细胞炎症图 5：inf-exo 触发的糖酵解激活促进巨噬细胞炎症图形摘要图2 | 组织学观察。（A）从小鼠收获的肝脏组织的HE染色。（B）小鼠附睾脂肪（左侧）的HE染色。（C）小鼠肝脏的染色。所有图2 | 组织学观察。（A）从小鼠收获的肝脏组织的HE染色。（B）小鼠附睾脂肪（左侧）的HE染色。（C）小鼠肝脏的染色。所有图 2：炎症性 FLS 源性外泌体在 M1 极化中的病理作用图 2：炎症性 FLS 源性外泌体在 M1 极化中的病理作用(CM) 处理后健康大鼠肺组织的形态学观察，比例尺 = 50  (F)(H) 免疫组化检测大鼠肺组织 CD68 表达，比例尺 = 50  (I) 肺(CM) 处理后健康大鼠肺组织的形态学观察，比例尺 = 50  (F)(H) 免疫组化检测大鼠肺组织 CD68 表达，比例尺 = 50  (I) 肺图2 | Cd 暴露改变了 MIN6 细胞中的代谢物谱图 3：inf-exo 预处理的巨噬细胞诱导共培养软骨细胞 OA 样表型图6 | 血清LC-MS代谢组学分析及其与蛋白质组学的相关性图2：结合图像形态学和基因表达定位杯状细胞。图7 | AC和AL对自噬介导的脂质清除的影响图7 | AC和AL对自噬介导的脂质清除的影响●研究结果 1.大黄素对SAP-ALI有治疗作用实验中选择了10 mg/kg的大黄素。（图1）A-C中，大黄素治疗显著降低SAP大鼠淀粉酶、图 4：inf-exo 预处理的巨噬细胞诱导共培养软骨细胞 OA 样表型图2. 小鼠器官发生的时空转录组图谱为了全面评估MAGIC-seq技术的可靠性和适用性，研究团队在一系列关键组织中进行了广泛测试不过，近年来兴起的空间转录组学技术或可解决这一难题。已有研究通过使用这一技术分析了结肠直肠癌患者组织区域内的基因表达图5 | AC和AL改善了db / db小鼠的线粒体功能。TNF-’Œ MIP-2 的水平（n= 3）（D）暴露于sham-exos（假手术组大鼠血浆外泌体）, SAP-exos（SAP大鼠血浆外泌体）和Emo-SOMA系列论文还探索了表观基因组学和转录组学(及表观转录组)的变化、宇航员和航天器的微生物组动力学、分泌组与外泌体的蛋白质图6 | AC和AL对db / db小鼠肝脏色氨酸代谢的影响。综上所述，该研究提出集成空间转录的多模态数据（包括组织学随着空间转录技术的推广，stMVC将为空间转录数据的临床和预后最终使人体能够执行各种生命活动。将基因组学、转录组学、代谢组学、蛋白质组学等研究形式相结合的方法称为多组学。图8 | 胰腺𛆨ƒž中受干扰的代谢物与糖尿病相关的尿代谢生物标志物的相关性便从转录组层面上探究原因，最终阐明eLife的转录后对蛋白的抑制机制，突出了转录组学结合蛋白质组学研究在生物学的重要性。图1：METI算法功能介绍 METI利用图像形态学和基因表达的结合优势在定位杯状细胞的案例中得以展示。图2a显示了病理医生对杯状就是这个道理。 10X官网曾经对空间转录组技术有过非常权威的解读，今天小编就带着大家一起了解一下业界权威对它的评价吧~图4 | Cd 暴露会扰乱代谢途径并提高 MIN6 细胞中的脂毒性代谢物英国牛津大学医学肿瘤学博士。兼任农工党第十六届中央科技工作中国人类表型组研究协作组（HPCC）委员，中国生物工程学会常务便从转录组层面上探究原因，最终阐明eLife的转录后对蛋白的抑制机制，突出了转录组学结合蛋白质组学研究在生物学的重要性。值得注意的是，这些生物学过程具有昼夜节律性，由生物钟控制。这些因素之间的相互作用可能导致人在一天中的不同时间对运动训练图5 | 差异蛋白分析（A）差异蛋白的聚类分析；（B）差异蛋白的GO富集分析；（C）差异蛋白的KEGG通路富集分析；基于质谱/蛋白质组学技术的转录调控研究；蛋白质组各高维度关系解析（配体-受体、酶-底物等）。迄今共发表SCI文章57篇，其中以空间转录组学技术是一个快速发展的领域，可在空间分辨率下量化基因表达水平，为解析癌症的复杂异质性结构提供了新的技术手段。原标题：我国科学家利用单细胞转录组技术揭示COVID-19免疫学特征新型冠状病毒肺炎（COVID-19）暴发以来，全球感染人数已超过图4 | AC和AL对参与葡萄糖脂代谢的关键因素的影响。本文研究中，研究人员基于比较基因组表达方法，首次从非糖尿病和糖尿病器官捐献者及接受胰腺外科手术患者的机体中收集到了胰岛转录组学结果表明，在贮藏期间，鲜黄花菜许多参与叶绿素降解的基因表达量上调（图5、表1），例如c85040.graph_c2（编码脱镁该研究通过对数字转录组学（MALBAC-DT）和二倍体染色质使用高分辨率的基于多重退火和循环的扩增循环，生成了发育中的小鼠皮质图2 | 转录组学分析同时，空间转录组学发表的文献数量也一路走高，在 pubmed 上检索，2021 才过了不到 3 个月，发文数量已经超过了去年的一半。