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chip实验权威发布_chip实验是什么意思(2024年11月精准访谈)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：观点更新日期：2024-11-28

chip实验

ChIP-Seq/qPCR实验方法步骤关于ChIP实验，如有相关科研问题，欢迎来询探讨。 #科研#⠂ #实验外包#⠂ ⠣chip#⠂ ⠣研究生#⠂ ⠣qpcr#

YAP-TEAD的乳酸化促进Hippo通路靶基因表达第一步，YAP-TEAD的乳酸化促进Hippo通路靶基因的表达质核分离分析显示，乳酸强烈促进WT YAP的核定位，但不促进其K90R突变体的核定位，表明乳酸诱导的YAP激活需要K90乳酸化（图1e）。Co-IP实验发现乳酸增强TEAD1与WT YAP的相互作用，而不是其K90R突变体（图1f）。此外，乳酸增加了过表达WT YAP的细胞中CTGF和CYR61的mRNA水平，但过表达YAP K90R突变体的影响较小（图1g）。ChIP实验显示，乳酸处理增强了WT TEAD1在CTGF和CYR61启动子上的占据，而不是其K108R突变体（图1h）。表明细胞内乳酸促进了YAP-TEAD1的乳酸化水平和转录活性。第二步，YAP-TEAD1的乳酸化和泛素化之间的相互作用核质分离实验显示，大部分乳酸化的YAP和TEAD1定位在细胞核内，而s127磷酸化的YAP或泛素化的YAP和TEAD1主要分布在细胞质内（图1i-j）。乳酸处理降低了YAP-TEAD1的泛素化水平（图1k），促进了AARS1的核定位及其与YAP-TEAD的相互作用。此外，WT AARS1促进了YAP-TEAD1的乳酸化，但LS突变体没有（图1l）。表明YAP的乳酸化破坏了其易位进入细胞质后进行的泛素化。全文：【《JCI》解读：肿瘤乳酸化修饰与泛素化修饰对抗！丙烯酰tRNA合成酶AARS1乳酸化修饰YAP复合体促进信号传导】。如有相关科研问题，欢迎留言探讨。 #科研#⠂ #coip实验#⠂ #chip实验#⠂ #乳酸化#

Mi-2悤𝕥𝱥“黑色素Liu的免疫反应？为了确定Mi-2悤𝕥𝱥“黑色素瘤的免疫反应？进行微阵列分析。富集分析发现，Mi-2•𒩙䥐Ž，IFN-🡥𗩀š路被激活（图1a），IFN-𚔧픥Ÿ𚥛 和抗原呈递基因上调（图1b）。IFN-œ襅疫治疗应答中起关键作用。Mi-2𒉩𛘥’Œ抗PD-1治疗后Cxcl9和Cxcl10上调（图1c-e）。研究表明Mi-2›†于基因组转录起始位点，在转录抑制中起重要作用。为了研究Mi-2Š‘制IFN-🡥𗧚„分子机制，进行ATAC-seq（染色质可及性），发现基因座内ATAC-seq峰的变化与IFN-🡥𗧛𘥅𓯼ˆ图1f）。随后，ChIP分析结果显示Mi-2𘎃xcl9和Cxcl10的启动子结合（图1g）。表明，Mi-2š„缺失重塑染色质的可及性，促进导致其转录激活的ISG调控区域的暴露。全文分享可查阅：【《Nat Commun》解读：从药靶发现到药物研究看这一篇就够了！Mi-2€š过激活EZH2甲基化促进黑色素瘤免疫逃逸】。如有相关科研问题，欢迎留言探讨。 #科研#⠣研究生#⠂ #chip实验#⠂ #文献阅读#

circRNA如何调控LIG1转录表达？数据库分析筛选：通过FISH和核-细胞质RNA分离实验发现，circRNA主要分布在细胞核中。利用数据库（circAtlas2.0 database， ENCORI database; SPP database）分析发现，circRNA与LIG1启动子的结合蛋白有显著重叠，其中FOXA1是最显著的蛋白。进一步预测与FOXA1共同作用的蛋白，发现TET1与FOXA1结合。调控互作复合体验证：在GEM耐药株中，CoIP验证FOXA1和TET1相互作用；进一步沉默FOXA1和TET1后，LIG1表达降低，证实在耐药株中FOXA1/TET1复合体协同调控LIG1表达。进一步通过ChIRP和RIP实验证实circRNA能够与FOXA1和TET1蛋白结合。调控复合体功能：ChIP试验证实FOXA1和TET1结合在LIG1启动子的甲基化修饰区域，而circRNA的抑制降低了这种结合能力。MS-PCR实验显示，沉默circRNA或TET1增加了LIG1启动子的DNA甲基化水平，而过表达则相反。这些表明circRNA通过影响LIG1启动子甲基化水平，进而影响FOXA1/TET1复合体靶向结合LIG1启动子的能力。荧光素酶报告基因实验表明，沉默circRNA、FOXA1或TET1降低了LIG1启动子的转录活性，而过表达则增强了其转录活性。这些实验进一步表明circRNA/FOXA1/TET1对LIG1的促转录调控功能。结论：circRNA通过结合FOXA1和TET1增强了LIG1的转录。 #chip实验#⠂ #coip#⠂ #科研#⠣研究生#

