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甲基化修饰前沿信息_甲基化检测癌症几率(2024年11月实时热点)

内容来源：卡姆驱动平台所属栏目：教程更新日期：2024-11-28

甲基化修饰

DNA大小相同但电泳条带位置不同的原因 𐟌 在进行 DNA 电泳实验时，有时会发现 DNA 分子大小相同，但电泳条带位置却有所不同。这可能是由于以下原因： 1️⃣ 分子构象差异：即使 DNA 分子大小相同，它们的空间构象可能不同。例如，超螺旋的 DNA 分子比线性或环形 DNA 分子更加紧密，因此在电场中受到的阻力较小，迁移速度更快，导致在凝胶中的位置更靠前。 2️⃣ DNA 修饰：DNA 分子可能发生甲基化、磷酸化等修饰，这些修饰会改变 DNA 分子的电荷性质和空间结构，从而影响其在电场中的泳动速率。 3️⃣ 结合的其他分子：DNA 分子可能与其他蛋白质、金属离子或小分子化合物结合，这些结合物会增加 DNA 分子的质量和体积，改变其电荷分布，进而影响电泳迁移。 4️⃣ 凝胶的均匀度：如果制备的凝胶不均匀，存在局部孔径大小不一致的情况，相同大小的 DNA 分子在不同孔径区域的迁移速度会有差别，导致条带位置不同。 5️⃣ 电泳缓冲液：缓冲液的离子强度、pH 值等参数如果不一致，会影响 DNA 分子的解离状态和所带电荷，进而影响其在电场中的泳动速度。 𐟔 为了判断 DNA 大小相同但电泳条带位置不同的原因，可以通过以下几种方法：核酸构象分析：酶处理：使用能够特异性作用于不同构象 DNA 的酶进行处理，如拓扑异构酶。如果处理后电泳条带位置发生变化，可初步判断与构象有关。热变性实验：将样品进行加热处理，使 DNA 分子的二级结构打开，观察电泳条带的变化。如果加热后条带位置趋于一致，可能说明原始差异是由构象导致。检测 DNA 修饰：甲基化检测：使用甲基化特异性的抗体或化学检测方法，检测 DNA 是否存在甲基化修饰。其他修饰检测：针对可能的磷酸化等修饰，使用相应的检测试剂和方法进行检测。检测结合分子：蛋白酶处理：如果怀疑有蛋白质结合，使用蛋白酶处理样品后进行电泳，观察条带变化。金属离子螯合剂：加入金属离子螯合剂，去除可能结合的金属离子，观察电泳结果。凝胶检查：重复凝胶制备：重新制备凝胶，确保凝胶的浓度均匀、孔径一致，进行电泳对比实验，如果条带位置变化，说明原凝胶存在问题。缓冲液检查：更换缓冲液：使用标准缓冲液进行电泳，与原缓冲液的电泳结果对比，如果条带位置改变，说明缓冲液的离子强度或 pH 值等因素是影响因素之一。通过以上方法，可以更准确地确定 DNA 大小相同但电泳条带位置不同的原因。

重磅：北京大学张承（音译）团队探索用DNA表观遗传组标签储存数据获得可喜进展！论文发表在国际科学权威期刊《Nature/自然》上。数据存储遇到物理极限，随着全球数据量的爆发式增长，传统的电子存储方式（如硬盘）无法跟上需求；科学家一直在寻找更好的数据储存方式，DNA是极具吸引力的长期数据存储介质，DNA有巨大的存储容量，而且，如保护得当（避开紫外线等物理化学因素），可保存数十万年！但是，通过合成DNA序列来编码数据，非常昂贵且耗时！有没有更好的方案？ “表观遗传组标签”的创新：北大团队引入了表观遗传标记（如DNA上的甲基化修饰）来存储信息！所谓表观遗传学就是不改变DNA的序列，而是DNA的组成——碱基修饰（最常见是甲基化）以影响基因活性，这是生命科学范畴；但表观遗传组标签可“写成”二进制数据（1和0），达到记录信息的目的。优势：通过预制的DNA片段（真是妙极了），在上面添加或不添加表观遗传标记（甲基），这种方法有望大幅加快数据存储过程并降低成本，远优于合成DNA序列！目前，该团队成功将图片数据编码到DNA中，并通过读取DNA的表观遗传标记来还原这些图像；未来研究的重点将是扩展这种方法，以便能够处理更大规模的数据集。商业化挑战与未来潜力：尽管DNA修饰存储技术还有很长的路要走，尤其是成本和规模化问题，但这种技术可能在未来成为传统电子存储的颠覆性替代品！（一段小回忆：1988年我的博士面试题就是，“对DNA的未来有什么设想”？我真不知道将来做什么，那时连PCR都没有；就回答数据储存！即使到现在，我都无法想象如何实现DNA作为数据储存介质；我后来成为一位不大成功的分子生物学家，愧对我的博士导师马贤凯教授和博士后老师Judith Levin博士，遗憾的是，两位令人尊敬和富有成果的科学家在今年先后病逝！）「健闻登顶计划」「表观遗传学储存数据」「我的防护手册」

