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分子模拟最新视觉报道(2024年12月全程跟踪)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：热点更新日期：2024-12-02

分子模拟

𐟒𛠥ˆ†子动力学模拟的四大常用软件 𐟌 𐟌Ÿ 分子动力学模拟是研究分子行为的重要方法，以下是四种常用的模拟软件，它们在生物大分子、小分子药物等领域有着广泛的应用。 𐟔𙠇ROMACS 𐟒ꠤ𜘧‚𙯼š以高性能和良好的并行性著称，特别适用于大型分子体系的模拟，如蛋白质、脂质双层和水溶液。GROMACS 对资源利用率非常高，尤其在多核 CPU 和 GPU 上。 𐟓š 主要用途：主要用于生物大分子的分子动力学模拟，如蛋白质、核酸等。因其开源和强大的性能，常被学术界使用。 𐟔砧‰𙧂𙯼š计算速度快，用户社区活跃，持续更新，包含丰富的分析工具。 𐟔𙠎AMD 𐟒ꠤ𜘧‚𙯼š专为高性能计算设计，特别适合在超级计算机上进行大规模并行计算。与 VMD（Visual Molecular Dynamics）结合使用效果最佳。 𐟓š 主要用途：适合处理复杂生物分子体系的长时间尺度模拟，特别是在高性能计算环境中。 𐟔砧‰𙧂𙯼š优化了跨平台的并行计算，具有良好的扩展性，适合大规模系统模拟。 𐟔𙠁mber 𐟒ꠤ𜘧‚𙯼šAmber 是生物分子模拟领域历史悠久的软件包之一，尤其在力场开发和精细化学模拟方面表现出色。其力场被广泛应用。 𐟓š 主要用途：适合蛋白质、核酸、小分子、药物设计中的分子动力学模拟。常用于分子动力学和自由能计算。 𐟔砧‰𙧂𙯼š在力场精度方面表现突出，Amber 力场在许多生物分子模拟研究中是标准选项。AmberTools 提供了许多附加工具，但主程序是商业软件。 𐟔𙠓chr㶤inger (Desmond) 𐟒ꠤ𜘧‚𙯼šSchr㶤inger 公司开发的 Desmond 是一个高效的分子动力学模拟引擎，集成在 Schr㶤inger 套件中，主要用于药物设计和分子建模。与其他工具（如 Glide）紧密集成。 𐟓š 主要用途：主要在药物设计、分子筛选和化学模拟中应用，尤其适用于药物化学、分子对接等领域的综合研究。 𐟔砧‰𙧂𙯼šDesmond 有专门的图形界面，易于与其他 Schr㶤inger 工具结合使用。其优化的算法在常规药物设计流程中表现出色，适合对小分子和配体进行深入研究。 𐟌ˆ 总结： 𐟒– GROMACS：高性能、开源，适合大型生物体系 𐟒– NAMD：并行性能优异，适合超级计算机环境 𐟒– Amber：力场精确，专注于生物大分子和药物设计 𐟒– Schr㶤inger (Desmond)：集成在药物设计平台中，适合小分子模拟

「发展新质生产力竞逐产业新赛道」「全国网络名人看江苏」材料化学工程国家重点实验室面向国家重大需求和国际学术前沿，以建设材料化学工程领域高水平的科学研究、人才培养和学术交流基地为目标，围绕“用化学工程的理论与方法指导材料制备与加工过程”、“发展以新材料为基础的化工单元技术与理论”的学术思路开展创新性应用基础研究，致力于解决制约我国过程工业可持续发展的能源、资源和环境等瓶颈问题，构建化学工程与材料学科交叉研究的平台。展厅重点对六大研究室进行了介绍，包括界面与分子模拟研究室、胶凝材料研究室、膜材料与膜过程研究室、生物基材料研究室、材料与过程集成研究室、电池材料研究室。

GROMACS基本单位与文件类型详解 𐟌 在GROMACS模拟中，理解基本单位和文件类型至关重要。以下是一些关键单位和文件类型的详细说明：基本单位长度：纳米（nm）时间：皮秒（ps）质量：原子质量单位（u 或 amu）能量：千焦耳每摩尔（kJ/mol）温度：开尔文（K）压力：巴（bar）电荷：基本电荷单位（e）其他相关单位速度：nm/ps 力：kJ/(molⷮm) 转换常数 1 nm = 10 ㅊ1 ps = 10^-12 s 输入文件 .gro - GROMACS结构文件，包含分子坐标、速度和其他信息。 .top - 拓扑文件，定义分子系统的拓扑结构。 .mdp - 参数文件，指定分子动力学模拟的参数和选项。 .ndx - 索引文件，定义原子组的集合，用于分析和选择。输出文件 .trr - 轨迹文件，保存完整的模拟轨迹信息。 .xtc - 压缩轨迹文件，保存轨迹的简化版本以节省存储空间。 .edr - 能量文件，保存能量和其他热力学量的信息。 .log - 日志文件，记录模拟运行过程中的信息。 .tpr - 二进制输入文件，包含所有模拟所需的信息（结构、拓扑、参数等）。其他文件 .xvg - 通常用于存储通过GROMACS工具生成的绘图数据。 .itp - 包含部分分子的拓扑信息，通常用于包含多个分子类型的模拟。 .pdb - 蛋白质数据银行文件，常用于与其他分子建模工具交换数据。通过了解这些单位和文件类型，您可以更好地理解和执行GROMACS模拟。

