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KEGG最新视觉报道_kegg官网(2024年11月全程跟踪)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：热点更新日期：2024-11-27

KEGG

花一天时间搞懂KEGG信号通路信号通路，英文叫Signaling pathway或者Signal transduction，简单来说就是分子们互相传递信息的一种方式。它的魅力在于，一个人也能搞定整个分子机制的框架。每个通路都是由一组已知的分子组成的，这些分子有明确的上下游关系，就像是高速公路上的车流一样。每个通路都有几个标志性的分子（Biomarkers），只要搞清楚这些分子，就能对整个通路的运作有个大概的了解。目前科研中最火的9种信号通路包括：NF-、PI3K/AKT、MAPK、JAK-STAT、TGF-€Wnt、Notch、Hedgehog和Hippo通路。刚开始学习的时候，不需要深入挖掘每个通路的细节，只需要抓住几个关键分子就行了。这样不仅能节省时间，还能让你对整个通路的运作有个更清晰的认识。所以，如果你也在为搞懂KEGG信号通路而头疼，不妨试试这个方法，说不定一天就能搞定呢！𐟒ꀀ

网络药理学制图服务，前十单半价优惠！ 𐟎‰ 庆祝小店开张，前十单享受半价优惠！ 𐟓Š 韦恩图 𐟌€ 富集气泡图 𐟛䯸 KEGG通路图 𐟌𑠇O通路图（BP CC MF） 𐟌 PPI网络图 𐟒Š 药物成分靶点网络图专业制图服务，仅需400元！ 𐟚€ 可接急单，48小时内出图！ 𐟎蠥侮ƒ整颜色和样式！ 𐟔„ 三天内可调整药方或疾病信息！数据来源：TCMSP数据库、GeneCards数据库、DrugBank数据库等。分子对接服务，每张图仅需20元。

网络药理学：从零开始到发表SCI的指南网络药理学其实并没有大家想象的那么高深莫测。今天，我就来分享一些我自己学习网络药理学时用到的各种资料，希望能帮到大家。网络药理学的基础概念 𐟌 网络药理学是基于药物与药物之间在结构、功效等方面的相似性，以及机体内靶标分子和生物效应分子的多种相互作用关系，通过构建药物-药物、药物-靶标等网络来预测药物的功效以及特定功效对应的药物。简单来说，就是通过分析药物之间的相互作用关系来理解药物的疗效。中药网络药理学的分析思路 𐟌🊊中药网络药理学主要基于中药复方，利用系统生物学与系统药理学的原理，研究中药的多成分、多靶点特点。分析思路通常分为三步：第一步：找到有效靶点。通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验（如SPR分析、Biocore）等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。第二步：筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。通过GO/KEGG富集分析来筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。第三步：构建互作网络。可以是药物-活性成分-相关生物学功能/通路之间的互作网络，也可以是活性成分-相关生物学功能/通路-表型/疾病之间的互作网络，甚至是靶分子之间的互作网络。这一过程中的每一步的预测，也可以根据预测网站或软件等分析工具加上对应的统计值表格。干湿结合的中药网络药理学研究 𐟒簟”劊这类研究侧重于实验研究，一般IF在3-5分之间。把网络药理学当作筛选靶基因、相关生物学功能、通路的预测手段，也是按三步走的策略，每一步再通过常规的分子生物学、细胞生物学的技术加以验证。网络药理学与生信结合的分析套路 𐟓Š𐟌 这类研究把生信分析套路和网络药理学套路有机结合，一般IF在1-6分左右。第一步是通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验（如SPR分析、Biocore）等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。网络药理学做图软件 𐟖寸常用的网络药理学做图软件有三个，分别是Cytoscape、Gephi和VisANT。这些软件可以帮助你更好地理解和可视化药物之间的相互作用关系。网络药理学相关文献 𐟓– 网络上有很多关于网络药理学的文献，可以通过数据库或学术期刊网站进行搜索和下载。这些文献可以为你提供更多的研究思路和方法参考。 TCMSP中药网络药理学资料 𐟌🊊TCMSP（中药系统药理学数据库）提供了大量的中药网络药理学资料，包括KEGG通路富集分析、GO功能富集分析等视频教程和脚本文件。这些资料可以帮助你更好地理解和应用中药网络药理学。总结 𐟓 网络药理学并不是高不可攀的学问，只要掌握了基本的概念和分析思路，再加上一些实用的工具和资料，你也能轻松上手。希望这篇指南能帮到你，祝你早日在SCI上发表自己的研究成果！

