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ffpe最新视觉报道_ffpe是什么意思(2024年12月全程跟踪)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：热点更新日期：2024-11-29

ffpe

【Cell封面研究：绘制肿瘤进化图】「CP封面」报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术Patho-DBiT。该技术可精准解码FFPE复杂组织中RNA信息，揭示肿瘤发生机制及肿瘤微环境相互作用，为临床研究和诊断提供新工具网页链接。

福尔马林固定FFPE样本的关键步骤福尔马林固定是制备FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）样本的关键步骤，它会导致核酸和蛋白质之间的交联。固定的时间越长，交联的程度越大，纯化的难度也就越大。以下是福尔马林固定的四个关键点：新鲜组织的重要性 𐟕’ 组织离体后必须在30分钟内浸入适量的组织固定液中进行固定，以确保组织的完整性和固定效果。选择合适的固定液 𐟧ꊠ 固定液的量应为组织体积的10倍。建议使用中性福尔马林缓冲溶液，避免使用酸性或含有重金属离子的固定液。市面上也有使用多聚甲醛代替的情况。固定时间的控制 ⏱️ 固定时间太短可能导致标本深处组织未渗入福尔马林，发生核酸和蛋白降解；而固定时间过长则会导致更密集的交联，增加纯化难度并降低可扩增的核酸模板量。体积较大的标本应充分固定6-48小时，但不超过72小时；小活检标本固定6-12小时即可。组织大小的合适选择 𐟓 福尔马林的渗透速率大约为1 mm/小时，通常建议固定最多5 mm厚的组织标本。因此，处理大的组织样品时，应将组织切割后再进行福尔马林固定。如图3所示，将大鼠的肾与脑组织整个器官（whole）与≤4 mm的器官切片（cut）分别进行福尔马林固定和石蜡包埋。左图包埋后3天纯化RNA，并分析。在整个脑组织（whole Brain）的电泳峰图中，双箭头指出了18S rRNA和28S rRNA的峰减少，表明RNA片段化的增加。右图纯化的RNA被用于一步法RT-PCR中，从左到右，扩增子大小分别为96nt、206nt、400nt、613nt和785nt。从图可以看出较大片段的RNA存在降解。

全外显子组测序：技术优势与样品准备指南 𐟌Ÿ全外显子组测序（whole exome sequencing, WES）是一种利用序列捕获技术捕捉并富集全基因组外显子区域的DNA，然后进行高通量测序的基因组分析方法。WES主要用于遗传病检测，因为外显子组仅占基因组的2%，却包含约85%的致病突变。 𐟔WES的优势高准确性：WES的准确性远高于二代测序，被视为测序行业的“金标准”。高覆盖度：能够一次性分析SNV、INDEL、CNV、SV、FUSION等与疾病密切相关的变异。经济高效：相比全基因组测序，WES检测目标区域明确，更加经济有效。快速便捷：分析速度快且容易，对计算机配置要求较低。 𐟧ꦠ𗥓准备新鲜组织：一般从手术台切下来的组织要求在50-100mg，可保存于RNAlater或低于-80度的环境中。如果是保存在RNAlater中，可室温运输，其他选择干冰运输。 FFPE组织：Formalin-Fixed Paraffin-Embedded（FFPE），即石蜡包埋组织，做成切片，厚度要求在5-10um之间，组织面积不小于1平方厘米，并且HE染色显示肿瘤细胞比例不低于50%，做好的切片不低于10张。血浆：一般血浆在3-4ml，为避免反复冻融，分装在3-4个1.5ml离心管中，常用于提取ctDNA（循环肿瘤DNA），含量不能低于20ug，采取干冰或者冰袋运输即可。外周血：一般外周血体积在6-8ml，EDTA抗凝管（紫色盖），80℃保存，采取干冰或者冰袋运输即可。穿刺组织：一般样本直径1-2mm，长度不短于0.5cm，可保存于RNAlater或低于-80度的环境中，如果是保存在RNAlater中，可室温运输，其他选择干冰运输。 𐟓ŠWES产生VCF的过程样本获取DNA，建库上机测序。将bcl文件转为fastq文件。 fastq文件质控。 fastq文件转bam文件。 bam文件质控。利用bam文件开始variant calling。通过数据库过滤VCF。对过滤之后的VCF进行注释分类。对处理之后的VCF关联疾病注释数据库。关联用药注释数据库，报告最后的突变。 𐟌测序技术发展第一代测序技术：准确性高，但通量低，成本高。第二代测序技术：通量高，成本低，但PCR过程中可能引入错误。第三代测序技术：单分子测序，理论上可测定无限长度核酸序列，但目前技术尚未完全成熟。

