当前位置：网站首页 » 观点 » 内容详情

顺式作用元件权威发布_顺式作用元件名词解释(2024年12月精准访谈)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：观点更新日期：2024-12-01

顺式作用元件

确切消息：台积电宣布，自11月11日起，将全面停止向中国公司提供7纳米及以上先进制程芯片供应。真正的“技术封锁”大幕已经拉开！

每日科技名词|DNA甲基化来源：全国科学技术名词审定委员会 DNA甲基化 DNA methylation 定义：DNA碱基上共价连接甲基基团的化学修饰。细菌中的甲基化常发生在腺嘌呤的第六位氨基与胞嘧啶的第五位碳原子上。哺乳动物中的甲基化主要是二核苷酸CpG上胞嘧啶的第五位碳原子，生成m5CpG。DNA的不同甲基化状态（过甲基化与去甲基化）与基因的活性和功能有关。学科：生物化学与分子生物学_遗传信息传递与基因表达调控_基因表达调控_修复相关名词：表观遗传修饰甲基转移酶转座子转录调控【延伸阅读】 DNA甲基化是生物体最重要的表观遗传修饰之一，对基因表达和基因组稳定起着至关重要的作用。DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）为甲基供体，将甲基转移到胞嘧啶的5’号碳原子上形成5-甲基胞嘧啶的过程，形成的DNA甲基化可以通过有丝分裂或者减数分裂在后代进行遗传。在哺乳动物中，DNA甲基化是必不可少的，它广泛存在于转座子元件、功能基因编码群和重复的DNA中，且几乎所有的甲基化存在于CpG二核苷酸对中；在植物基因组中存在三种类型的甲基化序列：对称的CG序列、不对称的CHG和CHH序列，在植物的生产发育及进化过程中起着重要的调节作用。DNA甲基化可以称作是细胞记忆的一种机制，是表观遗传学研究的“主角”。DNA甲基化反应分为两种类型：一种是从头甲基化，指对非甲基化的DNA（2条链均未甲基化）进行甲基化修饰，主要发生在胚胎发育的早期，用于胚胎早期细胞设定甲基化状态；另一种是保留甲基化，即DNA的一条链已存在甲基化，另一条未甲基化的链被甲基化。大量研究表明，DNA甲基化参与生物体的转录调控、基因组印记、X染色体失活、发育和癌症发生等多种过程。DNA甲基化能引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式改变，从而控制基因的表达。转座子的高甲基化可保持基因组遗传物质的稳定性，顺式作用元件的动态甲基化可以调控基因的表达。 DNA甲基化在动植物育种、疾病检测和环境治理等方面有广泛的应用。通过亚硫酸盐测序、简化代表性重亚硫酸盐测序、全基因组重亚硫酸盐测序和免疫沉淀测序等方法检测DNA甲基化水平，可应用于癌症、心血管疾病、遗传性疾病和精神疾病等疾病的早期诊断和预后评估。同时，DNA甲基化也可作为分子标记和基因组编辑的靶点，用于动植物育种和环境治理。[OK]网页链接

分享图片

转录因子顺式元件，一文懂！ 𐟔 转录因子：转录因子（transcription factor）是一类蛋白质分子，它们能够与基因5'端上游的特定序列特异性结合，从而确保目的基因在特定的时间和空间内以特定的强度进行表达。 𐟓– 真核生物转录起始的复杂性：真核生物的转录起始过程非常复杂，需要多种蛋白因子的协助。转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点，它们可以分为两类：普遍转录因子：这些因子在转录起始复合体组装的不同阶段起作用，与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除了TFⅡD外，还有TFⅡA、TFⅡB、TFⅡF、TFⅡE和TFⅡH等。组织细胞特异性转录因子：这些因子在特定的组织细胞中或在受到某些类固醇激素、生长因子或其他刺激后开始表达某些特异蛋白质分子时才需要。 𐟌€ 顺式作用元件：顺式作用元件（cis-acting element）是指同一DNA分子中具有转录调节功能的特异DNA序列，包括启动子和增强子等。 𐟔„ 反式作用因子：反式作用因子（trans-acting factor）是指能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上，参与调控靶基因转录效率的蛋白质，多为转录因子。 𐟒𜠃DS与ORF： CDS（Coding sequence）：指成熟mRNA中可以被翻译为蛋白质的编码序列区域，自起始密码子开始至终止密码子结束。 ORF（Open Reading Frame）：从起始密码子开始，是DNA序列中具有编码蛋白质潜能的序列，结束于终止密码子连续的碱基序列。不是所有读码框都能表达出蛋白产物，或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白。CDS必定是一个ORF，但也可能包括很多ORF。反之，每个ORF不一定都是CDS。 𐟓 TSS：TSS（Transcription start site）是指一个基因的5'端转录的第一个碱基，它与新生RNA链第一个核苷酸相对应的DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤（A或G）。