如何解读KEGG气泡图❓ 𐟔气泡图是一种用于展示不同生物学通路在富集分析中的结果的图表。通过分析这种图，可以观察到与特定疾病或条件相关的生物学通路。 𐟔‘例如，PI3K-Akt信号通路和JAK-STAT信号通路的气泡较大且颜色偏红，这表明这些通路在富集分析中非常显著，并且涉及到的基因数量较多。 𐟓Š如何制作气泡图： 1️⃣ 数据收集：首先需要一组数据，包含你想在图表中展示的各项指标。 2️⃣ 统计分析：使用统计方法，如富集分析，来确定每个生物学通路中显著基因的数量以及相关的P值。 3️⃣ 图形生成：利用绘图软件或编程语言（如R、Python等），根据收集到的数据绘制气泡图。 4️⃣ 分析气泡图的结果 5️⃣ 寻找显著的通路：寻找那些气泡大且颜色深的通路。这表示在这些通路中不仅有较多的基因表现出显著的活动，而且统计显著性也高。 6️⃣ 了解通路功能：识别这些显著的通路后，研究者会进一步探索这些通路在疾病或生理过程中的具体作用。 7️⃣ 比较不同通路：比较各个通路之间的显著性和基因数量，可以帮助研究者了解哪些通路可能在研究的条件下起主导作用。 𐟑‡留下你的方向，我来看看思路

生信复现文献复现 1.生存分析曲线 2.免疫评分，基质评分与临床分期相关性 3.热图，韦恩图 4.富集分析：GO通路分析 KEGG功能富集分析 5.GSEA分析 6.热图，火山图 7.基因与免疫细胞相关性分析 8.免疫浸润

网络药理学：中药现代化的新方向 𐟌🊣## 课程大纲网络药理学的发展历程和研究现状中药网络药理学的基本研究思路中药网络药理学的经典案例分析（SCI）中药复方/单味中药的化学成分筛选药物成分靶点预测疾病靶点预测交集靶点PPI网络构建网络拓扑分析信号通路及生物功能富集分子对接内容简介网络药理学的基本研究思路是通过液质联用或在线中药化学成分数据库（如TCMSP数据库、TCMID数据库、HIT数据库、BATMAN-TCM数据库等）获取中药复方或单位中药的化学成分（研究中药单体可跳过这一步骤）。然后，通过公共数据库（如PharmMapper数据库、SwissTargetPrediction数据库等）或者高通量测序/组学的数据对各成分的蛋白靶点进行预测。接下来，通过疾病数据库（OMIM数据库、Genecards数据库、DisGeNET数据库以及DrugBank数据库等）或者TCGA/GEO获取疾病的靶点信息或者疾病中差异表达的基因。将中药各成分对应的靶点和疾病对应的靶点采用韦恩图取交集，即为中药成分治疗疾病的潜在作用靶点。对交集内的靶点采用String数据库进行PPI网络的构建，最后采用Cytoscape软件构建成分-靶点、靶点-相关互作蛋白的网络进行网络拓扑分析。利用生物信息学网站将潜在作用靶点进行GO、KEGG富集分析，寻找其可能作用的信号通路以及参与的生物学过程，初步揭示中药复方/单味中药/中药单体的作用机制。最后，通过生物学实验进行相关验证。

生信SCI分析、网络药理与分子对接全攻略 𐟌 生信SCI分析辅导下载肿瘤TCGA数据库的表达谱数据和临床数据，进行差异分析和富集分析。利用热图、聚类、PCA、相关性、Venn图、弦图、桑基图、森林图、boxplot图、复杂热图、火山图等进行数据可视化。进行SCI全套分析，包括肿瘤分析、单基因分析、铜死亡、铁死亡、焦亡、衰老、自噬等热门套路分析，构建预后模型和临床模型。 𐟔젥ˆ†子对接获取核心靶点和关键成分文件。进行分子对接前处理。运行分子对接结果。可视化处理分子对接结果。 𐟌€ 分子动力学模拟展示四个图（对接图＋三个场环境图）。 𐟒Š 网络药理学获取药物成分与靶点。收集疾病靶点。绘制韦恩图，筛选交集靶点。构建PPI网络图，筛选核心靶点。绘制药物-成分-靶点-疾病网络关系图，筛选关键成分。进行GO和KEGG富基分析。

