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长链非编码rna新上映_长链非编码RNA(2024年12月抢先看)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：导读更新日期：2024-11-29

长链非编码rna

「文章推荐」【来自中国学者的研究成果】Translational Oncology（IF 4.5，CiteScore 8.4）是一本聚焦于转化肿瘤学的「开放获取」期刊。日前，由期刊编辑选出了三篇来自于中国学者的研究文章，邀请大家免费阅读。这些文章分别是： 1. 抗表皮生长因子受体（EGFR）单克隆抗体联合放化疗治疗对诱导化疗耐药的局部晚期鼻咽癌的前瞻性II期研究 𐟑‰网页链接 2. CD99的过表达与肿瘤适应性相关，并提示胶质瘤的肿瘤复发和治疗反应𐟑‰网页链接 3. 长链非编码RNA FENDRR抑制癌症相关成纤维细胞，并作为结直肠癌的预后指标 𐟑‰网页链接

【女性为啥比男性活得久？美国学者建立RNA衰老时钟，揭示男女衰老机制差异丨抗衰速递12.2】来自美国布朗大学的Nikolai Tennant，Ritambhara Singh等学者在通过果蝇头部建立衰老时钟，揭示了性别差异在衰老过程中的作用。研究发现，长链非编码RNA在衰老生物标志物中高度富集，尤其是与X染色体机量补偿相关的roX1机因，在衰老过程中起到关键作用。研究还揭示了性别特异性的衰老模式，男性和女性时钟在预测模型和解释方面存在差异，表明衰老过程中存在不同的分子机制。 #性别差异影响免疫功能吗# #两性健康# #抗衰#

你好，2024 看点： ① 同济大学Nature：限制膳食缬氨酸或能助力抗癌 ② 四川大学Cell子刊：无丝氨酸/甘氨酸饮食或可增强抗肿瘤免疫，改善大肠癌治疗效果 ③ 全面揭示Wnt通路调控的长链非编码RNA，识别大肠癌治疗新靶点 ④ 一滴血筛查巴雷特食管与食管腺癌 ⑤ 国内团队：新型水凝胶减少大肠癌术后复发 ⑥ 河南大学Nature子刊：HMGA1蛋白增加脂质合成，促大肠癌 ⑦ 崔一民/刘振明/庞晓丛：靶向SLITRK4调控结直肠癌的肿瘤发生和肝转移 ⑧ 浙江大学：DAG积累驱动BRAFV600E突变mCRC的获得性耐药 ⑨ 浙江大学：大肠癌中，糖基化修饰如何同时调控糖酵解与免疫逃逸 ⑩ 细菌癌症疗法能控制肿瘤细胞，但T细胞激活缺陷药事健康超能团

SNHG9如何调控EV-D68？今天我们来聊聊一篇发表在《Frontiers in Microbiology》杂志上的文章，标题是《Long non-coding RNA SNHG9 regulates viral replication in rhabdomyosarcoma cells infected with enterovirus D68 via miR-150-5p/c-Fos axis》。这篇文章主要研究了长链非编码RNA（lncRNA）SNHG9在横纹肌肉瘤细胞感染肠病毒D68时的调控机制。背景介绍 𐟌 肠病毒D68（EV-D68）的流行让人们更加关注这种病毒，因为它可以导致严重的呼吸道和神经系统疾病。研究表明，lncRNAs通过多种机制或信号通路调节病毒的复制和感染。然而，lncRNA在EV-D68感染中的确切功能尚不清楚。研究结果 𐟔슥𛺧닅V-68细胞感染的体外模型：首先，作者们建立了一个体外模型，模拟EV-D68感染横纹肌肉瘤细胞的过程。差异表达分析：通过差异表达分析，发现了一些关键lncRNAs，其中SNHG9特别引人注目。靶基因预测和网络调控定位：作者们预测了SNHG9的靶基因，并定位了相关的网络调控。 KEGG、GO通路分析：通过KEGG和GO通路分析，进一步了解了SNHG9的靶基因功能。定量逆转录聚合酶链反应验证：为了验证测序结果的准确性，作者们进行了定量逆转录聚合酶链反应。 SNHG9/miR-150-5p/c-Fos轴验证：最后，作者们验证了SNHG9通过miR-150-5p/c-Fos轴调节EV-D68感染RD细胞过程中的病毒复制。

