merip前沿信息_merip-seq全称(2024年11月实时热点)
RIP和MeRIP实验全攻略:步骤详解 RIP和MeRIP是两种不同的实验方法,各有各的目的。RIP实验的目的是验证蛋白质和RNA的结合情况,而MeRIP则是为了研究特定基因上的修饰。两者的操作步骤也略有不同,但都需要在低温条件下进行,并添加RNase Inhibitor和蛋白酶抑制剂。 RIP实验步骤: 准备工作:将细胞放在冰上,加入1ml RIP buffer(含有25 mM Tris, pH 7.4, 150 mM KCl, 0.5 mM DTT, 0.5% NP-40),并加入蛋白酶抑制剂和RNase Inhibitor。在冰上裂解20分钟。 收集细胞:将细胞收集到1.5ml的EP管中,4度下15分钟,12000g离心,取上清液到新的EP管中。取适量总蛋白作为Input,用于后续的WB检测。 抗体孵育:将剩余的上清液与目的蛋白抗体混合,4度下孵育过夜。 清洗Beads:用10倍体积的NT2 buffer(含有50 mM Tris, pH 7.4, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.05% NP-40)清洗Protein A/G beads,4度下1000rpm离心1分钟,重复3次。将步骤2中得到的蛋白-抗体复合物加到预清洗好的beads中,并加入RNase Inhibitor。4度下摇床4小时。 清洗Beads:用1ml NT2 buffer清洗beads,4度下1000rpm离心1分钟,重复3-5次。最后一次洗beads时,取出适量beads,加2xloading buffer煮沸,进行WB检测。 提取RNA:加500ul Trizol震荡混匀,4度下摇床10分钟。加入100ul氯仿,震荡混匀,冰上5分钟。4度下15000g离心15分钟。 分离RNA:取上层水相于新的RNase free的1.5EP管中,加入2ul糖原混匀,再加入等体积异丙醇,-20度过夜。4度下15000g离心10分钟,去上清,加入1ml 75%乙醇颠倒混匀。4度下7500g离心5分钟,去上清。室温晾干后,加入20ul DEPC水溶解,测溶度后进行后续qRT-PCR检测。 MeRIP实验步骤: 提取总RNA:首先提取细胞中的总RNA。 抗体拉RNA:用修饰抗体拉取特定RNA。 清洗Beads:用NT2 buffer清洗beads,并进行后续操作。 提取RNA:提取beads上的RNA,并进行测序或qRT-PCR验证。 这两种实验方法都需要在低温条件下进行,并添加RNase Inhibitor和蛋白酶抑制剂,以确保实验结果的准确性。
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