ChIP-qPCR对照实验的三大关键要素在进行ChIP-qPCR实验时，对照实验的设计至关重要，它能帮助我们验证结果的准确性和特异性。以下是三种主要的对照类型，它们在实验中扮演着不可或缺的角色。引物对照 𐟧슥𜕧‰饯𙧅禘禍ˆ对那些不被特定蛋白结合的区域设计的引物。通过比较这些区域与目标区域的PCR结果，我们可以评估实验的准确性和可靠性。引物对照的存在，确保了实验结果不受非特异性结合的影响。抗体对照 𐟒‰ 抗体对照在ChIP-qPCR实验中同样至关重要。由于实验的结论准确性高度依赖于抗体的特异性结合效果，因此设计包含阴性抗体对照组的实验显得尤为重要。通过比较实验组和对照组的PCR结果，我们可以排除非特异性结合的干扰，从而提高实验的可靠性。样本对照 𐟌𑊥𝓥ꌦ𖉥Š样本间的比较，例如药物处理、生物或非生物胁迫处理时，设计样本对照是至关重要的。一个未经处理的对照组可以帮助我们了解处理组与对照组之间的差异。同样，如果您因缺乏特异性抗体而采用转基因技术将标签蛋白与目标蛋白融合，那么同样需要一个转基因的对照样本组。通过合理设计这三种对照实验，我们可以更有效地评估ChIP-qPCR实验结果的准确性和可靠性，从而得出更科学的结论。

chip实验h3对照 𐟧ꠥꌦ料主要试剂染色质免疫沉淀(CHIP)试剂盒 Anti-RNA polymerase II RPB1 抗体 Rabbit Control IgG Hieff⮠qPCR SYBR Green Master Mix(Low Rox Plus) 主要器材化学发光成像系统四维旋转混合仪荧光定量PCR仪智能恒温水浴锅细胞超声破碎仪电泳仪电源高速冷冻离心机 𐟔젥ꌦ�ꤊ细胞交联用1ml PBS重悬细胞加入28ul 37%甲醛（终浓度为1%），室温翻转孵育10分钟加入10㗧”˜氨酸至终浓度为1㗯𜌥𘩧🻨𝬥�‚𒵥ˆ†钟，终止交联 4℃，3000g，离心3分钟；弃上清液用1ml预冷的1X PBS重悬细胞，3000g，4℃，5分钟离心，去上清重复步骤e，沉淀可冻存于-80℃ 胞核制备和染色质碎裂用200ul Membrane Extraction Buffer（使用前加入2ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂）重悬细胞；冰上静置10分钟 4℃，3000g，离心3分钟；弃上清液用200ul MNase Digestion Buffer（使用前加入0.2ul DTT）重悬细胞核加入0.2ul MNase，吹打混匀；37℃水浴30分钟，期间每5分钟混匀一次加入20 MNase Stop Solution，混匀后冰上放置5分钟 4℃，9000g，离心5分钟；弃上清液用100 of 1X IP Dilution Buffer（使用前加入1ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂）重悬沉淀冰上超声打断5次，每次2分钟 4℃，9000g离心5分钟；转移上清到新的EP管中 𐟓 下期继续，敬请期待！

chip实验h3对照染色质免疫共沉淀（ChIP）是研究DNA与蛋白质相互作用的重要方法，深受科研人员的喜爱。通过这种方法，我们可以深入了解组蛋白修饰、转录调控和细胞凋亡等生物学过程。下面，我们来详细讲解一下ChIP实验的原理和步骤，以及一些需要注意的事项。实验原理 𐟧슥œ覴𛧻†胞状态下，通过甲醛固定DNA与蛋白质的复合物，然后使用微球菌核酸酶（Micrococcal Nucleas）将DNA随机切断成一定长度的小片段。接着，通过抗原-抗体特异性结合反应，将这些小片段富集并沉淀下来。最后，通过解除蛋白质和DNA的交联，分离出蛋白质，纯化DNA，并进行PCR检测，从而获取更多信息。实验步骤 𐟏튱%甲醛处理：使蛋白质与DNA交联。细胞裂解：采用微球菌核酸酶消化，形成染色质小片段。抗原-抗体反应：促进免疫沉淀反应。 NaCl、蛋白酶K处理：解除DNA-蛋白交联。 DNA纯化回收：分离出蛋白质，纯化DNA。琼脂糖凝胶电泳和RT-PCR：对DNA作进一步分析。注意事项 𐟓‹ 细胞数量：细胞数过多会导致交联时间增加，DNA片段过长易丢失；过少则DNA片段过短。需要通过预实验确定最佳细胞数。交联时间：推荐1%甲醛交联时间为5-60分钟。时间过长会导致片段过长，时间过短则交联不完全。对照组设置：内对照验证断裂效果，推算实验效率；阳性抗体对照用保守蛋白抗体；阴性对照用宿主血清蛋白。目标蛋白抗体：ChIP实验不同于常规免疫反应实验，因蛋白与DNA交联，抗体结合受空间阻碍影响。常规操作：ChIP实验步骤冗长复杂，涉及洗柱、离心、吸液、换管、孵育和震荡等多个步骤。操作虽基础，但每一步均需细致入微，对操作技巧要求严格。实验结果分析 𐟓Š Input DNA组：使用琼脂糖凝胶电泳，结果应显示DNA片段集中在150bp到350bp之间。 PCR扩增：对纯化DNA进行PCR扩增，再通过凝胶电泳分析对照情况。预期结果为：空白对照无条带，阴性对照条带弱或无，内对照和阳性对照条带强。只有满足这些条件，实验才为成功，可继续RT-PCR实验。通过以上步骤和注意事项，你可以更好地掌握染色质免疫共沉淀技术，从而在科研工作中取得更好的成果。

