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蛋白质测序前沿信息_蛋白质测序原理(2024年12月实时热点)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：教程更新日期：2024-11-29

蛋白质测序

深度学习在蛋白质性质预测中的突破最近，深度学习的发展和蛋白质序列的增加在生命科学领域引起了革命性的变化，尤其是在蛋白质属性预测方面。通过实验室实验，深度学习能够缩小已测序蛋白质和已知属性蛋白质数量之间的差距。在自然语言处理领域，语言模型在蛋白质特性预测中得到了广泛应用，推动了生物学中的一场新计算革命。旧的预测结果正在不断被改进。这些模型可以从大型开放存储库中学习蛋白质的多用途表示，例如预测蛋白质的特性。自然语言处理领域正在迅速发展，尤其是基于特定模型的模型——Transformer模型的发展。文章研究了最近的发展和大规模Transformer模型在预测蛋白质特性方面的应用，以及这些模型如何被用于预测，例如，翻译后修饰。文章还研究了其他深度学习模型的缺点，并解释了Transformer模型是一种非常有前途的方法来揭示隐藏在氨基酸序列中的信息。

ChIP-Seq揭秘：蛋白染色质互动 ChIP-Seq数据分析是一种处理和解释ChIP-Seq数据的方法，这种技术用于研究蛋白质与染色质的相互作用。ChIP-Seq，全称Chromatin Immunoprecipitation followed by DNA Sequencing，是一种高通量测序技术，主要用于探索转录因子结合位点、组蛋白修饰以及其他与染色质状态相关的信息。 ChIP-Seq数据分析的主要目标是从原始测序数据中提取出蛋白质与染色质相互作用的信息，并进行生物学意义上的解释。这种技术在基因组学、表观基因组学以及转录调控研究等领域有着广泛的应用。通过这项技术，科学家们能够更深入地了解蛋白质与染色质之间的相互作用及其在基因表达调控中的作用。

好像很多人误以为诺贝尔奖是颁发给重大的理论发现的，很少颁给技术突破。这个误解可能源于宣传，给人们造成一种重理论，轻技术的印象。有道是实践是检验真理的唯一标准，技术改变世界是有目共睹的，而没有转变成技术的理论有很多，很难预料谁将来能改变世界，也就很难决定发给谁。物理学这样的简单体系还好评价一些，生物学的理论更加无法评价。至于诺奖，压根就没有生物奖，只有生理学与医学奖，而医学本身就是预防诊断治疗的技术。化学奖很多也是颁给了物理化学或生物技术。这方面影响力大的例子很多。 Sanger获得过两次诺贝尔化学奖，这在生物学家中是顶流了，这两次一次是因为蛋白质测序技术，一次是因为DNA测序技术。至今，最基本的DNA测序，也就是一代测序，仍然叫做Sanger测序。青霉素、链霉素是技术，我国的独苗诺奖青蒿素也是技术。 PCR（聚合酶联反应）是至今生物实验室中不可或缺的技术。 CRISPR也是技术，诺奖官方明确说是表彰基因组编辑的方法，因此作为最早发现CRISPR的Mojica是不会获奖的，因为原核生物中各种稀奇古怪的东西太多了，根本无法判断谁有重大的理论价值，只有当它变成一项伟大的技术才够得上诺奖。当然，可能有人很觉得奇怪，为什么我们书上看到的顶级的科学家牛顿、达尔文、麦克斯韦、爱因斯坦等等似乎好像都是以理论著称的，而不是技术。这你要知道，这些人的层次要比普通的诺奖获得者高得多。这些人可谓童叟皆知，而诺奖获得者大部分我们根本没听说过名字。大部分获得诺奖的人，诺奖就是其一生中最大的荣耀，而对于爱因斯坦来说，诺奖是可有可无的，尽管他确实有一个。像那样重大的理论和成就是需要百年数百年时间尺度来评价的，而诺奖只是几十年尺度的评价。

