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scRNA前沿信息_scrna-seq技术(2024年11月实时热点)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：教程更新日期：2024-11-26

scRNA

单细胞RNA测序中的环境RNA校正指南在单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中，背景RNA污染是一个常见的问题。这些背景RNA来自稀释液，会与细胞一起被分配到液滴中，并在测序过程中产生干扰。背景RNA的存在会导致数据中的“soup”现象，即非细胞来源的RNA污染。 scRNA-seq技术通过生成跨多个细胞的基因的唯一分子标识符（UMI）计数，旨在精确测量每个基因和每个细胞的分子数量。然而，双联体、空滴和无细胞RNA的存在可能违反这一假设，因为它们会混淆观察到的计数数量。无细胞RNA分子（也称为环境RNA）可能会影响数据的解释，因此校正这些背景RNA至关重要。去除环境RNA的方法，如SoupX和DecontX，旨在估计背景RNA的成分，并根据其表达纠正计数表。具体来说，每个输入解决方案的“soup”成分可能不同，并且取决于数据集中各个细胞的表达模式。通过去除环境RNA，可以更准确地分析单细胞RNA测序数据，从而得到更可靠的结论。详细计算过程请参考相关文献和资源，以获得更深入的了解。

综述第一章“Single-cell transcriptome sequencing”，详细介绍了单细胞转录组技术的发展历程、当前可用的scRNA-seq技术及数据分析方法，并概述了单细胞转录组测序技术在胚胎发育、组织和器官发展研究、肿瘤生物学、免疫系统研究以及传染病研究等领域的应用。综述第二章“Single-cell whole-genome sequencing”，总结了经典的单细胞全基因组扩增技术（scWGA）及高通量单细胞全基因组测序技术（scWGS），scWGS技术通过放大单个细胞中的微量DNA，为研究细胞间的遗传异质性提供了新的视角。综述第三章“Single-cell epigenome sequencing”，聚焦单细胞表观基因组测序技术，这些技术能够揭示细胞异质性的转录机制，包括DNA甲基化、染色质状态、核小体定位、组蛋白修饰和转录因子结合等表观遗传特征。综述第四章“Single-cell proteomics technology based on mass spectrometry”介绍了基于质谱的单细胞蛋白质组学技术。综述第五章“Single-cell metabolomics technology”详述了基于质谱的单细胞代谢组学技术（SCM），并重点讨论了基于质谱的SCM采样技术与数据分析。综述第六章“Single-cell multimodal sequencing technology”首先回顾了单细胞联合分析技术的工作流程及最新进展，接着重点详述了以转录组为中心的多模态技术，如转录组联合基因组、转录组联合表观组以及转录组联合蛋白质组，此外还介绍了捕获两个组学以上的多模态技术。综述第七章“Single-cell spatial transcriptomics technology”聚焦单细胞空间转录组学技术的最新进展。这些技术通过保留空间信息的同时检测基因表达，克服了传统单细胞测序技术丢失关键空间信息的局限。综述第八章“Single-cell CRISPR screening technology”分别介绍了基于转录组、表观基因组和多模态的单细胞CRISPR筛选技术（scCRISPR-seq），该技术结合了CRISPR干扰和单细胞测序，用于在大规模单细胞分辨率下进行基因组编辑和功能筛选。最后，研究团队对单细胞组学技术的未来发展进行了展望。

【肺发育的奥秘，快来了解下吧！Cell Research，单细胞RNA测序解锁肺发育早期阶段的细胞秘密】近日，一项发表在Cell Research的前沿研究Single-cell RNA sequencing reveals the developmental program underlying proximal–distal patterning of the human lung at the embryonic stage，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组技术的强强联合，为人类肺脏早期发育提供了前所未有的精细视图。从临床角度看，单细胞RNA测序与空间转录组技术通过精确定位基因表达变化，促进了肺疾病如先天性肺发育不良和慢性阻塞性肺病的深入理解，有望催生更精准的诊断与治疗方案。这两项技术不仅推进了基础科学研究，也为临床医学带来了革新机遇，预期未来将有更多基于这些技术的新疗法出现，改善患者的生活质量。肺发育的奥秘，快来了解下吧！Cell Research...

