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circrna在线播放_circrna和microrna(2024年12月免费观看)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：导读更新日期：2024-12-01

circrna

【科研进展】赵方庆团队综述环形RNA药物设计环形 RNA（circular RNA,circRNA）是一类广泛存在于真核细胞中的内源性非编码 RNA 分子，在生物体发育过程中发挥着重要作用。其独特的环状结构使其免受外切酶降解，因此比线性 RNA 更加稳定。自 2010 年代初以来，circRNA 在 RNA 适配体、 guide RNA 等领域的应用受到了广泛关注，近年来甚至被用于 SARS-CoV-2 疫苗的研发。随着 circRNA 设计及体外和体内合成技术的不断进步，其在大规模工程化生产中的潜力日益显现，有望成为一种稳定且低免疫原性的 RNA 治疗手段。 2024 年 11 月 21 日，中国科学院动物研究所赵方庆团队在 Nature Reviews Bioengineering 发表了题为 “Engineering circular RNA medicines” 的综述文章。该综述详细总结了 circRNA 药物的设计与开发，并重点阐述了环形 RNA 药物设计的关键要素。文章还概述了 circRNA 在疾病预防与治疗方面的最新进展，并展望了 circRNA 作为生物医学新兴领域的重要转化前景。与传统的信使 RNA (mRNA) 不同，circRNA 是一种独特的单链非编码 RNA，其封闭的环状结构通过反向剪接机制生成，即下游剪接供体与上游剪接受体结合形成闭合环。天然 circRNA 可通过编码蛋白质、结合 miRNA、或与 RNA 结合蛋白相互作用等途径调控基因表达。研究表明，工程化 circRNA 在治疗和基因调控领域展现出巨大的潜力（图 1）。通过引入内部核糖体进入位点（IRES）或 N6-甲基腺苷（m6A）修饰，circRNA 可实现帽非依赖性的蛋白质翻译，从而成为稳定的免疫和治疗蛋白传递平台。此外，基于环状开放阅读框的设计，circRNA 能够通过读框移位等机制合成比其编码序列更长的蛋白质。在调控层面，circRNA 可通过海绵机制吸附 miRNA，或通过与 RNA 结合蛋白交互以及反义互补作用，调节基因表达。在基因编辑领域，环形导向 RNA (gRNA) 已展示出更高效、持久的 A-to-I RNA 编辑效果，并成功应用于多基因编辑的 CRISPR 系统开发。由于其独特的环状结构，circRNA 相较于线性 RNA 具有更高的稳定性和更长的半衰期。然而，circRNA 的生产过程涉及额外的环化与纯化步骤，亟需开发更高效的环化平台，以减少外源序列的引入并降低免疫原性风险。本文总结了体外和体内合成 circRNA 的主要策略。在体外合成方面，可采用化学连接、酶促连接或核酶催化等方法生成 circRNA，随后进行严格的纯化以提高产品质量。对于体内合成，则通过将质粒 DNA 运送至靶细胞，利用反向剪接或转录后自动催化裂解等机制实现 circRNA 的表达。 circRNA 的高稳定性为其在疫苗和治疗领域提供了独特优势。尽管目前多数 circRNA 研究仍处于设计和临床前测试阶段，其在感染性疾病疫苗和癌症免疫治疗中的转化潜力不容忽视。与传统线性 mRNA 疫苗相比，circRNA 能够在体内实现长期表达，从而产生更持久的免疫反应。例如，在小鼠模型中，基于 circRNA 的狂犬病疫苗通过甘露糖修饰的脂质纳米颗粒展现出出色的稳定性和更强的抗体反应。此外，circRNA 疫苗还可用于癌症免疫治疗，通过编码肿瘤抗原激发免疫反应。例如，circRNAOVA-luc 疫苗在小鼠黑色素瘤模型中成功诱导抗肿瘤免疫反应，并有效抑制肿瘤进展。同时，特异性设计的 circFAM53B-219 抗原肽在乳腺癌患者中表现出肿瘤特异性的免疫活性。这些研究结果表明，circRNA 疫苗不仅可以用于预防感染性疾病，还为癌症免疫治疗提供了创新性方案。随着全长 circRNA 测序技术的突破以及人工智能辅助生物信息学算法的优化，circRNA 的设计和安全性问题有望得到更全面的解决。例如，RNA 语言模型已经用于优化 mRNA 的 5′ UTR 序列，并成功设计出新的功能性核酶，这一策略预计能进一步提升 circRNA 的稳定性和翻译效率。在未来几年中，随着 circRNA 生产工艺的持续改进和生物信息学技术的不断进步，circRNA 有望在感染性疾病疫苗、癌症免疫治疗以及罕见病替代疗法等领域实现快速发展。该综述由中国科学院动物研究所赵方庆研究员团队成员曹晓菲、蔡郑依和张金阳共同完成，并获得了国家自然科学基金、国家重点研发计划项目等资助。论文链接：网页链接阅读原文：网页链接

