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染色质免疫共沉淀新上映_chip免疫共沉淀(2024年12月抢先看)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：导读更新日期：2024-11-30

染色质免疫共沉淀

chip实验h3对照染色质免疫共沉淀（ChIP）是研究DNA与蛋白质相互作用的重要方法，深受科研人员的喜爱。通过这种方法，我们可以深入了解组蛋白修饰、转录调控和细胞凋亡等生物学过程。下面，我们来详细讲解一下ChIP实验的原理和步骤，以及一些需要注意的事项。实验原理 𐟧슥œ覴𛧻†胞状态下，通过甲醛固定DNA与蛋白质的复合物，然后使用微球菌核酸酶（Micrococcal Nucleas）将DNA随机切断成一定长度的小片段。接着，通过抗原-抗体特异性结合反应，将这些小片段富集并沉淀下来。最后，通过解除蛋白质和DNA的交联，分离出蛋白质，纯化DNA，并进行PCR检测，从而获取更多信息。实验步骤 𐟏튱%甲醛处理：使蛋白质与DNA交联。细胞裂解：采用微球菌核酸酶消化，形成染色质小片段。抗原-抗体反应：促进免疫沉淀反应。 NaCl、蛋白酶K处理：解除DNA-蛋白交联。 DNA纯化回收：分离出蛋白质，纯化DNA。琼脂糖凝胶电泳和RT-PCR：对DNA作进一步分析。注意事项 𐟓‹ 细胞数量：细胞数过多会导致交联时间增加，DNA片段过长易丢失；过少则DNA片段过短。需要通过预实验确定最佳细胞数。交联时间：推荐1%甲醛交联时间为5-60分钟。时间过长会导致片段过长，时间过短则交联不完全。对照组设置：内对照验证断裂效果，推算实验效率；阳性抗体对照用保守蛋白抗体；阴性对照用宿主血清蛋白。目标蛋白抗体：ChIP实验不同于常规免疫反应实验，因蛋白与DNA交联，抗体结合受空间阻碍影响。常规操作：ChIP实验步骤冗长复杂，涉及洗柱、离心、吸液、换管、孵育和震荡等多个步骤。操作虽基础，但每一步均需细致入微，对操作技巧要求严格。实验结果分析 𐟓Š Input DNA组：使用琼脂糖凝胶电泳，结果应显示DNA片段集中在150bp到350bp之间。 PCR扩增：对纯化DNA进行PCR扩增，再通过凝胶电泳分析对照情况。预期结果为：空白对照无条带，阴性对照条带弱或无，内对照和阳性对照条带强。只有满足这些条件，实验才为成功，可继续RT-PCR实验。通过以上步骤和注意事项，你可以更好地掌握染色质免疫共沉淀技术，从而在科研工作中取得更好的成果。

2024年10月，南京医科大学蒋龙凤，李军和加州大学洛杉矶分校Bibo Ke共同通讯在Hepatology （IF=12.9）在线发表题为“The macrophage STING-YAP axis controls hepatic steatosis by promoting the autophagic degradation of lipid droplets”的研究论文。该研究使用了髓系细胞特异性干扰素基因刺激因子（STING）敲除小鼠或STING/是相关蛋白（YAP）双敲除小鼠的高脂饮食诱导的非酒精性脂肪性肝炎（NASH）小鼠模型。研究了体内和体外的肝损伤、脂质积累、脂滴蛋白、自噬基因、染色质免疫共沉淀结合大规模平行测序和RNA-Seq。作者发现高脂饮食诱导的氧化应激激活了肝巨噬细胞中的STING和YAP通路。髓系细胞STING缺陷（髓系细胞特异性STING敲除）增强了核YAP活性，减少了脂质积累，增加了自噬相关蛋白ATG5、ATG7和LC3B的表达，但降低了脂滴蛋白perilipin 2的表达。然而，STING和YAP双敲除（髓系STING和YAP双敲除）增加了血清丙氨酸氨基转移酶和甘油三酯水平，减少了脂肪酸氧化基因的表达，却增加了perilipin 2的水平，从而加剧了高脂饮食诱导的脂质沉积。染色质免疫共沉淀结合大规模平行测序结果表明，巨噬细胞YAP靶向跨膜蛋白205，激活AMP激活的蛋白激酶𜌥Ž者与肝细胞线粒体融合蛋白2（mitofusin 2）相互作用，诱导蛋白二硫键异构酶的激活。蛋白二硫键异构酶激活缺氧诱导因子-1🡥𗩀š路，增加自噬体与脂滴的共定位，并通过与自噬伴侣HSC70的相互作用，促进perilipin 2的降解。「iNature」