生物信息学数据库大揭秘！𐟔 生物信息学数据库是科研人员的重要工具，以下是几个你一定要知道的数据库：基因组数据库 NCBI GenBank 𐟓抧”詀”：存储核酸序列及其相关注释。特点：由美国国立生物技术信息中心(NCBI)管理，是世界最大的公共核酸序列数据库。 Ensembl 𐟌 用途：提供基因组数据和基因注释。特点：支持多种物种，包括人类、小鼠、斑马鱼等。 UCSC Genome Browser 𐟔 用途：提供基因组数据的可视化和分析。特点：提供用户友好的界面，可以查看基因组上的基因、变异等信息。蛋白质数据库 UniProt 𐟓‘ 用途：提供蛋白质序列和功能信息。特点：整合了Swiss-Prot（手动注释）和TrEMBL（自动注释）数据库。 Protein Data Bank (PDB) 𐟌€ 用途：存储蛋白质和核酸的三维结构数据。特点：提供结构生物学研究的重要资源。 RNA数据库 Rfam 𐟌🊧”詀”：提供RNA家族的注释和序列信息。特点：专注于非编码RNA，如miRNA、rRNA等。 miRBase 𐟌𑊧”詀”：专注于miRNA序列和注释。特点：提供miRNA的序列、靶基因和表达数据。代谢途径数据库 KEGG 𐟌 用途：提供代谢途径、疾病和药物信息。特点：以图形化的方式展示代谢途径，易于理解。 MetaCyc 𐟌€ 用途：提供代谢途径和酶的信息。特点：包含广泛的代谢途径数据，支持不同物种。这些数据库是生物信息学研究的重要资源，希望你能充分利用它们！

科研必备：联川生物云平台解决你的所有难题 𐟎‰ 你是否遇到过以下问题？联川生物云平台可以帮你解决：能否重新分析某个样本？能否增加新的差异比较组？能否将原样本名改为新样本名？我关注的基因的p值偏大，能否更换差异算法？能否帮我取交集，然后对交集基因进行富集分析？我筛选了需要展示的通路，能否帮我重新绘制图形？能否帮我进行免疫浸润分析？我的WGCNA分析怎么筛选数据，怎么整理基因注释文件？能否帮我进行基因表达趋势分析，我想要文章中的这种图形？能否帮我将差异基因筛选阈值更改为A、B，我看一下结果？我筛选了一些基因，能否帮我做一下富集分析？我没有你们云平台要求格式的文件，没有你们要求的基因GO、KEGG注释文件？我明天就要汇报了，想做一个某分析，你能否帮我加急一下？ 𐟔砏micStudio让科研更自由 𐟔𙩀‚合全组学数据处理，助力生物学/医学科研工作免费，免费，免费 𐟔𙦕𔤸ꤺ‘平台所有功能的使用和资料获取都是免费的交互式体验，所见即所得 𐟔𙦉€有云工具都设置好了默认值，一般只要照着示例数据整理上传即可立刻出图，无需设置任何参数。示例数据免上传 𐟔𙧂𙥼€就有成图，不用上传文件就可以直接调试。生信人员直接开发、持续维护 𐟔𙧛𔥇𛧧‘研痛点，及时优化，跟进研究热点。可下载PPT格式 𐟔𙤸用AI软件也能轻松个性化调图绘图带数据处理功能 𐟔𙦏供常见数据处理方法，免去繁琐的数据整理过程。丰富的分析参数(结合多年售后经验提供) 𐟔𙧻˜图分析更自由，使多角度观察数据的过程变得更轻松。

网络药理学+分子对接+单细胞分析全攻略 ### 网络药理学与分子对接药物-成分-靶点网络 𐟌 获取药物成分与靶点信息收集与疾病相关的靶点绘制韦恩图，找出交集靶点 PPI网络图与核心靶点筛选 𐟔 构建药物-成分-靶点-疾病网络关系图关键成分筛选 GO和KEGG富集分析 𐟓Š 分子对接核心靶点与关键成分文件获取分子对接前处理运行分子对接结果分子对接可视化处理 𐟎芥ˆ†子动力学模拟四个图（对接图+三个场环境图） 𐟓ˆ 单细胞分析单细胞测序数据获取 𐟓š 单细胞数据分析与可视化 𐟓Š 单细胞网络构建与核心细胞筛选 𐟔犥•细胞RNA编辑分析 𐟔„ 单细胞免疫分析与疾病研究 𐟒‰

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