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系统发育树前沿信息_系统发育树上数字含义(2024年12月实时热点)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：教程更新日期：2024-11-30

系统发育树

10本数据可视化经典书籍推荐 𐟌Ÿ数据可视化是数据分析师的必备技能，以下是10本值得一读的数据可视化书籍，帮助你提升图表制作水平，成为数据呈现专家！ 𐟓š《数据可视化：从数据到洞察》 𐟓š《数据可视化之美：Python图表绘制指南》 𐟓š《R语言数据可视化之美：专业图表绘制指南（增强版）》 𐟓š《数据可视化设计指南：从数据到新知》 𐟓š《Excel数据分析可视化实战》 𐟓š《Power BI数据可视化从入门到实战》 𐟓š《业务可视化分析：从问题到图形的Tableau方法》 𐟓š《数据可视化分析：Tableau原理与实践》 𐟓š《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化（全彩）》 𐟓š《更好的数据可视化指南》 𐟓š《数据可视化（纪念版）》这些书籍涵盖了从基础到进阶的数据可视化知识，无论你是初学者还是资深分析师，都能找到适合自己的内容。快来提升你的图表制作能力吧！

长枝吸引：建树过程中的一个陷阱 𐟌𓊦œ€大简约法（Maximum parsimony）是一种非常规的建树方法，它不依赖于特定的模型或假设，而是试图通过最小化序列间位点的突变次数来构建系统发育树。然而，这种方法常常会导致一个有趣的现象——长枝吸引（Long-branch attraction）。简单来说，就是在真实的系统发育树上，两个不直接相连但枝长很长的分枝会倾向于聚在一起，这可能会让最终构建的树不够准确。𐟘… 这种问题在很多实际的数据集中都能观察到，即使在那些更复杂的建树方法（如最大似然法和贝叶斯法）中也同样会出现。例如，图2中c和d展示的是用最大似然法构建的种子植物的树，你可以看到长枝吸引现象的存在。那么，为什么会发生长枝吸引呢？最大简约法忽略了单个位点上可能发生的多次突变，或者建树模型过于简化，忽略了位点间突变速率的差异。为了解决这个问题，可以尝试以下几种方法：采用更现实的替换模型或似然值。使用贝叶斯法来建树。增加更多的分类单元，这样可以消除长枝的影响。去除那些变化速率过快的位点。个人经验分享：如果你在建树结果上发现明显的长枝，通常这说明树的可靠性不高。这时，你应该回去检查一下alignment文件，看看是否在序列选取上有差错，或者是不是因为剪切质量不佳导致有太多的空白或高变区域。𐟔 参考文献：DOI：10.1038/nrg3186

𐟔 探索未知：天目山蓝瘦香菇的神秘身份在之前的笔记中，我们提到了“蓝瘦香菇”，这一发现引起了复旦大学官方公主号的关注！𐟓⊊经过几年的形态学研究，专家们最初将其误定为“久住粉褶菌”。为了确保报道的准确性，我们使用了当年的ITS测序数据重新构建了系统发育树。𐟌𓠧𛓦žœ显示，这朵蘑菇与黑黄粉褶菌和蓝紫粉褶菌的亲缘关系更近，而与久住粉褶菌的关系则稍远。𐟌€ 进一步分析表明，它与其他已知物种之间也保持着一定的进化距离。因此，我们有理由相信，这朵蓝瘦香菇可能是一个尚未被报道的新物种！𐟌Ÿ 之前的笔记中有误，现特此勘误。 𐟔 探索未知的生物世界，每一步都充满了惊喜与挑战。让我们继续关注这些自然界的奥秘吧！

𐟎蠃hiplot在线绘图神器 𐟖Œ️ Chiplot是一款由国人开发的强大且免费的在线绘图平台，无需复杂软件下载和编程语言学习，轻松创建系统发育树、箱式图和雷达图等多种图表。 𐟓Š 它提供了多样化的图表类型，包括14种绘图模块，满足你的各种绘图需求。用户交互简单明了，只需上传整理好的Excel表格数据，即可快速生成个性化的图表。 𐟒𛠥œ觺🦓作便捷，无需安装，直接在网页上操作，简化了用户的使用流程。还提供了详细的视频教程，帮助用户快速掌握绘图技巧。 𐟔 基本使用流程包括选择数据文件、调整参数、选择色彩搭配、调节X轴、Y轴和图例等，最后导出所需格式的图片。绘图状态还可以保存为模板，方便后续同类型绘图的使用。 𐟌Ÿ Chiplot不仅适用于生物信息学爱好者和专业人士，还提供了API和开发工具包，方便开发者集成到自己的应用程序中。快来试试这款在线绘图神器吧！