这个图不错诶「国民医生说」「微博健康公开课」四川大学生物治疗全国重点实验室科研团队的新成果登上了《nature methods》期刊封面。团队发表了题为“Real-time detection of 20 amino acids and discrimination of pathologically relevant peptides with functionalized nanopore”的研究论文，阐明纳米孔单分子检测新策略，实现了对全部20种天然氨基酸的直接区分，提出并验证了纳米孔外切酶实时多肽测序方法（简称NEPS），为实现单分子蛋白质测序提供了可行途径，展示出生物传感器技术与人工智能算法结合的优异潜力，代表我国生物传感技术与蛋白组学工具的原始创新能力进入全球前沿方阵。 [中国赞]

医学科研实验室全解析：从细胞到基因医学科研实验室的服务范围广泛，涵盖了从细胞到基因的多个层面。以下是实验室提供的部分服务项目： 𐟐�Š觉驀模：包括大小动物手术模型、药物诱导模型等，提供行为学检测、影像检测、生化生理指标检测等服务。 𐟧젧𛆨ƒž实验：服务项目包括细胞培养、细胞爬片、细胞转染、流式细胞术、慢病毒包装、细胞划痕实验、细胞迁移、细胞侵袭、稳定株筛选、原代细胞分离等。 𐟔젧—…例学检测：提供硬组织切片、不脱钙切片、脱钙、软化、包埋、切片、染色、特殊染色、免疫组化、免疫荧光、病理图像采集等服务。 𐟌 分子生物学检测：包括荧光定量PCR服务、miRNA检测、DNA定量、甲基化测序、质粒提取、质粒构建、菌种鉴定、引物设计合成等。 𐟒ᠨ›‹白相关检测：服务项目有Western Blot、蛋白质纯化、蛋白质双向电泳、单克隆抗体制备、原核表达、免疫沉淀、免疫共沉淀、SILAC标记定量蛋白质组学等。 𐟓ˆ 快速检测服务：提供ELISA检测、生化检测、组织样本匀浆等服务。 𐟌 组学服务：涵盖基因组学、转录组学、单细胞测序、蛋白质组学、代谢组学等。这些服务项目涵盖了医学科研的多个领域，为科研人员提供全面的技术支持。

核糖核酸2 在日常实验和送测序中，我们经常听到mRNA和microRNA这两个词，但它们到底有什么区别呢？更重要的是，它们都能用RNA提取试剂盒提取吗？ mRNA和microRNA的区别 𐟓– 首先，mRNA（信使RNA）是蛋白质合成的直接模板。它的分子通常很长，由数千个核苷酸组成。在核糖体上，mRNA的信息被用来合成特定的蛋白质，这个过程叫做翻译。而microRNA（微小RNA）则是一种小分子非编码RNA，分子较短，通常由约22个核苷酸组成。它可以与mRNA的3'非翻译区（3'UTR）或其他区域结合，从而调控基因表达。换句话说，microRNA通过调控mRNA的稳定性和翻译来间接影响蛋白质的合成。提取mRNA和microRNA的试剂盒 𐟧ꊊ要提取mRNA，你应该使用Trizol或者总RNA提取试剂盒。而要提取microRNA，则需要使用专门的microRNA提取试剂盒。全转录组测序通常选择microRNA提取试剂盒，而普通转录组测序则可以选择总RNA提取试剂盒或者Trizol。小结 𐟓 总的来说，mRNA是蛋白质合成的直接模板，而microRNA则通过调控mRNA的稳定性和翻译来间接影响蛋白质的合成。在提取RNA时，选择合适的试剂盒非常重要，以确保实验结果的准确性。