揭示circRNA编码肽在TNBC中的分子机制 circCAPG通常与miRNA、蛋白质相互作用。为了探索circCAPG是否通过与miRNA相互作用来抑制TNBC的进展，进行anti-AGO2（RIP）实验，结果显示下拉物中没有circCAPG富集（图1）。 circRNADb数据库预测和双荧光素酶基因报告实验显示circCAPG可能编码一个171个氨基酸的蛋白质。分别对突变体circCAPG-FLAG/-FLAG-IRES-mut/-FLAG-ATG-mut进行IP实验，下拉物Western blot显示，只有circCAPG-FLAG可以翻译成一个名为CAPG-171aa的多肽(图1D和E)。为了解CAPG-171aa调控TNBC进展的潜在分子机制，对CAPG-171aa进行IP实验，质谱检测其潜在的互作蛋白分子（图2A）。在大量的互作蛋白中，最终挑选9个蛋白进行IP-WB验证，且只有STK38能与TNBC细胞中的CAPG-171aa结合(图2B)。此外，STK38与母体CAPG无相互作用(图2C)。既往研究表明，STK38可以调节MYC蛋白的稳定性，并通过与SMURF1结合，促进MEKK2的泛素化和降解。通过使用anti-MEKK2进行IP分析，发现MEKK2可与STK38和SMURF1相互作用(图3A)。进一步anti-SMURF1 IP分析研究证明，OE-CAPG-171aa能降低STK38和SMURF1之间的相互作用(图3B)。此外，anti-MEKK2 IP分析还发现OE-CAPG-171aa降低MEKK2的泛素化，增加MEKK2蛋白水平(图3C)。相应的，MEKK2的泛素信号在circCAPG敲减的TNBC细胞株中增加(图3D)。后续功能回复实验，MEKK2 KD可以降低CAPG-171aa-OE TNBC细胞系的细胞增殖、迁移和侵袭能力，表明MEKK2是CAPG-171aa的下游伴侣。全文分享可查阅：【《Molecular Cancer》文献解读：利用IP/RIP技术揭示circRNA编码肽在TNBC中的分子机制】。 #科研#⠂ #分子机制#⠂ #RIP实验#⠣研究生日常#⠣文献阅读#

1.蛋白的直接互作蛋白筛选 2.IncRNA/circRNA/Promoter结合蛋白筛选 3.药物小分子药靶蛋白筛选 4.自身抗体筛选、抗体特异性验证 5.蛋白/多肽芯片定制服务如有相关科研实验问题，欢迎随时留言探讨。 #科研#⠂ #蛋白芯片#⠂ #实验外包#⠂ #研究生#