医学类国自然青年基金标书范文 𐟓Š 青年项目国自然基金标书范文！无删减版 𐟔젥ꌦ‰‹段：免疫组学染色法检测宫颈癌组织中YTHDF2的表达组织标本经甲醛固定后石蜡包埋，连续3-4um切片，采用免疫组织化学法染色。常规石蜡切片脱蜡脱水，采用柠檬酸缓冲液抗原修复后，灭活内源性过氧化物酶。PBS清洗3次，山羊血清37℃封闭30min，倾去血清，滴加兔抗YTHDF2抗体。 𐟔젧𛆨ƒž系复苏、传代、培养及慢病毒包装、感染细胞及筛选、分组：细胞系复苏、传代细胞系培养及慢病毒包装感染细胞及筛选分组：YTHDF2-sh1组、YTHDF2-sh2组、YTHDF2-shNC组 𐟔젦ž„建宫颈癌小鼠模型，注射药物，检测宫颈癌细胞YTHDF2的mRNA水平、蛋白水平、增殖情况和细胞凋亡：注射药物给药3周后测定肿瘤mRNA水平、蛋白水平、增殖情况和细胞凋亡 𐟔젥ˆ†析m6A甲基化修饰调控结合蛋白YTHDF2对宫颈癌发病及顺铂耐药的相关机制：免疫组学染色法检查宫颈癌组织中YTHDF2的表达组织标本经甲醛固定后石蜡包埋，连续3-4um切片，采用免疫组织化学法染色。常规石蜡切片脱蜡脱水，采用柠檬酸缓冲液抗原修复后，灭活内源性过氧化物酶。PBS清洗3次，山羊血清37℃封闭30min，倾去血清，滴加兔抗YTHDF2抗体。 𐟓Š 整理数据，撰写报告：整理实验数据撰写实验报告通过以上方法，我们旨在探究YTHDF2在宫颈癌发病及顺铂耐药中的具体作用，为后续的治疗和预防提供理论依据。

QuikChange法突变，详解！ QuikChange法适用于点突变（或相邻多个位点突变）、基因删除、小片段基因插入或替换。虽然其他步骤相同，但引物设计略有差异。以下是详细原理和操作方法：简要原理 𐟓œ QuikChange法相当于对整个质粒进行PCR（环P）。利用带有反向互补序列的引物，将整个质粒进行PCR扩增。PCR过程中，质粒形成环状，转化大肠杆菌后缺口被修补。实验方法 𐟧ꊤ𛥥Œ链质粒为模板进行PCR扩增（PCR退火温度根据引物确定，延伸时间根据整个质粒长度及DNA聚合酶确定）。模板量可以减少到1-5ng/50，循环数可减少至25-28个。 PCR条件示例 𐟔効5℃，5min，1循环 95℃，30s 60℃，30s 72℃，4min，25循环 72℃，10min，1循环 PCR后最好先跑胶确认有没有条带。虽然有很多人说PCR后没有条带也正常，转化依然可以长出菌落，但个人经验：如果无条带或者条带弥散，转化大概率不会长。 Dpn酶切 𐟔ꊦ‰饢ž产物用Dpn酶切去除甲基化的质粒模板。Dpn酶切条件示例： 10㗢uffer：2 DpnI：1 37℃孵育2小时。转化与验证 𐟧슥𐆩…𖥈‡后的产物转化DH5a/Top10感受态细胞，进行菌落PCR和测序验证。详细原理 𐟔스𛥨𔨧𒒄NA作为模板，在高保真聚合酶作用下，使用两条具有同源序列的引物引导DNA合成。两条引物内均含有预定突变位点，经过多轮热循环，双链质粒DNA的全长均以线性形式扩增。由于引物含有同源序列，最终产生DNA双链带交错缺口的突变质粒。经过高保真酶扩增而得到的DNA产物具有缺口，DNA链的磷酸二酯键并未闭合，非闭合环形质粒同样也能被大肠杆菌细胞吸收，断裂的缺口可在质粒进入感受态细胞内后被修补。甲基化修饰 𐟧ꊥŽŸ来的模版质粒来源于常规大肠杆菌，是经dam甲基化修饰的，对Dpnl敏感而被切开（Dpnl识别序列为甲基化的GATC，GATC在几乎各种质粒中都会出现，而且不止一次）。而体外合成的带突变序列的质粒由于没有甲基化而不被切开，因此在随后的转化中得以成功转化，即可得到突变质粒的克隆。通过以上步骤，你就可以成功设计并操作QuikChange法突变引物啦！