资深医药猎头顾问行业知识分享：关于RNA：mRNA、LncRNA、smallRNA和CircRNA： 1. mRNA：信息的搬运工 mRNA，也就是信使RNA，是基因表达的中间人。它从DNA那里获取信息，然后跑到细胞质中，指导蛋白质的合成。简单来说，mRNA就像是一张食谱，告诉细胞如何制作蛋白质。 2. LncRNA：调控大师 LncRNA，长链非编码RNA，虽然不直接参与蛋白质合成，但它们在调控基因表达上起着关键作用。LncRNA可以影响基因的开关，就像一个智能开关，控制着细胞内的各种程序。 3. smallRNA：细胞的守护者 smallRNA，包括miRNA和siRNA，它们短小精悍，能够识别并结合特定的mRNA，阻止它们翻译成蛋白质。smallRNA在调控基因表达、抗病毒和维持基因沉默等方面发挥着重要作用。 4. CircRNA：神秘的循环 CircRNA，环状RNA，是一种特殊的RNA，它们形成了一个闭合的环状结构。CircRNA在细胞中的作用还在探索中，但已知它们可能参与调控基因表达和蛋白质功能。

改进型“基因魔剪”揭秘非编码RNA功能

【npj Precis Onc：新识别的RNA分子或能帮助临床医生预测结直肠癌患者的疾病是否会复发？】结直肠癌常常会表现出显著的遗传和表观遗传学多样性，从而就会演变为具有不同转移特性和疗法反应的亚克隆细胞群，预测结直肠癌患者的转移性疾病对于科学家们而言仍然具有一定的挑战，这就强调需要找到可靠的生物标志物，尽管针对治疗性靶点和生物标志物的大多数研究都重点关注蛋白质，但诸如长链非编码RNA（lncRNAs）等非编码RNA构成了大部分转录组，且表现出了优越的组织和癌症特异性表达特征。近日，一篇发表在国际杂志npj Precision Oncology上题为“Discovery of prognostic lncRNAs in colorectal cancer using spatial transcriptomics”的研究报告中，来自奥塔哥大学等机构的科学家们通过研究将处于疾病早期阶段的结直肠癌患者分为会继续进展为转移性疾病和复发的患者以及不会继续进展的患者，这或许能帮助患者获得更好的治疗结果，因为高风险患者会接受额外的化疗，而那些低风险的患者则会避免过度治疗。网页链接