circNOLC1如何稳定NOLC1 mRNA？鉴于circrna通常作为miRNA海绵发挥作用，研究了circNOLC1是否可以在CRC进展过程中与miRNA结合。Anti-AGO2 IP分析发现circNOLC1显著富集（图1a）。通过生物信息学分析，发现有7个潜在的miRNA可与circNOLC1结合，其中miR-212-5p是唯一一个报道与CRC转移相关的肿瘤抑制因子，其表达水平在CRC细胞系中显著下调。circRIP实验发现circNOLC1和miR‐212‐5p在复合物中特异性富集，与生物素偶联的miRNA pull-down结果一致（图1b-c）。双荧光素酶实验结果也证实二者存在结合（图1d）。进一步实验显示抑制miR‐212‐5p上调c‐Met表达水平。接下来，评估了circNOLC1在CRC中上调的原因。三个独立的数据库预测均发现NOLC1启动子包含YY1的结合基序（图1e）。ChIP分析验证了YY1与NOLC1启动子直接结合（图1f），YY1上调circNOLC1水平（图1g）；同时circNOLC1促进HuR的表达部分增强了NOLC1 mRNA的稳定性（图1h-i）。全文分享可查阅：【《Adv Sci》解读：极为少见！CircNOLC1同时与AZGP1和miR-212-5p结合调控促进结直肠癌肝转移】。 #科研#⠣RIP实验#⠂ #泛素化修饰#⠂ #双荧光素酶#⠂ #研究生日常#

基因调控全攻略𐟓š 在研究基因功能或验证药物靶点时，基因过表达、敲低和敲除是必不可少的步骤。很多科研人员可能对这些方法感到困惑，因此整理了一些体外细胞实验中常用的过表达、敲低和敲除方法，供大家参考。体内动物的基因编辑将在下一期讲解。基因过表达 𐟓ˆ 基因过表达是将目的基因的编码区序列（CDS）克隆到相应的质粒或病毒载体上，利用载体骨架上的调控元件，使基因在人为控制下大量转录和翻译，从而实现目的基因的过表达。质粒：瞬时转染普通编码基因过表达 miRNA过表达 lncRNA过表达 circRNA过表达特点：过程简单：常规质粒载体通过常规转染即可将质粒转入细胞。载体容量大：有足够大的容量放置感兴趣的序列。表达水平高：表达水平较高。表达时间短：表达时间较短。慢病毒：稳定转染慢病毒重组载体构建完成后需要辅助质粒的参与才能包装形成病毒颗粒。通过对上清液中活体病毒的直接收集或进一步浓缩病毒后可用于转染靶细胞，释放到宿主细胞中的病毒RNA逆转录成双链DNA，进一步整合到宿主细胞的基因组中。感染谱广：感染范围广泛。稳定表达：通过将外源基因整合到宿主细胞基因组上，可实现目的基因长期稳定表达。安全性高：安全性较高。包装容量有限：插入的外源基因需在4kb以下。包装滴度较低：包装滴度较低。基因敲低 𐟓‰ 基因敲低是利用双链小RNA高效、特异性降解细胞内同源mRNA，从而阻断体内靶基因的表达，使细胞出现靶基因缺失的表型。通过降解具有同源序列靶基因的mRNA，达到阻止基因表达的作用。 siRNA：瞬时转染小干扰RNA（siRNA），是一类双链RNA分子，长度为20-25个碱基对，类似于miRNA，它干扰了表达与互补的核苷酸序列的特定基因的转录后降解的mRNA，从而防止翻译。基因敲除 ✖️ 基因敲除是用含有一定已知序列的DNA片段与受体细胞基因组中序列相同或相近的基因发生同源重组，整合至受体细胞基因组中并得到表达的一种外源DNA导入技术。 CRISPR/Cas9基因编辑技术 CRISPR/Cas9技术是一种常用的基因编辑技术，通过在基因组中引入特定的DNA片段，实现基因的敲除。希望这些信息能帮助大家更好地理解和掌握基因过表达、敲低和敲除的方法，欢迎交流学习！