什么是ChIP-seq？一文带你搞懂！ 𐟧젤𛀤𙈦˜IP-seq？ ChIP-seq其实是个组合拳，包括染色质免疫共沉淀（ChIP）和二代测序（seq）。简单来说，ChIP是用来研究蛋白质和DNA之间相互作用的技术，而ChIP-seq则是通过二代测序来分析这些相互作用。这个技术主要有两大类应用：转录因子（TF）的ChIP-seq和组蛋白（Histone）的ChIP-seq。转录因子的ChIP-seq 转录因子是那些能结合到基因上游特定序列上的蛋白质。它们就像反式作用因子，和真核基因的顺式作用元件（比如启动子、增强子）相互作用，从而激活或抑制基因的转录。所以，转录因子的ChIP-seq主要是用来确定这些蛋白质是否结合到特定的基因组区域，比如启动子或其他DNA结合位点。组蛋白的ChIP-seq 组蛋白的ChIP-seq则主要是用来研究组蛋白修饰的情况。组蛋白是染色质的基本组成部分，它们的N端有一段富含赖氨酸和精氨酸的“尾巴”，这些尾巴上的氨基酸可以被各种修饰酶催化添加各种修饰基团，比如磷酸化、甲基化、乙酰化和泛素化等。这些修饰对基因表达的调控非常重要。在组蛋白修饰中，甲基化和乙酰化是最常见的两种修饰。比如，H3K4me3、H3K36me3、H3K79me3等甲基化修饰通常激活转录，而H3K9me3、H3K27me3等甲基化修饰则抑制转录。通过组蛋白特异性抗体，我们可以将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来，然后通过测序来获取组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定这些修饰相关的特定位点和修饰酶类的靶标。结语 ChIP-seq技术在表观遗传学研究中有着非常重要的作用。无论是转录因子的研究还是组蛋白修饰的研究，这个技术都能提供非常宝贵的数据。如果你也在做相关的实验，不妨考虑一下这个强大的工具吧！

蛋白质修饰鉴定：从零开始到精通蛋白质的翻译后修饰（PTM）是一个复杂但非常重要的过程。简单来说，蛋白质的不同氨基酸位点在酶的作用下，可以共价结合不同的官能基团，从而形成多种类型的修饰。这些修饰包括磷酸化（Phosphorylation）、乙酰化（Acetylation）、泛素化（Ubiquitination）和甲基化（Methylation）等。要进行修饰鉴定，我们不仅需要确认修饰的位点，还要鉴别修饰基团的种类。修饰后的蛋白质在分子质量上会有所增加，而每种官能基团的分子质量是已知的。通过检测这种增加的分子质量，我们就可以确定修饰的类型。质谱技术在这个过程中起到了关键作用。它能够检测到这种分子质量的变化，从而定性地鉴定修饰类型。结合一级/二级质谱数据和相关理论数据库以及生物信息学分析方法，我们还能确定修饰发生的氨基酸位点并进行相对定量。总之，蛋白质修饰鉴定是一个多学科交叉的领域，需要一定的基础知识和实验技能。希望这篇文章能帮你更好地理解这个过程！𐟔찟“Š

𐟧절3K27me3修饰解析 𐟔 真核生物的染色质由核小体构成，每个核小体包含组蛋白八聚体和约147bp的DNA。组蛋白N端“尾巴”上的氨基酸可被修饰，如赖氨酸可被乙酰化或甲基化。 𐟒᠈3K27me3是一种特殊的组蛋白修饰，其中H3代表组蛋白H3，K27指的是第27位的赖氨酸，me3表示该赖氨酸上发生了三次甲基化修饰。 𐟔’ 这种修饰通常与基因表达的沉默相关，因为沉默型组蛋白修饰如H3K9me3、H3K27me3会导致核小体间排列更紧密，从而抑制基因表达。 𐟔堧›𘦯”之下，激活型修饰如H3K4me3和H3K27ac则会导致核小体间排列更松散，激活基因表达。 𐟓Œ H3K4me1和H3K27ac还可作为超级增强子的标志，与转录调控密切相关。了解这些修饰有助于更深入地理解基因表达调控的机制。