耶鲁团队开发FFPE样本全转录组测序技术在临床诊断中，福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织扮演着至关重要的角色。全球各地的临床病理科积累了大量的FFPE组织块，这些材料与详细的临床数据相结合，构成了宝贵的资源，但尚未充分利用。然而，FFPE样本带来了一些独特的挑战。在石蜡包埋过程中，样本中的RNA高度片段化，并且在室温储存条件下进一步降解。因此，对临床级FFPE样本中的RNA分子进行空间分析极为困难。 2024年9月30日，耶鲁大学的樊荣团队在Cell杂志上发表了一篇题为《Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues》的论文，报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术——Patho-DBiT。该平台利用FFPE样本中自然发生的RNA片段化，向广泛多样的RNA分子原位添加poly(A)尾，结合微流控条形码标记和算法创新，成功实现了对临床存档FFPE组织的全覆盖、逐碱基的空间全转录组测序。 Patho-DBiT通过对完整mRNA、缺失poly(A)尾的片段化mRNA、各类大/小非编码RNA、剪接异构体以及携带单核苷酸变异（SNV）的前体RNA进行空间条形码标记，精确解码了FFPE复杂组织中丰富的RNA生物学信息，包括单细胞级mRNA图谱、非编码RNA表达、可变剪接、遗传变异、microRNA调控及RNA动态变化等。研究团队在不同组织类型和空间分辨率下对Patho-DBiT进行了充分验证。在小鼠脑冠状切片的分析中，Patho-DBiT在50微米的空间像素中平均检测到6786个基因和31063个独特分子标记（UMI）。聚类分析精确重构了大脑组织的解剖结构，其空间排列与Allen小鼠大脑图谱上相似切片的区域注释高度一致。此外，Patho-DBiT捕获了调控大脑重要功能的基因及其区域性剪接异构体的表达，其空间分布与一套独立的、通过长读长纳米孔测序获得的新鲜冷冻脑样本数据相吻合。在对室温下存放超过5年的T细胞淋巴瘤样本的分析中，Patho-DBiT精准揭示了淋巴瘤发生的基础生物学机制。其转录组捕获的准确性通过在相邻组织切片上使用CODEX技术进行的高重度免疫荧光空间细胞分型分析得到了验证。

纳昂达文库构建试剂盒适用样本及要求详解纳昂达通用文库构建试剂盒适用于多种类型的样本，包括全血gDNA、FFPE、血浆cDNA等。对于复杂样本的处理，如FFPE组织样本，推荐从源质控开始。以下是具体的要求和步骤：常规gDNA 𐟧슦取试剂盒：推荐使用天根的血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒（货号：DP304）。定量方法：基于分光光度计原理的NanoDrop和基于双链DNA荧光染料的Qubit、PicoGreen进行定量。要求OD260/OD280=1.8~2.0；OD260/OD230=2.0~2.5。纯度评估：OD260/OD280>1.9表明有RNA污染，<1.6表明有蛋白质、酚等污染；OD260/OD230<2.0则表明有碳水化合物、盐类或者有机溶剂污染。片段分布：1%琼脂糖凝胶电泳时，>15kb的清晰主带；Bioanalyzer或Bioptic(Qsep)分析主峰~160 bp，次峰~3。 FFPE组织 𐟧ꊦ取试剂盒：推荐使用Qiagen的QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（货号：56404）。定量方法：与常规gDNA相同。纯度评估：与常规gDNA相同。片段分布：1%琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪，如Agilent2100进行样本完整性评估。血浆cDNA 𐟧𔊦取试剂盒：根据具体样本类型选择合适的提取试剂盒。定量方法：与常规gDNA相同。纯度评估：与常规gDNA相同。片段分布：根据具体样本类型进行评估。纳昂达通用型文库构建试剂盒兼容多种类型样本的文库构建，确保样本处理和质量控制是关键步骤。

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