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内容来源:卡姆驱动平台所属栏目:热点更新日期:2024-11-28

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网络药理学研究流程全解析 很多同学在做网络药理学研究时感到无从下手,其实只要掌握基本的研究流程和使用相应的软件,就能轻松搞定。以下是详细的步骤和使用的数据库: 获取药物有效成分 𐟌🊠 利用TCMSP数据库获取药物的有效成分。 预测有效成分靶点 𐟎 通过PubChem数据库和SwissTarget Prediction预测有效成分的靶点。 获取疾病靶点 𐟏加 利用Genecards数据库和OMIM数据库获取与疾病相关的靶点。 绘制交集基因图 𐟓Š 使用venn图绘制药物、成分、靶点和疾病的交集基因。 构建药物-成分-靶点-疾病网络 𐟌 利用Cytoscape软件构建药物、成分、靶点和疾病的网络。 PPI网络分析 𐟤 通过STRING数据库和Cytoscape软件进行PPI网络分析。 GO和KEGG富集分析 𐟓ˆ 使用DAVID数据库和微生信网站进行GO和KEGG富集分析。 分子对接 𐟔슠 利用Autodock、Pymol和Openbabel等软件进行分子对接。 最后,给大家整理了一些网络药理学的资料,供大家参考。

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网络药理学分析全流程详解 网络药理学是一种结合了计算机科学、生物信息学和药物化学的新兴领域,主要用于研究药物与疾病之间的关系。以下是网络药理学分析的基本步骤: 𐟌🠦˜Ž确药物与疾病:首先,确定要研究的中药及其对应的疾病。可以通过查阅相关文献或使用TCMSP数据库来查找药物成分。 𐟔 确定成分靶点:在TCMSP数据库中筛选药物的靶点,或者利用PubChem和Swiss等平台预测靶点。 𐟏堧ᮥ–𞧗…靶点:在OMIM、Genecards和Drugbank等数据库中搜索与疾病相关的靶点。 𐟔„ 找出交集靶点:通过韦恩图分析,找出药物成分靶点和疾病靶点的交集。 𐟌 构建PPI网络:将交集靶点蛋白导入String数据库,构建蛋白质相互作用网络。 𐟓ˆ GO和KEGG分析:在Metascape网站上进行GO和KEGG分析,了解药物在特定通路中的作用。 𐟔젥ˆ†子对接:选取与疾病最相关的靶点蛋白,与对应的小分子进行对接,计算结合能。 𐟖𜯸 整理分析图:整理并美化分析结果图,如韦恩图、PPI网络图等。 这些步骤是网络药理学分析的基础,通过这些步骤可以更深入地理解药物与疾病之间的关系。欢迎大家共同探讨和交流!

终于有人把网络药理学讲明白了! 网络药理学:从零到有手就会 网络药理学,听起来有点高大上,但其实也没那么复杂。刚开始的时候,我也觉得这玩意儿学不会,但慢慢摸索下来,发现其实只要掌握了几个关键步骤,就能轻松上手。 数据库和工具:你的得力助手 TCMSP数据库:这个数据库简直是宝藏,能帮你找到药物的有效成分。 PubChem数据库:预测这些成分的靶点,让你知道药物到底是怎么起作用的。 SwissTarget Prediction:预测靶点,进一步了解药物的作用机制。 Genecards数据库:找到和疾病相关的靶点,确定药物的治疗方向。 OMIM数据库:获取更多疾病相关的信息,让你的研究更全面。 软件和流程:让你的研究更高效 Cytoscape软件:构建药物-成分-靶点-疾病网络,清晰展示药物的作用路径。 String数据库:找到交集基因,进一步优化你的网络。 PPI网络:通过蛋白质相互作用网络,深入了解药物的作用机制。 DAVID数据库:进行GO和KEGG富集分析,找出药物的主要作用途径。 微生信网站:提供更多生物信息学工具,让你的研究更深入。 分子对接:用Autodock和Pymol进行分子对接,找出药物和靶点的具体结合方式。 Openbabel等软件:进行化学结构优化,提高药物的活性。 做图软件:让你的研究成果更直观 网络药理学的研究离不开各种做图软件,这里推荐几个常用的: Cytoscape:构建网络图,清晰展示药物的作用路径。 其他做图软件:根据具体需求选择合适的软件,让你的研究结果更直观。 相关文献和资料:让你站在巨人的肩膀上 网络药理学系列一(共11讲):从基础到进阶,逐步掌握网络药理学的核心知识。 网络药理学系列二(共14讲):深入探讨网络药理学的各种应用场景。 网络药理学系列三(共15讲):进一步扩展网络药理学的研究范围和方法。 TCMSP中药网络药理学资料:提供更多中药相关的网络药理学资料,让你对中药的研究更深入。 希望这些资料能帮到你,让你的网络药理学研究更上一层楼!𐟚€

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