𐟧숳K27me3，这一表观遗传标记，在启动子周围富集，导致染色质紧密，基因沉默。在癌症中，它是一个主要的驱动因素。𐟒ŠValemetostat，这种EZH1/2双重抑制剂，被视为一种潜在的癌症治疗手段。 𐟔一项临床研究评估了Valemetostat在ATL（T细胞淋巴瘤）患者中的疗效。通过多种技术，包括PBMC分析、WGS体细胞突变检测、流式细胞术测定H3K27me3水平等，研究者们深入探讨了这种药物的效果。 𐟧쥐Œ时，研究还揭示了Valemetostat对染色质结构和基因表达的影响。通过scATAC-seq和scRNA-seq，研究者们发现这种药物能显著改变染色质可及性，进而影响基因表达。 𐟔줸𚤺†探究复发机制，研究者们深入研究了PRC2突变和DNA甲基化异常。他们发现，这些突变可能导致H3K27me3水平升高，从而引发耐药。此外，TET2突变和DNMT3A表达上调也可能导致DNA甲基化异常，进而影响染色质结构和基因表达。 𐟓Š最后，通过ScRNA-seq聚类分析和GSEA鉴定，研究者们还鉴定到了与易感性相关的独特代谢和基因翻译特征的亚群。 𐟒ᦀ𛧚„来说，这项研究为我们提供了关于H3K27me3靶向治疗的更多见解，包括其临床疗效、对染色质结构和基因表达的影响，以及复发机制等方面的信息。这无疑为未来的癌症治疗研究提供了宝贵的线索。𐟌Ÿ

癌症核糖体生物发生的基因组标志和治疗靶点核糖体生物合成（RiboSis）是一个复杂的过程，负责产生细胞生长和增殖所需的核糖体。这个过程包括rRNA转录、rRNA剪切、rRNA修饰、核糖体组装和核糖体前体的输出。在恶性细胞中，参与RiboSis每个子步骤的基因会发生体细胞改变，导致核糖体病和增加致癌风险。越来越多的证据表明，过度活跃的RiboSis助长了不受限制的细胞生长和增殖，并已成为癌症发生和转移的中心角色。通过RiboSis失调适应的核仁大小和数量的异常增加被认为是绝大多数癌症的标志。然而，在癌症中有效且特异性地量化RiboSis活性的计算方法仍然缺乏。该研究的目的是确定RiboSis在癌症中的基因组标志和治疗靶标。研究思路 𐟧 定义RiboSis基因集：首先，通过定义包含331个基因的RiboSis相关基因集，分析CRISPR/RNAi筛选数据，量化了癌细胞增殖中对核糖体的需求。癌症遗传依赖性分析：利用scRNA-seq数据分析，评估了癌症遗传依赖性。基因组改变的标志：通过ROC分析和生存分析，识别了差异表达基因。药物开发水平的特征：利用MetaVolcanoR软件包执行多数投票元分析，识别在多种癌症类型中一致性失调的RiboSis基因。药物反应分析：使用Wilcoxon秩和检验等统计方法，比较不同组织中RiboSis活性的差异，并确定统计学上的显著性。主要结果 𐟓Š 系统评估核糖体生物合成活动：开发了一种计算方法，量化了癌细胞增殖中对核糖体的需求。核糖体生物合成活动在人类癌症中过度活跃：特别是在恶性细胞中，RiboSis基因发生高拷贝数扩增。基于RiboSis基因的治疗靶标特征：识别了基于RiboSis基因的治疗靶标。针对癌症中核糖体生物合成的假定药物：开发了针对癌症中核糖体生物合成的药物。通过这些研究，我们希望能够更好地理解癌症的发生和发展机制，并为癌症的治疗提供新的思路和方法。

医学实验与动物实验：探索生命的奥秘 𐟔슥œ襌𛥭槠”究的领域里，实验是探索未知世界的关键。这些实验不仅在人类身上进行，还包括在动物身上进行的实验。通过这些实验，科学家们能够更深入地了解疾病的本质，并寻求有效的治疗方法。医学实验的多样性 𐟌ˆ 医学实验涵盖了广泛的领域，从细胞培养到动物模型，再到临床试验，每一步都离不开科学的严谨和技术的创新。例如，流式检测、荧光定量PCR检测、荧光组化、免疫组化、病理染色、蛋白质印迹技术（Western blot）以及PCR等，这些都是医学实验中常用的技术手段。动物实验的价值 𐟐튥Š觉饮ž验在医学研究中同样具有重要意义。通过在动物身上进行药物测试和疾病模型研究，科学家们能够预测药物在人类身上的效果，并进一步了解疾病的发病机制。例如，某些抗癌药物在动物身上的实验结果，可以为临床治疗提供宝贵的参考。实验技术的进步 𐟚€ 随着科技的不断发展，医学实验的技术也在不断进步。例如，单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组化等技术的应用，使得科学家们能够更精确地了解细胞的类型和功能，从而为疾病的治疗提供更精准的靶点。实验的挑战与未来 𐟌𑊥𐽧Œ𛥭楮ž验取得了显著的进展，但仍面临许多挑战。例如，如何确保实验结果的可重复性和可靠性，以及如何将实验室的研究成果转化为临床应用。未来，随着人工智能和大数据技术的发展，医学实验将更加智能化和个性化，为人类健康带来更多福祉。通过这些实验，我们能够更深入地了解生命的奥秘，并为未来的医疗进步打下坚实的基础。