「诺贝尔奖为啥偏爱AI」今年的诺奖不简单，能救命！瑞典皇家科学院10月9日宣布，David Baker、Demis Hassabis和John M. Jumper获得2024年诺贝尔化学奖。你别说今年这个诺奖，我在现实中用过，所以先给个好评。如果说生理医学奖的microRNA是我自己前两年水了一篇论文有所接触，那么这个AI结构预测是我用它帮助过现实中的人。 01，蛋白结构预测帮了大忙 ——————————————— 一个很熟悉的朋友怀孕了，做了个基因检测，结果出问题了，孩子身上出现了一个罕见变异，这个变异甚至不在常见的数据库里，但是根据预测，这个变异是负面的。那么问题来了，这个孩子该不该要？所以朋友很担心，她也问了遗传医生，但是遗传医生给出的结论属于模棱两可的，所以就找到了我。当时我的压力也很大，所以就用尽全身的技能来做解读这个变异。 1，遗传家系分析。这是我做的第一步，就是用家系分析，因为人类对于遗传学乃至生命科学的认知非常浅显，所以家系分析反而是现实发生的相对可靠的证据，或者直白的说，如果家系里有这个变异且无症状，其实就是很扎实的证据。结果家系分析显示，这个变异是来自于父本，但是父本并没有表现症状。而这个朋友的第一个女儿也是杂合体，同样没表现症状（性别不一致）。按理说差不多了，不过这个时候还有一点担心，那就是，这个疾病发病年龄可能在青春期，所以目前还不完全根据父本以及第一个女儿来确定第二个孩子的状况。 2，DNA相关预测。这个就是做了一系列分析，包括变异可能的遗传影响，用各种数据来预测，但是基于DNA的预测毕竟还是有限，因为还是要落到发挥功能的蛋白质上。 3，蛋白质预测。于是，就要找蛋白质，但是，蛋白质是需要高级结构的，而这个，传统是只能找结构生物学来做。那么，就是，必须有人做过这个蛋白质才会看到结构，从而进一步分析结构。这时候发现，这个蛋白，并没有被测过结构，怎么办？搁在过去，这就麻烦了，但是现在有AI蛋白结构预测以及相关数据库。于是我就去做这个，并且对照数据库里的AI 蛋白结构。结果发现，这个点发生变异的位置，并不是该蛋白发挥作用的核心结构域位点，而是一个较为边缘的位置，而根据一系列计算，发现这个位置似乎也并不是特别重要。把这些结论综合起来后，我把相应的结论给了朋友，最后朋友思考后决定按照概率还是选择生下了这个宝宝。到目前，宝宝一切正常。当然，这也只能到这里了，因为，这是目前生物学的极限了，往后谁也没法去保证。所以，我很感激蛋白质AI结构预测，因为世界蛋白千千万，如果一个个测过去，得猴年马月才能搞定，但是有了AI预测蛋白质，速度快多了，而且对现实有很大的帮助。下面聊聊为什么要解决蛋白质结构的问题。 02，为什么要解决蛋白质结构的问题？ ———————————————————— 蛋白质是生命的核心执行者，这是一个很重要的点。为什么呢？提到生物，大家很多最熟悉的是DNA，当然，如果深入一些，会熟悉叫做中心法则的东西。 DNA，你有我有大家都有，如果DNA发生了变化，那么就会导致差异，而你我每个人都携带着上千万个DNA变异，这也是每个人差别的缘故。但是，这个差别，只在DNA上是意义不大的。因为，DNA这东西，是携带信息为主的，就比如，我们每个细胞基本上都有一套DNA（红细胞、生殖细胞略例外），所以我们提DNA的时候用各种组织都方便。而DNA要想发挥作用，那首先就要经过转录，变成RNA. RNA当然复杂，比如除了编码蛋白质的mRNA，还有一堆其他RNA，就是非编码RNA，当然，非编码RNA也是有很多作用，比如今年拿到诺奖的microRNA就是属于这一系列，此外还有lncRNA（长链非编码RNA）等也是热点，这些RNA对于基因有调节作用。