表观组学与转录组学的奇妙世界表观组学和转录组学是生物学领域的两大研究热点，它们分别关注基因表达和调控的可遗传变化以及RNA转录本的变化。𐟔 表观组学专注于在不改变DNA序列的情况下，通过表观遗传修饰（如甲基化、乙酰化等）来调控基因的表达和性状的变化。这种调控可以在不同的时间和环境条件下发生，从而影响生物体的生命活动。𐟌𑊊转录组学则主要研究RNA转录本的变化、转录调控以及与表观遗传学的联系。它主要关注基因表达的起始阶段，即RNA的合成和修饰过程。而表观组学则更侧重于基因表达的终末阶段，即RNA的翻译和修饰过程。𐟓œ 近年来，随着单细胞测序技术的发展，表观组学和转录组学逐渐结合起来，共同研究基因表达和调控的可遗传变化。这种联合研究不仅有助于我们更深入地理解生命的本质，还为疾病诊断和治疗提供了新的思路和方法。𐟒Š

circRNA如何调控LIG1转录表达？数据库分析筛选：通过FISH和核-细胞质RNA分离实验发现，circRNA主要分布在细胞核中。利用数据库（circAtlas2.0 database， ENCORI database; SPP database）分析发现，circRNA与LIG1启动子的结合蛋白有显著重叠，其中FOXA1是最显著的蛋白。进一步预测与FOXA1共同作用的蛋白，发现TET1与FOXA1结合。调控互作复合体验证：在GEM耐药株中，CoIP验证FOXA1和TET1相互作用；进一步沉默FOXA1和TET1后，LIG1表达降低，证实在耐药株中FOXA1/TET1复合体协同调控LIG1表达。进一步通过ChIRP和RIP实验证实circRNA能够与FOXA1和TET1蛋白结合。调控复合体功能：ChIP试验证实FOXA1和TET1结合在LIG1启动子的甲基化修饰区域，而circRNA的抑制降低了这种结合能力。MS-PCR实验显示，沉默circRNA或TET1增加了LIG1启动子的DNA甲基化水平，而过表达则相反。这些表明circRNA通过影响LIG1启动子甲基化水平，进而影响FOXA1/TET1复合体靶向结合LIG1启动子的能力。荧光素酶报告基因实验表明，沉默circRNA、FOXA1或TET1降低了LIG1启动子的转录活性，而过表达则增强了其转录活性。这些实验进一步表明circRNA/FOXA1/TET1对LIG1的促转录调控功能。结论：circRNA通过结合FOXA1和TET1增强了LIG1的转录。 #chip实验#⠂ #coip#⠂ #科研#⠣研究生#

表观遗传学：高中生物学的全新视角表观遗传学，这个近年来备受关注的领域，为高中生物学课程提供了全新的视角。𐟌𑠤𛎨ᨨ炩—传学的视角审视高中生物学中的一些事实与概念，我们发现了一些令人兴奋的结论。 𐟔 细胞分化的实质性原因传统观点认为，细胞分化是由于基因的选择性表达。但表观遗传学告诉我们，细胞分化不仅仅是基因表达的问题，还涉及到表观遗传修饰的加入。这些修饰包括DNA的甲基化和组蛋白的化学修饰，它们能够开启或关闭不同的基因群，从而影响细胞的命运。 𐟌 生物进化的新理解表观遗传学对生物进化的理解也带来了新的启示。虽然基因的突变是进化的主要驱动力，但表观遗传修饰也在其中发挥了重要作用。这些修饰可以在代际间传递，影响后代的表现型。因此，环境因素对生物的影响可能比我们之前认为的要深远得多。 𐟧젨ᨨ炩—传学与基因组印迹表观遗传学还揭示了基因组印迹的存在。某些基因只在父母一方表达，这种差异导致了父母对后代的影响。例如，Igf2基因和H19基因的印记区域，它们在胚胎发育和生长中起着关键作用。 𐟌𑠨ƒš胎干细胞的发育全能性胚胎干细胞的发育全能性也与表观遗传学紧密相关。在受精过程中，精子和卵细胞中的表观遗传修饰信息被重新编程，从而赋予了胚胎干细胞发育的全能性。 𐟌🠨ᨨ炩—传学与进化理论的挑战表观遗传学的出现对经典遗传学和进化论提出了挑战。它认为，环境因素可以通过表观遗传修饰影响生物的性状，这些性状可以在代际间传递。这可能与拉马克的进化理论相契合，但与经典遗传学的观点相冲突。 𐟔젨ᨨ炩—传学的未来随着表观遗传学研究的深入，我们有望更全面地理解生物学的复杂现象。这不仅能够帮助我们更好地解释高中生物学中的一些事实与概念，还为药物研发和疾病治疗提供了新的思路。综上所述，表观遗传学为高中生物学课程带来了全新的视角和挑战。通过深入研究和探索，我们有望更全面地理解生命的本质和进化的奥秘。𐟌Ÿ

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