ChIP-Seq/ qPCR 检测验证要点： 1.实验设计：尽量进行实验组别设计和生物学重复检测，提高后续验证的阳性率。常规过表达单组（Ab IP vs IgG IP）；动态互作组学（实验组vs对照组vs IgG组）。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以ChIP-Seq数据进行互作组标准分析，则需要3-4组生物学重复；如果后续以寻找关键互作DNA片段，进行深入的机制研究，则建议1-2次生物学重复。根据经验，单次重复假阳性率达90%。ChIP-Seq建议设置实验组别和生物学重复检测。 2.蛋白表达和细胞量：细胞用量要不少于1E8（金标准：320g离心细胞量100，保障项目用量）。本底低表达的蛋白，建议使用过表达组进行检测。蛋白表达可根据WB结果或初步根据数据库判定（Proteomics DB，Human Protein Atlas）。 3.抗体关键质控：抗体特异性与亲和效价要高，尽量采用标签抗体或经过CoIP效果验证的抗体。抗体质量参差不齐（WB能检测到预期条带不到1/2，能检测到良好结果的不到1/4）和存在非特异性结合（几乎所有的抗体都存在非特异结合，部分非特异结合条带远大于目的条带），ChIP-Seq需做WB和IP-WB质控。抗体可参考数据库（Validated Antibody DB)。 4.IP送样建议：细胞培养好后，收集前，先进行甲醛交联，再收样冻存。 5.与蛋白互作DNA片段的筛选和验证：数据分析以信号强度作为强阳筛选，以文献查阅，功能匹配，批量ChIP-qPCR验证，提高验证成功率。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证优劣势：优势：高通量获得目的蛋白的专属DNA互作库，获得与目的蛋白的互作的DNA机制分子。劣势：ChIP-Seq的DNA库鱼龙混杂，包含与目的蛋白直接/间接的互作DNA，非特异结合，残留DNA。ChIP-Seq技术和分析门槛高；ChIP-qPCR验证成功率低，导致研发进展反复跌宕，时间和经费成本占用较大，严重影响士气。该项目的成功实施，比较依赖成熟和有分析经验的团队。广州基云，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有相关科研问题，欢迎留言探讨。 #chip实验#⠂ ⠣科研#⠂ ⠣研究生#

使用ChIP分析EP300获得性占位的特征研究人员进一步分析EP300、MYB、CBP、CEBPA、SPI1、RUNX1等复合体蛋白的ChIP数据、以及H3K27Ac ChIP和ATAC数据，通过比较药物处理1、2、6、48h演变的ChIP信号值，发现药物引发的EP300/CBP和转录因子（MYB、CEBPA、SPI1和RUNX1）的ChIP下调占位信号中，只有MYB和EP300/CBP具有类似的下调模式，其它转录因子的下调占位信号并未发生变化（图2①②）。这些表明药物的作用机制可能是通过干扰EP300对MYB转录因子的招募占位发挥功能，而不是通过其它的转录因子发挥功能。研究人员进一步对药物处理48h新增占位的位点进行富集分析，发现EP300显著富集到RFX5等新的转录位点处（图2③-⑤）。这些表明在药物处理48小时后，EP300被重新招募到新的转录调控位点处。结论：CCS1477处理AML细胞后，引发快速特异性的EP300占位动态变化，药物处理早期EP300脱离MYB等关键促癌转录因子位点；而在药物处理后期，EP300占位发生重新分配，占位到RFX5等促分化相关的位点上。从而发挥诱发白血病周期阻滞和促进其分化的生物学功能。全文分享可查阅：【《Cancer Cell》文献解读：使用ChIP技术开展临床试验药物CCS1477抑制EP300蛋白功能的药靶机理研究。】 #科研#⠂ #CHIP实验#⠂ #研究生日常#⠣实验室日常#

今天人生中第一次做chip 不是很难，但是要好久好久灭活蛋白酶K就要3小时而且要重复一遍另外孵育前前后后要六个小时我今天早上开始做做到，现在感觉实在是做不动了因为如果继续做的话，真的通宵才可以结束这个实验我看开了他确确实实是需要两天时间来做的今天我辅导员看到我的时候我没精打采了跟他打招呼他还问我最近怎么样是不是压力很大其实不是我就是从早做到晚累死了今天走了2w步东西院区来回跑[苦涩] 还不知道到底效果怎么样[苦涩]

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