但是，RNA的意义，也就到这里了，由于RNA易降解且结构相对简单，所以，它还是撑不起生命执行者这个步骤。因此必须到了另外一个更加实体的结构，那就是蛋白质。所以，蛋白质是生命的核心承担者，蛋白质是构成细胞的基本物质，是结构物质，是催化的酶，是运输的载体，是免疫的抗体，是调节的激素，可以说，蛋白质是生命的物质基础，是生命活动的主要承担者。但是，蛋白质和DNA不一样，尽管DNA、RNA也有空间结构，但是远不像蛋白质那样，必须要复杂的空间结构才能完成功能。所以，必须要有空间结构，蛋白质才能发挥作用，举个例子，酶必须有那个结构才能发挥作用，如果这个结构发生了变化，那么结合就会受影响。所以，要想研究蛋白质，必须解析蛋白质结构。 03，如何解析蛋白质结构？ ——————————————— 如何解析蛋白质结构？传统办法就是用结构解析，这东西，耗时耗力，难度很大。举个例子，新闻报道的一个做结构生物学的女博士，连续4年几乎每天工作17小时！做啥呢？就是努力的让蛋白以天然状态结晶，这也是被认为是天然的蛋白质结构。可以想象，做这个东西，工作量之大难以想象。正因为如此，做出来这东西，也往往能发顶刊，因为很基础嘛。 04，AI蛋白质结构预测 ———————————— 理论上，蛋白质是一个个氨基酸构成的，这些氨基酸本身有各种理化性质，比如两性解离、等电点等。但当很多氨基酸出现的时候，那么这些性质叠加起来就不容易去分析了。不过我们还是应该相信，哪怕是复杂的生命现象，背后也是有基本的理化性质，这也是为什么很多诺奖物理和化学竟然和生物有关。于是，我们需要努力的找规律，而这个规律的依据之一就是已有的蛋白质结构，这些分析过结构的蛋白质是序列明确、结构清晰的，对他们进行足够的分析，那么就可以寻找到一些规律，进而因此来预测出蛋白质的结构。比如我电脑里现在还存着以前学习的文件，就是关于蛋白质结构分析预测的。当然，这些预测还是相对原始的。而有了机器学习，尤其是AI 之后，这个学习速度要快多了，计算机的强大远超过我们的认知，能够发现一些我们不曾注意到的细节，而这些细节也会进一步加强对蛋白质的预测，使得蛋白质的结构预测越来越精准。举个例子，今年nature上的蛋白质预测文章，可以将蛋白质的预测性能提升到最大值的97%。这个预测效率已经非常高了。事实上很多时候，我们不一定需要100%精准的蛋白质结构，只需要相对精准的知道就可以了，那么接下来后续开发就容易多了。所以，AI帮了大忙。 05，蛋白质结构预测大有可为 ———————————————— 其实蛋白质结构意义很大，比如研究药物就是很典型的，尤其是生物药物，精准的结构可以更好的寻找到有效药物，比传统化学小分子选择更多，且效果更好。而且，在其他方面，比如疫苗预测上也很有意义。比如nature十大人物曹云龙，被称为新冠预测者。他的技术之一就是依据蛋白质结构来。比如，他发现新冠蛋白的某个位点可以降低病毒的免疫原性，帮助病毒逃避免疫反应，那么就可以猜测，未来的新出现毒株有可能从这个点上被筛选出来，于是我们就可以提前针对这个点做疫苗，到时候出现了就可以提前免疫。类似的有很多，甚至我们目前面临的很多难解的疾病，未来都可能从蛋白质结构的角度来寻找解决办法，而传统蛋白质结构研究速度是跟不上的，AI 可以。所以，AI预测结构，还真的大有可为。「2024年诺贝尔奖」「微博新知」