什么是ChIP-seq？一文带你搞懂！ 𐟧젤𛀤𙈦˜IP-seq？ ChIP-seq其实是个组合拳，包括染色质免疫共沉淀（ChIP）和二代测序（seq）。简单来说，ChIP是用来研究蛋白质和DNA之间相互作用的技术，而ChIP-seq则是通过二代测序来分析这些相互作用。这个技术主要有两大类应用：转录因子（TF）的ChIP-seq和组蛋白（Histone）的ChIP-seq。转录因子的ChIP-seq 转录因子是那些能结合到基因上游特定序列上的蛋白质。它们就像反式作用因子，和真核基因的顺式作用元件（比如启动子、增强子）相互作用，从而激活或抑制基因的转录。所以，转录因子的ChIP-seq主要是用来确定这些蛋白质是否结合到特定的基因组区域，比如启动子或其他DNA结合位点。组蛋白的ChIP-seq 组蛋白的ChIP-seq则主要是用来研究组蛋白修饰的情况。组蛋白是染色质的基本组成部分，它们的N端有一段富含赖氨酸和精氨酸的“尾巴”，这些尾巴上的氨基酸可以被各种修饰酶催化添加各种修饰基团，比如磷酸化、甲基化、乙酰化和泛素化等。这些修饰对基因表达的调控非常重要。在组蛋白修饰中，甲基化和乙酰化是最常见的两种修饰。比如，H3K4me3、H3K36me3、H3K79me3等甲基化修饰通常激活转录，而H3K9me3、H3K27me3等甲基化修饰则抑制转录。通过组蛋白特异性抗体，我们可以将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来，然后通过测序来获取组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定这些修饰相关的特定位点和修饰酶类的靶标。结语 ChIP-seq技术在表观遗传学研究中有着非常重要的作用。无论是转录因子的研究还是组蛋白修饰的研究，这个技术都能提供非常宝贵的数据。如果你也在做相关的实验，不妨考虑一下这个强大的工具吧！

一行代码惊艳全场！最近有朋友问我关于Chip-Seq分析的事情，正好我最近整理了一些生信的学习笔记，打算开一个合集，从Chip开始，分享所有的生信学习笔记和代码。内容还包括有参/非参转录组分析、系统进化树分析、单细胞/核转录组分析、在线/本地基因组浏览器搭建、CRISPR Screen分析，以及一些杂七杂八的bug fix。如果有兴趣学习的小伙伴们，欢迎关注哦！本人是纯实验PhD，这些内容全是自学得来的，如果有错误，恳请指正。 ChiP-Seq分析（一） ChiP-Seq全称是染色质免疫共沉淀，主要用于研究蛋白质和DNA的相互作用。简单来说，就是用抗体把感兴趣的蛋白连同它结合的DNA拉下来，然后收集这些DNA并通过建库分析来确定是哪些DNA和感兴趣的蛋白结合。最新的方法叫cut&run，利用磁珠来收集抗体蛋白/DNA复合体，并且加入了能特异性结合抗体的核酸酶来实现精确地检测结合的DNA。感兴趣的小伙伴们可以了解一下。数据分析大概有几步：构建基因组索引（index），比对（bowtie2和samtools），鉴定结合区域（call peaks），质控，以及功能富集分析。今天就先讲构建genome index和比对，数据是根据自己的兴趣挑的公共数据。让导师大惊失色的代码如下： bash ml Bowtie2/2.4.1-GCC-8.3.0 bowtie2-build -f ./Genomes/GRCm38.p6.genome.fa bt2mouse for ((i=36; i<=75; i++)); do ml Bowtie2/2.4.1-GCC-8.3.0 ml SAMtools/0.1.20-GCC-8.3.0 bowtie2 -p 10 --local -N 1 -x ./ChiP/bt2index/bt2mouse -U SRR0675${i}.fastq.gz | samtools view -bSh - > SRR0675${i}.bam done 这段代码的主要功能是构建基因组索引，并进行比对。通过循环遍历36到75号数据，分别进行比对并输出结果。是不是很简单又高效？𐟘Ž

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