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FPKM最新视觉报道_fpkm是什么意思(2024年11月全程跟踪)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：热点更新日期：2024-11-28

FPKM

很久以前羊肉俨然成为了伤心女人根据地[开摆]…… 好一个有始有终2024 年初滴我和年末滴fpkm

count重要在生物信息学中，基因表达水平的量化是一个关键步骤。为了比较不同样本或条件下的基因表达差异，科学家们发展了多种标准化方法。以下是四种常见的基因表达水平标准化指标：Counts、RPKM、FPKM和TPM。 Counts 𐟓Š Counts指的是在测序数据中每个转录本或基因检测到的测序读段（reads）数量。通过将测序读段与参考基因组或转录本进行比对，可以获得每个转录本或基因上的读段数量。在多个样本的情况下，比较转录本或基因的counts可以识别不同样本间的表达水平差异。然而，由于RNA-Seq数据的测序深度可能在不同样本之间存在差异，因此需要对counts进行标准化处理，以便进行比较。 RPKM 𐟓ˆ RPKM（Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）是一种常用的标准化方法。它表示在每个基因的编码区域每百万mapped reads中有多少reads。RPKM的计算公式为：RPKM = total exon reads / (mapped reads (Millions) * exon length (KB))。RPKM先进行测序深度标准化，后进行基因长度标准化。主要用于双端测序，并广泛用于表达水平的比较分析。然而，RPKM不能区分基因的上调和下调（差异表达分析），也不能反映基因的编码能力。 FPKM 𐟓‰ FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）与RPKM类似，但计算的是fragments数量。FPKM的计算公式为：FPKM = total exon fragments / (mapped fragments (Millions) * exon length (KB))。FPKM适用于那些使用片段化测序方法的研究。 TPM 𐟌 TPM（Transcripts Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）是另一种广泛使用的标准化方法。它的计算公式为：TPM = transcripts / (mapped reads (Millions) * exon length (KB))。TPM不仅考虑了测序深度和基因长度，还考虑了转录本的拷贝数，因此被认为是更全面的标准化方法。总结 𐟓 Counts、RPKM、FPKM和TPM都是对基因表达水平进行标准化的重要指标。每种方法都有其独特的适用场景和局限性。在选择合适的标准化方法时，需要考虑到实验设计、数据类型和实验目的。通过了解这些指标的原理和优缺点，可以更好地选择适合自己研究的方法，从而更准确地评估基因表达水平的变化。

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