英国化学工程专业留学辅导全攻略 𐟎“ 想要在英国留学期间更好地掌握化学工程专业知识？这里有一份全面的辅导指南，助你顺利完成学业！ 𐟏련‹𑥛𝥌–学工程专业概况：英国的化学工程专业有着悠久的历史和深厚的学术积淀。皇家化学学会（RSC）作为国际权威学术机构，不仅在化学领域享有盛名，还为化学工程专业的毕业生提供了广阔的职业发展平台。 𐟓š 核心课程概览：高级工艺设计先进环境工程在线会计高级生物工艺工程高级工艺操作先进工艺优化I 生化工程商业经济学碳捕集与清洁化石燃料胶体与界面科学企业金融在线过程系统中的动态行为化学工程中的动力系统在线创业金融与金融管理流体力学在线管理经济学管理创新膜科学与膜分离生物系统建模流体的分子建模核化学工程粒子工程制药工艺开发工艺传热工艺流程产品特征项目管理反应工程2 战略管理生物系统中的运输过程 𐟔 深入探索：英国的化学工程专业不仅注重理论学习，更强调实践能力的培养。从市场调查到项目盈利分析，从研发到物流再到销售，毕业生将具备全面的能力，为未来的职业生涯打下坚实的基础。 𐟓 作业辅导、课程预习、考试准备、选课建议、论文指导等，我们提供全方位的学术支持，助你轻松应对各种挑战。 𐟌Ÿ 加入我们，开启你的英国化学工程专业留学之旅，迈向更加辉煌的未来！

「科普中国直播」@科普中国结合AI和多组学方法，探索生物分子建模及干细胞研究应用。天津助农的微博视频

「校园动态」「艺术学院」「郑州商学院超话」为切实加强对入党积极分子的培养与考察，提升其政治理论水平，艺术学院十一月份组织开展了第三十九期入党积极分子模拟考试，111 名入党积极分子参与其中。

𐟎젇romacs分子动力学全攻略𐟓– 探索分子动力学的奥秘，Gromacs是你的理想选择！𐟔 𐟎“ 免费课程亮点： Gromacs基础知识 LAMMPS与Amber的对比 CHARMM的实践应用 𐟓š 课程大纲： 1️⃣ 分子动力学入门与Gromacs概览 2️⃣ Gromacs生物分子建模与文件命令详解 3️⃣ Gromacs运行文件与命令的实战操作 4️⃣ Gromacs预平衡与基础数据分析 5️⃣ Gromacs平衡模拟与常规数据采集 6️⃣ Gromacs数据采集与可视化技巧 7️⃣ VMD可视化操作，结果分析更直观 8️⃣ 小分子结构优化与参数化（一） 9️⃣ 小分子结构优化与参数化（二） 𐟔Ÿ 长链聚合物建模与参数化，探索更多可能 1️⃣1️⃣ pymol绘图技巧，科研服务更专业 𐟌Ÿ 课程特色：实用性强，适合初学者与进阶用户，助你掌握Gromacs的核心技能！𐟚€

量子计算的崭露头角量子计算的出现可能会彻底改变计算方式。它们有望在解决目前无法解决的问题，如密码破解和分子模拟方面发挥关键作用。

「发展新质生产力竞逐产业新赛道」嘿，宝子们！2024 年 10 月 31 日啦，周四哦！南京工业大学材料化学工程国家重点实验室超厉害，面向国家重大需求和国际学术前沿，目标是建成高水平科研、人才培养和学术交流基地。学术思路超牛，围绕那啥开展创新性应用基础研究，解决过程工业可持续发展的瓶颈问题，还构建交叉研究平台。展厅重点介绍六大研究室，有界面与分子模拟研究室、胶凝材料研究室、膜材料与膜过程研究室、生物基材料研究室、材料与过程集成研究室、电池材料研究室，冲就完事儿！「强富美高说江苏」南京ⷥ—京工业大学

生物信息学必备文件格式详解𐟓‚ 在生物信息学的研究中，文件格式是数据处理的关键。𐟔 掌握常见的文件格式，可以大大提高工作效率。下面是一些常用的文件格式及其解释： FASTA 𐟓 用于存储核酸序列，以">序列名称"开头，后面跟着序列本身。 FASTQ 𐟓报Œ…含序列和对应的质量分数，常用于高通量测序数据。 SAM/BAM 𐟓‚ SAM（Sequence Alignment/Map）和BAM（Binary Alignment Map）用于存储序列比对结果。 GFF/GTF 𐟓 GFF（General Feature Format）和GTF（Gene Transfer Format）用于基因组注释，包含基因和其他功能元素的位置信息。 VCF 𐟓Š VCF（Variant Call Format）用于存储遗传变异信息。 BCF 𐟓劂CF（Binary Call Format）是VCF的二进制版本，占用空间更小。 PLINK 𐟔— PLINK软件使用的文件格式，包括PED（Phenotype/Genotype Data）和MAP（Marker Data）。 PDB 𐟌 PDB（Protein Data Bank）格式用于存储蛋白质的三维结构。 MOL2 𐟔슍OL2格式用于分子建模，包含分子结构和附加信息。 SDF 𐟓‘ SDF（Structured Data Format）用于存储分子结构，常用于化合物数据库。 BED 𐟛᯸ BED（Browser Extensible Data）格式用于简单的基因组区域注释。 WIG/BIGWIG 𐟓ˆ 用于存储基因组上的连续数据，如测序覆盖度和表达量。 GFF3 𐟓š GFF3（General Feature Format version 3）更为复杂，用于基因组注释。 CSV/TSV 𐟓Š CSV（Comma Separated Values）和TSV（Tab Separated Values）用于存储基因表达数据和表型数据。 Matrix Market Format (MTX) 𐟓Š 用于储存单细胞RNA测序的稀疏矩阵数据。 GraphML/GML 𐟌 GraphML和GML用于储存图（network）数据，支持复杂的网络结构和注释信息。掌握这些文件格式，可以更好地理解和处理生物信息学数据。𐟌Ÿ

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