circRNA研究汇总丨20240930-20241007

SCI引言怎么写？三要素避坑！ SCI论文的引言部分其实就是文献综述，主要包含三个关键要素：研究背景𐟌、待解决问题𐟧饒Œ研究目的𐟎‚创新固然重要，但也要在前人的基础上进行发展哦！𐟌𑊥𜕨耧š„结构𐟓： 1️⃣ 3-5段式：前3-4段介绍研究背景，层次由大到小，层层递进𐟌ˆ 2️⃣ 倒数第二段：提出研究空白或急需解决的问题𐟧 3️⃣ 最后一段：介绍研究目的和内容𐟎ﯼŒ让人觉得你的研究靠谱且有创新性𐟒ኤ𛥣ircRNA与乳腺癌的关系为主题的SCI论文为例，以下是新手容易犯的常见错误𐟚鯼š 1️⃣ 背景介绍遗漏或详略失误𐟓Œ：错误示例：在背景介绍中，过分关注某种特定circRNA的细节𐟘𕯼Œ而忽略了circRNA在乳腺癌发生发展中的整体作用𐟌，或者未提及乳腺癌的发病率𐟓Š、严重程度⚠️及其对公共卫生的影响𐟒”。 2️⃣ 逻辑混乱，段与段、句与句之间关联不明确𐟔—：错误示例：首先讨论了乳腺癌的发病率𐟓ˆ，然后突然转到circRNA的生物合成过程𐟧쯼Œ之后又跳回到乳腺癌的临床表现𐟑颀⚕️，而没有清晰的过渡或逻辑联系𐟤”。 3️⃣ 文献引用问题𐟓š：错误示例1：引用了20年前的关于circRNA与乳腺癌的研究𐟓œ，而忽视了近期的重要发现和进展𐟒ᣀ‚ 错误示例2：在文献综述中提到一篇研究报告指出某种circRNA与乳腺癌预后密切相关𐟎ﯼŒ但实际上引用的文献并未提及这一结论𐟘–。错误示例3：在引述前人的研究结论时，例如某种circRNA在乳腺癌中的作用机制𐟔쯼Œ却未给出相应的文献引用𐟔Ž。作为一个系列，娜姐将持续分享SCI论文各个部分的写作要点和新手容易犯的错误。关注我，论文顺顺利利accept！𐟒Ž𐟒–✨

circRNA实验全解 𐟔 实验原理在组织或细胞中提取的total RNA通常包含多种RNA。为了准确分析circRNA，首先需要去除样本中的核糖体RNA和poly-A RNA干扰，然后用RNase酶消化掉线性RNA，从而使circRNA富集。 𐟓Š 实验目的从总RNA中富集circRNA，采用Northern blot和特异的PCR进行验证，并对circRNA的成环特性进行评估。 𐟧ꠥꌦ料 RNA提取试剂盒核糖体RNA去除试剂盒 PolyA结合磁珠 RNAaseR试剂盒放线菌素D Northern blot试剂盒发散引物RT-PCR 𐟓 实验步骤 4.1 RNA提取样品处理组织样品：加入400ul Trizol溶液到装有绿豆大小组织块的EP管中，利用电动组织匀浆器在冰上充分匀浆1-2min，后放置室温充分裂解10min。细胞样品：12孔板细胞弃去上清，每孔加入600ul Trizol溶液。先在冰上裂解15-20min，再用1ml移液枪吹打液体充分裂解贴壁细胞，后将液体转移到RNasefree EP管中。 RNA提取按1:5比例，在Trizol溶液中加入氯仿，手动充分摇匀混合液20-30s，室温放置10min。 4度1200g离心10min，小心转移上层透明液体到EP管中。按异丙醇与Trizol溶液比例为1:2加入异丙醇，上下颠倒混匀液体，室温放置10-15min。 4度1200g离心10min，弃去上清，可见羽毛状RNA沉淀于管侧底部。按等比例加入75%乙醇，温和地悬浮RNA沉淀。 4度7500g离心5min，尽量吸除上清，室温晾干5-10min。用20ul RNase free dH20溶解RNA，测浓度后-80度保存。总RNA定量 RNA在260nm波长处有最大吸收峰，可通过测定RNA样品的OD260和OD280估算出RNA的含量和纯度。OD260值为1相当于40ug/ml单链RNA，该方法提取的RNA OD260/280值在0.8-2之间。 circRNA的预处理去除核糖体RNA和poly-A RNA 使用Invitrogen的核糖体RNA去除试剂盒RiboMinusTM Human/Mouse Transcriptome Isolation Kit（货号K1550-01）。通过磁珠法结合Poly(A)的RNA后剩余的RNA即为Poly(A)-RNA样品。 RNAaseR酶消化 RNase R是一类核糖核酸外切酶，能降解大部分线性RNA，但circRNA不易被RNase R酶消化降解。因此可以通过该实验鉴别circRNA和线性RNA。准备总RNA样品：提取细胞或组织的总RNA，测浓度后备用。 RNaseR反应体系：取5ug total RNA样品按下面体系准备消化。短暂旋转试管，添加5xFirst-StrandBuffer, 0.1MDTT, RNasin和SuperScriptM RT，轻轻移液并将反应液在25℃下孵育5分钟。在50℃下孵育60分钟，然后通过灭活反应在70℃加热15分钟。发散引物可以扩增circRNA，而不能扩增线性RNA。 𐟓š 参考文献 Chen et al. (2015). Isolation of non-polyadenylated and ribosomal-free RNAs from mammalian cells. Methods Mol Biol 1206, 69-80. Yang et al. (2016). Characterization of Circular RNA. Methods Mol Biol 1402, 215-227.