《有关2024年诺贝尔生理学或医学奖的知识》 2024年诺贝尔生理学或医学奖授予了维克托ⷥš斯（Victor Ambros）和加里ⷩ𒁥𜗨‚ﯼˆGary Ruvkun），以表彰他们在微小RNA（microRNA）领域的开创性研究。他们的工作揭示了这些小RNA分子在基因表达调控中的重要作用。微小RNA是一种小分子非编码RNA，通过与信使RNA（mRNA）结合来抑制基因表达。安博斯和鲁弗肯的研究发现，微小RNA不仅广泛存在于各种生物体中，而且在细胞发育、分化以及代谢和疾病过程中发挥了关键作用。他们的发现对分子生物学、遗传学以及临床医学领域都产生了深远影响，并为理解一些复杂疾病的机制（如癌症和代谢疾病）提供了新的视角。 1、微小RNA是什么意思？微小RNA（microRNA，miRNA）是长度通常为20-24个核苷酸的单链非编码RNA分子。它们并不编码蛋白质，而是通过结合到特定的信使RNA（mRNA）上来调控基因的表达，主要方式是抑制翻译或促使mRNA降解。微小RNA的发现与作用：发现：微小RNA最早是在线虫中被发现的。维克托ⷥš斯和加里ⷩ𒁥𜗨‚輦量RNA研究的先驱，他们的工作揭示了微小RNA在基因表达调控中的重要性。基因表达调控：微小RNA通过与mRNA的特定区域（通常是3'非编码区）互补配对，从而抑制基因表达。这种配对会阻止mRNA的翻译，或促进其降解，从而减少目标基因的蛋白质产量。微小RNA的功能与生物学意义：发育与分化：微小RNA在细胞发育和分化过程中起到关键作用，影响细胞的命运和组织的形成。例如，在造血系统、神经系统和免疫系统的发育过程中，微小RNA都发挥了调控作用。细胞周期和凋亡：微小RNA可以调控细胞周期相关基因的表达，从而影响细胞增殖和凋亡。这种调控在癌症研究中具有重要意义，因为异常的微小RNA表达模式与癌细胞的过度增殖和转移相关。代谢调节：微小RNA也参与了代谢过程的调节，例如脂肪代谢、糖代谢等。它们的作用涉及许多代谢性疾病的发生机制，如糖尿病和肥胖。疾病诊断和治疗：由于微小RNA在许多疾病中的独特表达模式，它们被用作生物标志物来进行早期诊断和疾病监测。此外，通过靶向调节微小RNA，有可能干预某些疾病，尤其是癌症和代谢紊乱等疾病的治疗。微小RNA的研究意义：微小RNA的发现揭示了基因调控的新层次，突破了传统基因表达调控方式的认识，为现代分子生物学提供了新的视角。安博斯和鲁弗肯的研究为理解微小RNA的作用奠定了基础，推动了在癌症、代谢疾病以及神经退行性疾病等多种病症的研究进展。总结来说，微小RNA在调节细胞行为和基因表达中具有重要的调控作用，并且在疾病机制研究和临床应用中具有广泛前景。 2、什么是RNA？ RNA（核糖核酸，Ribonucleic Acid）是一种重要的生物大分子，在细胞内参与基因表达和蛋白质合成过程。RNA是由核苷酸链组成的长链分子，类似于DNA，但有一些显著的不同： RNA的主要特征：结构：RNA通常是单链分子，而DNA是双链的。RNA的核苷酸包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）和尿嘧啶（U），而不是DNA中的胸腺嘧啶（T）。糖分子：RNA的糖分子是核糖，而DNA的是脱氧核糖。这使RNA比DNA更不稳定，因此RNA在细胞内的寿命一般较短。 RNA的主要功能：信息传递：RNA将遗传信息从DNA传递到蛋白质合成的场所。**信使RNA（mRNA）**是在基因表达中将DNA编码的信息带到细胞质中的核糖体进行翻译的模板。蛋白质合成：**转运RNA（tRNA）**在翻译过程中将氨基酸带到核糖体，根据mRNA的指令合成蛋白质。催化与调控：一些RNA分子，如核糖体RNA（rRNA），在蛋白质合成中不仅构成核糖体的主要部分，还具有催化功能。此外，像**微小RNA（miRNA）**等非编码RNA在基因表达调控中也起到重要作用。 RNA在基因表达中的角色： RNA在生物体的基因表达、细胞代谢和调控中扮演了关键角色，它不仅传递遗传信息，还直接参与多种生物化学过程。RNA的各种形式与功能表明它在细胞生物学中是一个极其多样化且不可或缺的分子。 3、微小RNA与癌症的关系微小RNA（miRNA）在癌症发生与发展中起到了重要的调控作用。由于微小RNA能够调控基因表达，它们在细胞增殖、分化、凋亡等过程中具有重要功能。当微小RNA的调控作用发生紊乱时，可能导致肿瘤的发生与扩散。抑癌基因和致癌基因：一些微小RNA被认为具有抑癌基因的功能，它们通过抑制癌细胞增殖相关基因的表达，帮助控制癌细胞的生长。相反，某些微小RNA可以通过上调与癌症相关的基因，从而起到促进肿瘤的作用。这些微小RNA被称为“致癌miRNA”。癌症诊断与预后：由于微小RNA在癌症患者的血清、尿液和组织中呈现特定的表达模式，它们可以作为癌症诊断和预后的生物标志物。例如，某些特定的微小RNA表达水平与乳腺癌、肺癌和肝癌等不同癌症类型的病情进展相关。 4、干细胞治疗对微小RNA的影响？干细胞疗法通过将干细胞移植到患者体内，帮助修复或再生受损的组织和细胞。由于干细胞分化和增殖与微小RNA密切相关，干细胞疗法可能会影响微小RNA的表达和功能，进而影响其调控作用。干细胞中的微小RNA调控：干细胞的分化与自我更新都受到微小RNA的调控。特定的微小RNA可以维持干细胞的多能性，或者促进它们分化为特定的细胞类型。使用干细胞疗法时，微小RNA的表达模式可能会发生改变，从而影响干细胞的分化方向和治疗效果。免疫反应和癌症风险：在使用干细胞治疗过程中，干细胞可能通过微小RNA的调控影响免疫系统的功能。有些研究表明，干细胞疗法有可能影响微小RNA的表达，从而间接影响患者对癌症的易感性和免疫监视。总的来说，微小RNA在癌症发生与发展中的作用以及干细胞治疗对其的潜在影响都是当今研究的重要方向。通过进一步研究微小RNA在干细胞治疗中的具体调控机制，我们可以更好地理解和优化干细胞治疗方案，以确保其安全性和有效性。

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