酵母单杂交实验：原理与操作指南 𐟧슩…𕦯单杂交技术（yeast one-hybrid）是基于酵母双杂交技术发展而来的，主要用于研究蛋白质与DNA元件之间的相互作用。这项技术有三种主要应用：确定已知的DNA与蛋白质之间是否存在相互作用分离出结合于特定顺式调控元件或其他短DNA结合位点的蛋白质新基因定位已经证实的具有相互作用的DNA结合蛋白的DNA结合结构域，以及准确定位与DNA结合的核苷酸序列菌株和质粒 𐟧늊实验中使用的菌株是酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的EGY48菌株，质粒包括pLacZ2’ŒpB42AD。pLacZ2𔨧𒒨🞦Ž婡𚥼作用元件（如启动子），而pB42AD质粒连接转录因子的编码区序列。培养基及试剂 𐟧ꊙPD酵母全营养培养基：每升含有20克胰蛋白胨、10克酵母提取物和20克葡萄糖。 SD培养基：每升含有6.7克YNBOXOID、20克葡萄糖、20克琼脂，以及缺少色氨酸和尿嘧啶的氨基酸混合物。显色SD培养基：在SD培养基（不含葡萄糖）中加入1㗠BU盐、2%半乳糖、1%棉子糖和80微克/毫升X-gal。10㗠BU盐由37.1克/升Na2HPO4和30克/升NaH2PO4组成。 One-step溶液：现用现配，每毫升含有2毫升1 mol/L LiAc、8毫升50% PEG3350和76.9微升巯基乙醇。仪器设备 𐟔슳0Ⰳ摇床 30Ⰳ恒温培养箱超净工作台实验步骤 𐟓 将EGY48菌株与含有pLacZ2’ŒpB42AD质粒的质粒载体混合，形成重组菌株。将重组菌株在YPD全营养培养基中培养至对数期。将菌株转移到含有不同浓度梯度的半乳糖的SD培养基中，观察菌株的生长情况。将菌株转移到显色SD培养基中，通过X-gal的显色反应来检测半乳糖苷酶的活性，从而判断蛋白质与DNA的相互作用情况。通过这些步骤，我们可以有效地研究蛋白质与DNA之间的相互作用，为生物学的深入研究提供有力支持。

什么是ChIP-seq？一文带你搞懂！ 𐟧젤𛀤𙈦˜IP-seq？ ChIP-seq其实是个组合拳，包括染色质免疫共沉淀（ChIP）和二代测序（seq）。简单来说，ChIP是用来研究蛋白质和DNA之间相互作用的技术，而ChIP-seq则是通过二代测序来分析这些相互作用。这个技术主要有两大类应用：转录因子（TF）的ChIP-seq和组蛋白（Histone）的ChIP-seq。转录因子的ChIP-seq 转录因子是那些能结合到基因上游特定序列上的蛋白质。它们就像反式作用因子，和真核基因的顺式作用元件（比如启动子、增强子）相互作用，从而激活或抑制基因的转录。所以，转录因子的ChIP-seq主要是用来确定这些蛋白质是否结合到特定的基因组区域，比如启动子或其他DNA结合位点。组蛋白的ChIP-seq 组蛋白的ChIP-seq则主要是用来研究组蛋白修饰的情况。组蛋白是染色质的基本组成部分，它们的N端有一段富含赖氨酸和精氨酸的“尾巴”，这些尾巴上的氨基酸可以被各种修饰酶催化添加各种修饰基团，比如磷酸化、甲基化、乙酰化和泛素化等。这些修饰对基因表达的调控非常重要。在组蛋白修饰中，甲基化和乙酰化是最常见的两种修饰。比如，H3K4me3、H3K36me3、H3K79me3等甲基化修饰通常激活转录，而H3K9me3、H3K27me3等甲基化修饰则抑制转录。通过组蛋白特异性抗体，我们可以将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来，然后通过测序来获取组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定这些修饰相关的特定位点和修饰酶类的靶标。结语 ChIP-seq技术在表观遗传学研究中有着非常重要的作用。无论是转录因子的研究还是组蛋白修饰的研究，这个技术都能提供非常宝贵的数据。如果你也在做相关的实验，不妨考虑一下这个强大的工具吧！