10月30日，中国国家药监局药品审评中心（CDE）官网公示，环码生物申报的HM2002注射液临床试验申请获得受理。根据环码生物公开资料，这是该公司研发的一款创新环形RNA（circRNA）药物，也是专门为“治疗性血管新生”打造的全新基因治疗药物。环码生物正是一家专注于环形RNA药物开发的创新型生物技术公司。该公司成立于2021年，其已经完成了多项关键环形RNA技术的开发。该公司成立以来先后获得知名投资机构的多轮投资，2023年8月还宣布完成由强生创新-JJDC等领投的数千万美元A轮融资。 HM2002注射液是一种创新的环形RNA（circRNA）药物。临床前研究结果显示，在心肌梗死动物模型中，HM2002注射液能够促进血管再生，减少梗死和纤维化面积，显著改善心功能，有望为缺血性心脏病的治疗提供新的选择。今年9月，环码生物宣布在接受冠状动脉旁路移植术（CABG）的缺血性心力衰竭患者中完成了HM2002注射液的经心外膜心肌注射给药。环码生物新闻稿表示，这一突破性进展标志着环形RNA类药物正式迈入人体临床试验（first-in-human）的新阶段。这项首次人体研究是一项研究者发起的探索性研究（IIT），试验的主要目标是初步评估在CABG手术中应用HM2002注射液的可行性与安全性，重点监测药物的治疗反应。环形RNA疗法在中国申报临床，环码生物研发

资深医药猎头顾问行业知识分享：关于RNA：mRNA、LncRNA、smallRNA和CircRNA： 1. mRNA：信息的搬运工 mRNA，也就是信使RNA，是基因表达的中间人。它从DNA那里获取信息，然后跑到细胞质中，指导蛋白质的合成。简单来说，mRNA就像是一张食谱，告诉细胞如何制作蛋白质。 2. LncRNA：调控大师 LncRNA，长链非编码RNA，虽然不直接参与蛋白质合成，但它们在调控基因表达上起着关键作用。LncRNA可以影响基因的开关，就像一个智能开关，控制着细胞内的各种程序。 3. smallRNA：细胞的守护者 smallRNA，包括miRNA和siRNA，它们短小精悍，能够识别并结合特定的mRNA，阻止它们翻译成蛋白质。smallRNA在调控基因表达、抗病毒和维持基因沉默等方面发挥着重要作用。 4. CircRNA：神秘的循环 CircRNA，环状RNA，是一种特殊的RNA，它们形成了一个闭合的环状结构。CircRNA在细胞中的作用还在探索中，但已知它们可能参与调控基因表达和蛋白质功能。

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