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embl数据库在线播放_embl数据库入口(2024年12月免费观看)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：导读更新日期：2024-12-02

embl数据库

生物数据库整理指南：从零开始到进阶嘿，大家好！作为一个刚开始接触生物信息学的萌新，我整理了一份简单的生物数据库指南。希望对你们有帮助，如果有任何问题，欢迎随时留言哦！𐟍𕊦 𘩅𘥺列数据库 𐟓‘ 首先，我们来看看一些重要的核酸序列数据库。NCBI的Genbank和EMBL-EBI的ENA都是非常经典的数据库。除此之外，还有DDBJ、SIB、EMBnet、AGRIS、PKU-CBI等。这些数据库主要存储FASTA格式的核酸序列。参考序列数据库 𐟓š 接下来是参考序列数据库，比如NCBI的RefSeq和dbEST。RefSeq主要提供参考序列，而dbEST则包含表达序列标签。还有一些二级核酸序列数据库，比如ncRNAdb（非编码RNA数据库）和miRBase（microRNA数据库）。基因组站点 𐟌 基因组站点也是非常重要的资源，比如Ucsc的基因组浏览器、Ensembl和JCVI（微生物宏基因组数据库）。这些工具可以帮助你浏览和下载基因组数据。蛋白质序列数据库 𐟍— 蛋白质序列数据库主要包括SWISS-PROT、TrEMBL和PIR。SWISS-PROT是人工注释的，而TrEMBL则是计算机注释的。这些数据库都包含在一级蛋白质序列数据库UniProt中。UniProtKB是一个非常重要的数据库，可以与其他站点链接。蛋白质结构数据库 𐟏‹️‍♂️ 如果你对蛋白质结构感兴趣，那么PDB（蛋白质数据银行）是一个不错的选择。PDB包含一级、二级和三级结构信息，你可以通过旋转来查看蛋白质的三维结构。功能数据库 𐟌 最后，一些功能数据库也非常重要，比如KEGG（京都基因和基因组百科全书）、GO（基因本体数据库）、TCGA（癌症基因组图谱）、ENCODE（DNA元素百科全书）和OMIM（人类孟德尔遗传在线）。这些数据库提供了各种功能注释和基因组信息。希望这份指南能帮到你，如果有任何问题，随时欢迎留言哦！𐟍𕀀

肠道抗炎药物与精神障碍的神秘关系揭秘！ 𐟓… 今年5月，一篇名为《Association of intestinal anti-inflammatory drug target genes with psychiatric Disorders: A Mendelian randomization study》的论文发表，影响因子高达11.4分。这篇文章通过孟德尔随机化方法，探讨了肠道抗炎药物靶标基因与精神障碍之间的因果关系，并揭示了肠道微生物群在其中的潜在中介作用。 𐟔 数据来源：文章利用了现有的表达量定量性状位点（eQTL）和蛋白质QTL的汇总数据，这些数据来自GTEx项目及公共的GWAS数据，涵盖了多种精神障碍的病例和对照组数据。此外，还使用了ROSMAP的死后大脑样本数据及欧洲人群的肠道微生物群的GWAS数据。 𐟒ᠥˆ†析思路：选择肠道抗炎药物靶标：识别了五种非甾体抗炎药物，并在DrugBank和ChEMBL数据库中查找这些药物的靶基因。基因表达数据集：使用GTEx项目中的大脑eQTL数据，选择了与肠道抗炎药物靶标表达相关的基因作为工具变量（IVs）。结果数据：从公开的GWAS数据集中获取精神障碍的遗传预测因子，包括注意力缺陷多动障碍（ADHD）、自闭症谱系障碍（ASD）、强迫症（OCD）、双相情感障碍（BD）、精神分裂症（SZ）和重性抑郁障碍（MDD）。孟德尔随机化：使用肠道抗炎药物的蛋白质靶标的遗传变异作为IVs，进行两样本MR分析，以评估药物靶标基因表达与精神障碍之间的因果关系。敏感性分析：对显著的MR结果进行敏感性分析，包括使用欧洲人群的GTEx数据、使用肠道基因表达作为暴露、使用全血中的全显著cis-eQTL结果，进行贝叶斯共定位分析。两步MR中介分析：使用GWAS汇总数据，首先估计目标基因表达对中介（肠道微生物群）的因果效应，然后将中介作为暴露来评估对BD风险的因果效应。 𐟓Š 文章解释了MR分析结果，提出了olsalazine（一种抗炎药物）可能作为BD治疗的有前景的治疗候选药物，并强调了TPMT和ACAT1在未来药物开发中的重要性。

生物学家必备！测序神器来袭 𐟔 Expasy Expasy是一个集成了生物信息学工具和数据库的系统，专为生物学家设计，用于分析蛋白质序列和结构。它由瑞士生物化学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）开发和维护，全称为Expert Protein Analysis System。 Expasy的主要功能包括： 𐟓Š 蛋白质序列分析：提供多种工具，用于分析蛋白质序列的特征，如氨基酸组成、分子量、等电点、亲水性等。 𐟔砨›‹白质结构预测：包括二级结构预测、三级结构预测和蛋白质折叠模拟等多种预测工具。 𐟔젨›‹白质功能注释：利用多个工具预测蛋白质的功能和相互作用。 𐟓š 蛋白质数据库：维护了多个蛋白质数据库，如UniProtKB、Swiss-Prot和TrEMBL，包含大量已知蛋白质的序列、结构和功能信息。 𐟔젃onSurf ConSurf是一种计算方法，用于预测蛋白质序列中的保守性和变异性。它通过比较多个相关物种中的同源蛋白序列和结构，确定蛋白质序列中的保守位点和变异位点。 ConSurf的原理基于两个假设：1）保守位点在进化过程中更容易保持不变，而变异位点则更容易发生变异；2）保守位点在蛋白质的结构和功能中起到重要作用。

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