W同学如何跨考UCL合成？ 𐟌Ÿ「案例1：W同学」𐟌Ÿ 录取结果：W同学成功被UCL录取为研究型硕士，专攻合成生物学领域的综合生物学和生物技术方向。此外，他还获得了爱丁堡大学的授课型硕士，专攻合成生物学和生物技术。申请背景：W同学来自211高校，平均分超过90分。虽然他的科研经历中没有研究型论文成果，但他在植物学领域发表了一篇核心综述的一作。申请目标：W同学的目标是以读博为导向，专注于生物合成领域的研究型硕士课程。申请优势：W同学拥有高分、211背景，并且他对自己的专业方向有清晰明确的想法。 𐟌𑣀Œ申请挑战：你面临的挑战是什么」𐟌𑊨𗨤𘓤𘚯𜚗同学的本科科研经历主要集中在植物学领域，而他申请的研究生专业是合成生物学。虽然他的毕设课题与专业方向相关，但在申请时实验刚刚起步。科研经历不够深入：由于每段科研经历的内容并不算深入，W同学的科研经历数量相对较少，无法在数量或质量上突出某一方面。 𐟒ꣀŒ素材强化：我们如何提升你的竞争力」𐟒ꊧ쬤𘀦�𜚦𗱥…妏述科研经历，突出与合成生物学相关的部分。我们发现W同学在植物学的大创项目中，对植物的多个顺式作用元件进行了功能预测与分析。我们将这一细节与合成生物学中的元件概念相结合，突出展示W同学对合成生物学的理解。同时，我们还强调了W同学在生物信息学方面的经历，以适应合成生物学与系统生物学结合的趋势，体现他的背景与专业的契合度。第二步：通过多个课内经历丰富科研经历，展示W同学在不同领域的接触。我们引导W同学回忆长周期的实验课程或实习经历，重点展示他在科研实践和仪器设备操作方面的能力。虽然合成生物学主要涉及微生物，但也包括植物和哺乳动物细胞等方向。通过丰富的背景，展示W同学与该专业的适应程度，并表明他未来可以尝试不同的合成生物学研究方向。

专栏内容推荐

3898 x 1748 · jpeg
毛果杨 CNGC 家族全基因组鉴定及胁迫响应分析
素材来自:bbr.nefu.edu.cn

640 x 385 · jpeg
顺式作用元件包括_植物启动子顺式作用元件批量提取预测可视化分析-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
300 x 210 · jpeg
順式作用元件:順式作用元件(cis-actingelement)是指與結 -百科知識中文網
素材来自:jendow.com.tw

720 x 426 · jpeg
顺式作用元件包括_植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析 – 源码巴士
素材来自:code84.com
600 x 362 · jpeg
收藏贴-顺式作用元件分布图绘制 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

720 x 205 · png
基因家族分析（6）顺式作用元件预测 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

1064 x 904 · png
基因
素材来自:qitaijk.cn
800 x 320 · jpeg
顺式作用元件的结构组成 - 业百科
素材来自:yebaike.com

1269 x 865 · jpeg
科研进展
素材来自:ias.caas.cn
720 x 501 · jpeg
顺式作用元件包括_植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析 – 源码巴士
素材来自:code84.com

1080 x 783 · jpeg
酵母杂交Tips6 顺式作用元件怎么看？水稻拟南芥转录因子文库筛选 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
1554 x 1084 · png
科学网—Annual Review of Plant Biology：顺式调控元件在植物发育、适应和演化中的作用 - 郝兆东的博文
素材来自:blog.sciencenet.cn

1000 x 1067 · png
View image in article
素材来自:zwxb.chinacrops.org
1438 x 1096 · png
零代码 | 预测转录因子结合的顺式作用元件_顺式作用元件预测-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net

720 x 383 · jpeg
顺式作用元件包括_充电课-顺式作用元件分析（基础知识及预测）-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net

1080 x 712 · jpeg
基因家族分析（6）顺式作用元件预测 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
576 x 324 · jpeg
如何区分顺式作用元件与反式作用因子?_百度教育
素材来自:easylearn.baidu.com

911 x 519 · png
棉花半乳糖基转移酶基因 GhGalT1 启动子的克隆及表达分析
素材来自:zwxb.chinacrops.org
720 x 519 · jpeg
顺式作用元件包括_充电课-顺式作用元件分析（基础知识及预测）_雪蔻的博客-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net

800 x 966 · png
甘蓝型油菜 SnRK 基因家族生物信息学分析及其与种子含油量的关系
素材来自:zwxb.chinacrops.org
720 x 379 · jpeg
顺式作用元件包括_充电课-顺式作用元件分析（基础知识及预测）_雪蔻的博客-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net

720 x 518 · jpeg
顺式作用元件包括_植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析_彩彩彩虹的博客-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
1000 x 608 · gif
一种监测DNA顺式元件在植物中表达模式的无损报告系统、构建方法及其应用与流程
素材来自:xjishu.com