多组学联合分析揭示唐氏综合症新机制最近，意大利技术研究院（Istituto Italiano di Tecnologia, IIT）领导的一个国际科研团队，通过多组学联合分析，发现了唐氏综合症（Down Syndrome, DS）患者大脑中存在的保守细胞投射缺陷。这项研究结合了RNA测序和蛋白质组学分析，为唐氏综合症的脑生理病理学研究提供了宝贵的资源。研究背景 𐟧 唐氏综合症是最常见的遗传性认知障碍之一，其病因是人类21号染色体（HSA21）三倍体。然而，具体的分子机制如何导致DS大脑的各种病理现象，仍然是一个未解之谜。研究人员希望通过多组学分析揭示这些机制，以便为未来的临床干预设计提供新的潜在靶点。研究方法 𐟔슧 ”究团队对来自唐氏综合症患者和健康对照组的脑样本进行了全面的RNA测序和蛋白质组学分析，样本包括海马和皮层两个不同的脑区。研究人员在这两种脑区分别分析了基因、转录本、蛋白质和微小RNA（miRNAs）的表达特征，并使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别了与DS相关的表达网络。研究发现 𐟌Ÿ 该研究的主要发现包括：基因和转录本表达变化：研究发现，DS脑中大量基因和转录本的表达发生了显著变化。具体而言，研究团队在海马和皮层中分别鉴定出4827个和5548个差异表达基因（DEGs），以及5090个和4718个差异表达转录本（DETs）。蛋白质表达变化：在蛋白质水平上，研究人员在海马和皮层中分别发现了1158个和1029个差异表达蛋白（DEPs）。约40%的DEPs在基因水平上也表现出差异表达，表明转录水平和蛋白质水平之间存在一定的相关性。细胞类型富集分析：通过细胞类型富集分析，研究人员发现上调基因和转录本主要富集在胶质细胞（包括星形胶质细胞、微胶质细胞和少突胶质细胞）。这项研究不仅揭示了唐氏综合症患者大脑中的一些新机制，还为未来的临床干预提供了新的潜在靶点。希望这些发现能帮助我们更好地理解和治疗这种疾病。

怀孕45天抽血查染色体准确吗？一文带你了解！染色体检查是孕期检查中非常关键的一环，它能帮助准妈妈们及时了解宝宝的健康状况。那么，在怀孕45天时进行抽血查染色体，准确性到底如何呢？𐟑‡ ⭐怀孕45天抽血查染色体通常比较准确，因为怀孕45天的时候，宫腔内已经有卵黄囊及胚芽，胎儿染色体已经确定。而且孕妇体内雌激素、孕激素和人绒毛膜促性腺激素含量明显增高，尤其是人绒毛膜促性腺激素，为抽血检查提供了良好的生理基础。 ⭐另外，新一代DNA测序技术的应用，提高了从母体外周血浆中游离DNA片段测序得到胎儿遗传信息的准确性。这种技术具有高通量、高准确性的特点，为产前筛查提供了有力支持。在怀孕期间，孕妇应该加强护理措施，如下：𐟑‡ ❤合理饮食：多吃富含蛋白质、维生素和矿物质的食物，如鸡蛋、牛奶、水果和蔬菜等。避免食用辛辣、油腻和刺激性食物。 ❤适当运动：可以进行散步、孕妇瑜伽等轻度运动，增强体质，有助于孕期顺利，但要避免剧烈运动和过度劳累。 ❤定期产检：按照医生的建议进行定期产检，及时了解胎儿的发育情况和自身的身体状况。 𐟌ˆ抽血查染色体的时候，还需要注意一些事项，以保证检查结果的准确性，详情见图。让我们一起期待宝宝的平安降临。 #领航计划#