赣州华南龙：长羽毛的窃蛋龙新发现赣州华南龙（Huanansaurus ganzhouensis）是一种生活在亚洲和北美白垩纪时期的窃蛋龙类恐龙。它们在亚洲广泛分布，是白垩纪晚期陆相生态系统的重要组成部分。成年个体的体型从小如火鸡到长达8米不等。原始类群的头骨具有牙齿，而进步类群的牙齿则已退化，转变为类似鸟类的喙状结构。部分窃蛋龙头顶有冠。华南龙的头骨形态，尤其是下颌的形态，与其他已发现的窃蛋龙有所不同。其特征主要表现在以下几个方面：圆形的上颞颥孔远远小于下颞颥孔，前上颌骨背后突与泪骨相接触，下颌外孔上方的齿骨背边缘强烈凹陷等。华南龙的外鼻孔前腹角和眶前孔的后背角的相对位置关系，为窃蛋龙类的头面部演化研究提供了新见解。系统发育分析揭示，华南龙与发现于蒙古国的葬火龙关系密切。目前，南雄组（包括广东南雄和江西赣州）发现的6种窃蛋龙在系统发育树中分布于3个分支，每一分支中均与蒙古国和内蒙古发现的窃蛋龙有密切关系，但两地的每一类群都具有独特的食性或者占据不同的生态环境。华南龙的巨大第二趾爪明显有别于其他窃蛋龙类，那截退化的趾节，有兴趣的大佬可以研究一下。最后，复原图借图柳老仙人，感谢。

这个在线绘图工具，你一定要试试！大家好，今天我要给大家推荐一个超级好用的在线绘图工具——Chiplot！这个网站完全免费，操作也非常简单，而且支持中英文，对中文用户来说简直太友好了。𐟑 𐟎蠃hiplot的高级功能真的非常强大，不仅可以自定义颜色和图表样式，还能轻松添加各种形状，进行颜色分类和渐变色填充。它的配色方案简直是顶刊级别的，能让你的图表颜值瞬间爆表。𐟤Œ 𐟌ˆ 无论你是需要绘制系统发育树、生物图、网络图，还是地图、散布图、线图、条形图、箱型图、热图、雷达图等等，Chiplot都能满足你的需求。操作起来也超级简单，打开网站，选择图表类型，输入数据，一秒钟就能生成你想要的图表。就算是编程小白，也能轻松制作出高质量的数据可视化图表。如果你也在寻找一个简单易用、功能强大的数据可视化工具，Chiplot绝对是你的不二之选。𐟘˜𐟎‰ ⠂ #科研绘图 ⠂ #研究生 ⠂ #论文 ⠂ #数据可视化 ⠂ #科研绘图配色 ⠂ #生信分析 ⠂ #生物医学

MEGA软件序列比对与系统发育树构建指南嘿，大家好！今天我们来聊聊如何用MEGA软件进行序列比对，这可是构建系统发育树之前的重要步骤哦！𐟌𓊧쬤𘀦�𜚥ˆ›建新文件 𐟓„ 首先，打开MEGA软件，创建一个新文件。这个文件将是你的工作区，所有后续的操作都将在这里进行。第二步：整理序列文件 𐟧𔊦Ž夸‹来，把你需要比对的所有序列整理到一个文本文件中。每个序列的第一行应该是“>序列名称”，这样MEGA才能正确识别它们。第三步：复制粘贴序列 𐟓‹ 把你整理好的序列复制粘贴到MEGA的新文件中。这一步很重要，因为MEGA需要这些序列来进行比对。第四步：进行比对 𐟔 在MEGA中，选择Alignment选项进行序列比对。这个过程可能会花费一些时间，具体取决于你的序列数量和长度。第五步：删除不匹配的序列 𐟗‘️ 由于测序过程中可能会产生一些不准确的序列，所以你需要删除那些首尾比对不上的部分。这样可以提高后续分析的准确性。第六步：保存比对结果 𐟒𞊦œ€后，把比对好的序列文件以MEGA格式保存。这个文件将是构建系统发育树的基础数据。小贴士 𐟒ከ𝯤𛶧‰ˆ本：MEGA7 注意：确保你的序列文件格式正确，否则MEGA可能无法正确读取。希望这篇指南能帮到你！如果你有任何问题，欢迎在评论区留言哦！𐟘Š

用MEGA11构建系统发育树的详细指南半夜失眠，来分享一下用MEGA11构建系统发育树的方法吧！应该不会侵权吧～下载MEGA11 𐟓助斥…ˆ，去官网下载MEGA11，它是免费的哦！安装完成后，打开软件，界面如图一所示。进行序列比对 𐟆š 点击ALIGN按钮，开始序列比对。新建一个蛋白序列文件，然后将你提前准备好的包含多个氨基酸序列的txt文件添加进去。你会得到各种颜色的序列比对图。构建系统发育树 𐟌𓊦Ž夸‹来，在DATA处点击Phylogenetic Analysis按钮，开始构建系统发育树。返回第一个界面后，点击发育树的图标。然后一直点击Yes/OK（如果你想调整参数，可以自行更改）。最后，你就能得到系统发育树了，它可以是圆形或者树枝状的。美化发育树 𐟎芨‡𓤺Ž发育树图形的美化，下次再更吧！今天就先到这儿，困了𐟥𑀀