奥兰多迪士尼一日游：Epcot乐园全攻略如果你计划在奥兰多迪士尼乐园度过一个精彩的一日游，那么Epcot绝对是一个不容错过的地方。这里有一些经典的体验，让你的旅程更加完美。 Spaceship Earth 𐟌 首先，一定要去体验一下Spaceship Earth。这个大球带你从古代狩猎猛犸象一直到现在住在现代化树屋的生活，用一种有趣的方式宣传环保和未来。寻找尼莫 𐟐 接下来是寻找尼莫，虽然名字听起来有点孩子气，但里面的互动和趣味十足，绝对适合全家一起体验。飞跃地平线 𐟚€ 飞跃地平线是一个让人惊叹的表演，带你飞越世界各地的壮丽景色，仿佛真的在飞翔。与大地共存 𐟌𑊨🙤𘪨ᨦ𜔦œ‰点像法国奥运开幕式的意思，致敬了一些西方艺术史和科技史中的伟人，最后以节省土地和水源的新农业技术结尾。正赶上园内美食节，真是从花盆到餐桌，怪馋人的。超酷行星 𐟌 超酷行星是一个幽默温馨的科普节目，结合了沉重严肃的警示，让人在欢笑中思考。银河护卫队 𐟚€ 银河护卫队有6首歌随机播放，对应不同的ride模式。我们分到了Come and Get Your Love，不愧是5亿美元砸出来的室内过山车，太精彩了！太空任务 𐟚€ 太空任务让你扮演navigator、pilot、commander和engineer，去火星路上的月球slingshot让本做scRNA星人回到工作一秒…地球版本算是超高空版飞跃地平线。墨西哥之旅 𐟌𗟧€唐老鸭一起体验墨西哥的街道，一如既往的搞笑。花木兰 𐟌𘊦„外被花木兰的个人魅力圈粉了！她的故事和勇气让人敬佩。德国小哥们 𐟎튨𗯩‡德国小哥们的锅碗瓢盆表演，虽然听不懂，但看他们的表情和动作就觉得很有趣。 The American Adventure 𐟏ž️ 这个表演让你从五月花号到波士顿倾茶到独立宣言等等，但莫名感到有点讽刺是怎么回事。美女与野兽 𐟎튥…襜𚥐ˆ唱的歇脚环节，揭露了整个动人故事的幕后操纵者-LeFou！原来是他厌倦了Gaston的胡作非为，一手安排了Belle爸爸“误”入庄园！而Be Our Guest里的丰盛大餐竟然也是出自大厨LeFou之手！而他的正确形象…是趴在云朵上的光屁股丘比特！不得不说还是有一点点辣眼睛的… 料理鼠王 𐟍𝯸 80分钟排到崩溃，但很还原电影但没有很惊艳。小老鼠强行开香槟很可爱。烟花秀 𐟎† 烟花配上湖中央的灯光秀非常好看！虽然时间有点长，但绝对值得等待。冰雪奇缘 ❄️ 赶在烟花结束之前进去，完全不排队。虽然故事本身不算惊艳，但整体体验还是不错的。美食节 𐟍” 虽然是美食节期间，但是实在没空停下来好好享受一番。墨西哥小饼得到了老妈好评，法国区的蓝莓酸奶冰激凌很不错，英国区的炸鱼很新鲜。明信片收集 𐟏𗯸 虽然收集各个馆的明信片很累，但体验极佳。写护照的工作人员们都很认真，看英国馆的妹子现场画小兵真的很治愈，日本的小姐姐还问了名字翻译成日文写到了护照上。虽然最后忘记了集齐11个馆的明信片可以换一张环游世界的卡片，但是整体体验太好以致于不咋遗憾！可乐 𐟥䊦𒡧麥Ž𛥓尝世界各地的免费可乐才是真的遗憾啊！

【卵巢衰老的秘密，你知道么？Nature子刊揭秘｜人卵巢衰老的时空转录组学变化及FOXP1的调控作用】卵巢功能的衰退是一个复杂的生理过程，它涉及到多种细胞类型和分子途径的变化。近期一项发表于《Nature Aging》杂志的研究“Spatiotemporal transcriptomic changes of human ovarian aging and the regulatory role of FOXP1”，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，揭示了人类卵巢衰老的新机制，并发现了FOXP1这一关键调节因子在卵巢衰老中的重要作用。卵巢衰老的秘密，你知道么？Nature子刊揭秘｜...

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