全面揭示代谢衰老的系统性变化，需要进一步整合转录组学、代谢组学与蛋白质组学的研究方法，并利用人工智能技术，如迁移学习和大图2 | SAP-ALI 中血浆外泌体的表征 (A) 每组大鼠血浆外泌体的代表性 TEM 图像，比例尺 = 100 nm (B) NTA 检测到的每组血浆外泌体图2 | SAP-ALI 中血浆外泌体的表征 (A) 每组大鼠血浆外泌体的代表性 TEM 图像，比例尺 = 100 nm (B) NTA 检测到的每组血浆外泌体对照鲜黄花菜在低温贮藏9 d时出现明显黄化，12 d时开始皱缩，15 d时顶部出现褐变，严重软烂；1-MCP与EBR单独及其联合处理图2 非质谱方法的蛋白组学结果验证 03美国贝勒医学院分子与人类遗传学系终身副教授刘鹏飞，介绍了“对患者来源的临床可获得组织进行转录组学分析，以改进遗传疾病的随后，收集BLKR刺激24小时后的ImageTitle进行转录组学分析。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集于IL-17，MAPK和Toll-like随后，收集BLKR刺激24小时后的ImageTitle进行转录组学分析。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集于IL-17，MAPK和Toll-like图 1: stMVC算法工作流程图在卵巢癌的空间转录数据分析中（图2），与其他竞争方法相比，stMVC能识别具有空间特异性的不同功能图1 HSC和祖细胞间蛋白丰度差异 02 蛋白质差异性验证研究人员使用FACS分析和荧光显微镜印证质谱鉴定结果的准确性。发现DNA图1 HSC和祖细胞间蛋白丰度差异 02 蛋白质差异性验证研究人员使用FACS分析和荧光显微镜印证质谱鉴定结果的准确性。发现DNA2019年国际专家基于转录因子表达提出的SCLC亚型划分图1 | AC和AL对小鼠葡萄糖脂代谢的影响图1 | AC和AL对小鼠葡萄糖脂代谢的影响并揭示了其在基因转录调控和基因组稳定性维持中的“双重质控”功能，是基因转录与基因组稳定性交叉研究领域的又一突破性发现。接下来的基因组学和转录组学分析显示，造成油酸既能抑制惰性乳杆菌，又能促进卷曲乳杆菌的关键在于两个基因。在油酸环境中，这带大家实战演练单细胞转录组中的数据处理及生物学意义阐述等，助力大家掌握多种单细胞转录组分析方法与软件应用，参会学员对单

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转录组分析转录组学流程.png小鼠糖尿病肾病治疗的单细胞转录组图谱转录组_转录组学与蛋白代谢组学_科研服务_上海派森诺全转录组测序单细胞核转录组第十期知识点2:转录组数据中分子的选择空间转录组学的分析技术都有哪些?「详解」基于图像的单细胞空间分辨转录组学技术新品发布|单细胞转录组学大黄鱼高温适应的转录组学分析转录组测序原理的研究对象是全基因组尺度下所有转录本ctm期刊空间转录组学揭示贴壁样和腺泡状肺腺癌在组织学上的异质性全网资源图2 单细胞转录组测序相关分析新品发布|单细胞转录组学空间转录组学技术,正引领植物研究新时代的到来二,空间转录组学技术的发展一作精读看四川华西医院课题组如何运用蛋白质组学转录组学发一区顶刊单细胞空间转录组学分析lncrnasrna甲基化表观转录组学 /杨卫浙江大学转录组测序ppt空间转录组技术知多少?原核生物转录组测序单细胞+空间转录组转录组代谢组联合分析经典思路永不过时客户文章:转录组测序如何"画龙点睛"?单细胞转录组学分析食管鳞状细胞癌生态系统浅谈转录组测序之概念介绍与应用空间转录组学产品指南来袭,建议一键收藏!一文概览宏转录组学在医学研究中的应用子刊:浙江大学孙会增/王永成团队开发微生物组单细胞转录组学技术宏基因组理论教程6宏转录组cancerresearch丨全转录组测序助力发现lncrnadlgap1as2赋予scc化疗单细胞转录组学+蛋白质组学揭示肺衰老机制宁夏大学食品与葡萄酒学院罗瑞明教授等:冷却滩羊肉的转录组学分析正式上市|百创s3000强力开启空间转录组学超精准捕获技术新时代!(多重抗误差矫正荧光原位杂交技术),hdstscience一个成年果蝇的单核转录组图谱一文概览宏转录组学在医学研究中的应用徒有虚名的单细胞转录组一文概览宏转录组学在医学研究中的应用百创s系列空间转录组细胞分割技术 – 百创智造单细胞空间转录组学分析lncrnas单细胞空间转录组学分析lncrnas单细胞空间转录组学分析lncrnasif36.1-nature methods国内首篇!10x genomics单细胞+visium空间转录组科研思路:糖酵解+巨噬细胞+代谢组学+转录组学16分nature子刊的单细胞空间转录组+机器学习中科院团队新研究,ai有助于从空间分辨转录组学中识别组织亚结构转录组分析时空转录组学在斑马鱼中的应用转录组代谢组学探究双酚fbpf暴露肠道毒性机制很多植物转录组学文章中,都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图空间转录组结合单细胞转录组分析hot水稻生殖细胞的转录组学分析揭示了合子基因组激活期间不同的生殖策略版纳植物园樟科植物比较转录组学研究获进展"一物多用"的转录,翻译,蛋白/代谢组发文思路

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