与人相处太累？不如来了解一只猫咪吧𐟐𑊢€œ当你感到孤独时，猫咪是最善于倾听的。” 我一直很喜欢猫咪，喜欢它们的温柔和依赖感，也喜欢它们的傲娇与可爱。虽然我经常去猫咖，但对猫咪的了解还停留在表面。饲养一只猫咪对我来说，还只是停留在幻想和憧憬中，因为我知道自己还没有做好准备。无论是人还是物，在进入一段长久的关系之前，了解无疑是最重要的，因为要对它们负起责任。这本书用严谨科学的态度详细介绍了猫咪的一切：演化历史、生活习性、科学喂养、行为内涵等等。所有你想得到的和想不到的，都能在书里找到答案。百科大全式的讲解，轻松的阅读文风，让人在涨知识的同时，又能很好地疗愈内心。很多之前没有了解过的问题都找到了答案：猫猫会哭吗？猫如何看待死亡？哪些食物猫咪绝对不能吃？猫咪的皮毛和眼睛的颜色是如何形成的？它的粉丝小爪子有哪些秘密？还有一些根本不知道的冷知识：人类大概用了10000年才驯化了猫；猫的“指纹”竟然在鼻子上；有些母猫会吃掉自己的孩子；猫可以分辨出远在500米以外的微弱气味。书的最后还附上了“猫科分类生成树”、“猫的系统发育树”、“猫眼识别指南”等珍贵资料。读完这本书，瞬间觉得自己对于猫咪来说成了一个专业人士，让我可以从内到外系统了解一只猫咪的独特之处。值得一提的是，虽然这本书的内容专业度很高，但生动好读，还配了豆瓣人气画师阿科手绘的50余张趣味插图，生动还原了猫咪的可爱萌态，让人沉浸式全方位感受猫咪。读完这本书，有猫的你可能会知道如何更好地和你的宠物相处，没有猫的你也会向往有猫陪伴的日子，并为养好一只猫咪做好充分的准备。 𐟓š书名：《总有一天会养猫》 ✍𐟏𛯸作者：斑斑著阿科绘 𐟔磊𚥓方：博集天卷 𐟔Ž豆瓣：9.4

𐟔微生物多样性生信图解全解析𐟧슰ŸŒ𑦎⧴⥾Ÿ物世界的奥秘，让我们从这13张图开始！𐟌ˆ 𐟓Œ一、OTU分类𐟓Œ OTU，即Operational Taxonomic Unit，是微生物多样性分析中的关键分类单元。通过97%的相似度聚类，我们可以更清晰地了解微生物的分布和组成。 𐟌ŸOTU分析包括： - OTU分布Venn图：展示不同样本间的共享和独特OTUs。 - OTU分布花瓣图：直观展示OTUs的分布情况。 - OTU代表序列系统发育树构建：揭示OTUs之间的进化关系。 𐟓Œ二、群落结构解析𐟓Œ 群落结构反映了微生物在特定生境中的分布和丰度。通过柱状图、热图和三元相图，我们可以洞察不同菌属的相对丰度和分布情况。 𐟌Ÿ群落结构分析亮点： - 群落结构分布柱状图：一目了然地展示各菌属的丰度。 - 群落结构分布热图：以色彩深浅表示菌属的相对丰度，更直观地反映群落结构。 - 群落结构分布三元相图：通过三个维度展示微生物群落的复杂关系。 𐟓Œ三、alpha多样性探究𐟓Œ Alpha多样性评估了特定生境内微生物的多样性程度。我们可以通过观测到的OTUs数目、Simpson指数、Chao指数等来全面了解该生境的微生物多样性情况。 𐟌ŸAlpha多样性分析要点： - 计算并解读各项多样性指数，如observed species、simpson指数等。 - 通过多样性指数评估测序的饱和度，确保数据的代表性。 - 对比不同处理组的多样性指数，揭示显著性差异。 𐟓Œ四、beta多样性比较𐟓Œ Beta多样性则侧重于不同生境间微生物群落的比较。PCA、PCoA、NMDS等分析方法都是探索beta多样性的有力工具。 𐟌ŸBeta多样性分析技巧： - PCA主成分分析：通过主成分展示不同生境间的微生物差异。 - 基于距离矩阵的PCoA和NMDS分析：深入剖析不同生境间的微生物群落结构差异。 - Hcluster分析：揭示不同生境间微生物的层次聚类关系。 𐟓Œ五、统计分析大揭秘𐟓Œ 统计分析是挖掘微生物数据深层信息的关键步骤。通过ANOVA、G_test等算法，我们可以找到组间差异物种和biomarker。 𐟌Ÿ统计分析亮点： - 基于物种丰度的ANOVA、G_test等统计方法，揭示不同处理组间的显著差异物种。 - 基于距离矩阵的Adonis、ANOSIM等算法，进一步验证这些差异是否具有统计学意义。 - 随机森林分布、LEfSe分析等高级统计方法，为分类评估提供更全面的视角。