转录组数据分析全流程详解转录组学是研究细胞或生物体内基因表达水平、模式和调控机制的重要方法。拿到转录组数据后，如何进行分析呢？以下是详细的步骤：样本采集和处理 𐟌𑊩斥…ˆ，选择合适的生物样本，如细胞、组织或生物体，并进行适当的处理和保存，以确保RNA的质量和完整性。 RNA提取 𐟧스𝿧”褸“门的试剂盒和方法从样本中提取总RNA，去除蛋白质、DNA等杂质。 RNA质量检测 𐟔 通过琼脂糖凝胶电泳、分光光度计等方法检测RNA的质量，包括完整性、纯度和浓度。文库构建 𐟓š 将提取的RNA反转录为cDNA，并根据研究目的和技术平台，构建相应的测序文库。测序 𐟓𘊤𝿧”詫˜通量测序技术，如RNA-seq（RNA测序），对构建的文库进行测序，产生大量的短序列数据。数据预处理 𐟧𙊥﹦𕋥𚏥𞗥ˆ𐧚„原始数据进行质量控制和过滤，去除低质量的读段和接头序列等。序列比对 𐟔„ 将处理后的序列与参考基因组或转录组进行比对，确定每个读段的位置和来源。基因表达定量 𐟓Š 计算每个基因或转录本的表达量，常用的指标包括FPKM（Fragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped）、TPM（Transcripts Per Million）等。差异表达分析 𐟓‰𐟓ˆ 比较不同条件下（如不同组织、疾病状态、处理组等）基因的表达差异，筛选出显著差异表达的基因。功能注释和富集分析 𐟓Š𐟔 对差异表达基因进行功能注释，如基因本体（GO）注释、KEGG通路分析等，以了解其参与的生物学过程和通路。结果验证 𐟧ꊩ€š过qRT-PCR（定量逆转录PCR）等实验方法对部分关键基因的表达进行验证，以确保转录组分析结果的可靠性。数据分析和解释 𐟧 综合以上结果，结合生物学背景知识，对研究问题进行深入分析和解释，提出科学假设和结论。转录组学的研究可以帮助我们了解诸多重要的生物学信息，包括基因表达的水平、模式和调控机制，揭示基因功能，探索细胞的生理和病理过程，以及研究生物在不同环境条件下的适应性变化等。

从零开始：ChIP实验的详细指南（上） 𐟔 ChIP实验的原理和应用在活细胞中，蛋白质和DNA的结合是动态的。为了固定这种结合状态，我们使用甲醛来交联蛋白质和DNA。通过超声或酶切将染色质打断成小片段，然后用抗体特异性识别目标蛋白结合的DNA片段，最后对DNA片段进行纯化和检测（如qPCR、基因芯片、高通量测序等）。 ChIP实验广泛应用于研究转录因子与DNA的结合动态，以及组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。 𐟌 细胞固定内源状态下，蛋白质和DNA的结合是动态的，因此需要进行固定以捕获特定状态下的结合情况。最常用的固定试剂是甲醛。甲醛是一种小分子，能够穿透细胞膜和核膜，通过醛基将DNA和蛋白质交联在一起。甲醛交联是可逆的，通过加热可以解除交联，从而方便后续的DNA分析。但是，甲醛交联反应需要一定的时间，作用距离小于2ㅯ𜌥﹨›‹白表位也会有影响。过长时间和过短时间的交联都不利于实验。因此，甲醛交联是ChIP实验的关键步骤。 𐟒ᠧ”𒩆›交联的小贴士细胞生长状态会影响基因表达网络，可能会影响所研究的TF与promoter的结合。因此，细胞长到75%-85%时最好，所需的细胞量为1～2X 107左右。在甲醛交联之前，细胞应尽可能少被人为处理。如果条件允许，直接将甲醛加入培养基中进行交联更好。务必使用有效期以内、正确避光保存的分析或分子生物学级别的甲醛。固定条件通常为室温（不要高于25℃）固定10-15 min。当DNA和靶点结合较弱时，可适当延长交联时间。进行预实验优化交联时间和温度。交联时间过长或温度过高会显著降低染色质超声破碎效率，且可能遮蔽ChIP抗体识别的表位。交联不足可能导致蛋白质和DNA解离。组织交联相比细胞更复杂，大的组织块交联之前切成1-3 mm3大小，建议在真空条件下交联，促进甲醛透过细胞，交联时间可延长至15 min。 𐟌쯸 细胞核抽提及裂解由于蛋白和DNA相互作用主要发生在细胞核内，因此去除胞浆蛋白可以减少背景信号并提高灵敏度。同时，分离的细胞核直接悬浮在剧烈的裂解缓冲液中，更有利于打开细胞核释放染色质。

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