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RNA琼脂糖凝胶电泳实验指南 𑊤𘀣实验目的 掌握植物总RNA的非变性胶电泳原理和方法。 二、实验材料、器具及药品 材料:蘑菇的总RNA溶液。 器具:电泳仪、电泳槽、电子天平、移液器、枪头、微波炉、紫外透射检测仪。 药品:琼脂糖、1XTAE电泳缓冲液、0.5/ml溴化乙锭(EB)10X载样缓冲液。 三、实验步骤 非变性琼脂糖凝胶电泳 用1XTAE电泳缓冲液制作琼脂糖凝胶,加1XTAE电泳缓冲液至液面覆盖凝胶。 在超净工作台上,用移液器吸取总RNA样品4于封口膜上。在实验台上再加入51XTAE电泳缓冲液及110X载样缓冲液,混匀后,小心加入点样孔。 打开电源开关,调节电压至100V,使RNA由负极向正极电泳,约30分钟后将凝胶放入EB染液中染色5分钟,用清水稍微漂洗。在紫外透射检测仪上观察RNA电泳结果。 变性琼脂糖凝胶电泳 试剂: MOPS缓冲液(10X):0.4mol/L吗啉代丙烷磺酸(MOPS)(Ph7.0),0.1mol/LNaAc,10mol/LEDTA。 上样染料:50%甘油,1mmol/LEDTA,0.4%溴酚蓝,0.4%二甲苯蓝。 甲醛。 去离子甲酰胺。 电泳槽清洗:去污剂洗干净(一般浸泡过夜)——水冲洗——乙醇干燥——3%H2O2灌满——室温放置10分钟——0.1%DEPC水冲洗。 操作: 将制胶用具用70%乙醇冲洗一遍,晾干备用。 配制琼脂糖凝胶: 称取0.5g琼脂糖,置干净的100ml锥形瓶中,加入40ml蒸馏水,微波炉内加热使琼脂糖彻底溶化均匀。 待胶凉至60-70℃,依次向其中加入9ml甲醛、5ml10X MOPS缓冲液和0.5ul溴化乙锭,混合均匀。 灌制琼脂糖凝胶。 样品准备: 取DEPC处理过的500ul小离心管,依次加入如下试剂:10X MOPS缓冲液2ul,甲醛3.5ul,甲酰胺(去离子)10ul,RNA样品4.5ul,混匀。 将离心管置于60℃水浴中保温10分钟,再置冰上2分钟。 向管中加入3ul上样染料,混匀。 上样。 电泳:电泳槽内加入1X MOPS缓冲液,于7.5V/ml的电压下电泳。 电泳结束后,在紫外灯下检查结果。
RNA琼脂糖凝胶电泳实验全攻略 🠥ꌧ 通过学习RNA琼脂糖凝胶电泳实验,掌握植物总RNA非变性胶电泳的基本原理和方法。 젥ꌥ理 RNA电泳实验可以在变性或非变性条件下进行。非变性电泳通常使用1.0%-1.4%的凝胶,使不同RNA条带分开,但无法判断分子量。变性条件下,RNA的泳动率与分子量对数呈线性关系,可用于测定RNA分子量。快速检测总RNA样品完整性时,普通1%琼脂糖凝胶即可满足实验要求。 ꠥꌦ料与器具 蘑菇的总RNA溶液 电泳仪、电泳槽 电子天平、移液器、枪头 微波炉、紫外透射检测仪 琼脂糖、1XTAE电泳缓冲液 0.5/ml溴化乙锭(EB)10X载样缓冲液 实验步骤 制作琼脂糖凝胶:用1㗔AE电泳缓冲液制作琼脂糖凝胶,加1㗔AE电泳缓冲液至液面覆盖凝胶。 样品准备:在超净工作台上,用移液器吸取总RNA样品4于封口膜上。再加入5 1㗔AE电泳缓冲液及1 的10X载样缓冲液,混匀后,小心加入点样孔。 电泳:打开电源开关,调节电压至100V,使RNA由负极向正极电泳,约30分钟后将凝胶放入EB染液中染色5分钟,用清水稍微漂洗。在紫外透射检测仪上观察RNA电泳结果。 变性琼脂糖凝胶检测 所需试剂: MOPS缓冲液(10x):0.4mol/L;吗啉代丙烷磺酸(MOPS) (Ph7.0);0.1mol/L NaAc;10mol/L EDTA 上样需要的染料:50%甘油;1mol/L EDTA;0.4%溴酚蓝,0.4%二甲苯蓝 甲醛 去离子甲酰胺 砥ꌦ作步骤: 制胶:将制胶用具用70%乙醇冲洗一遍,晾干备用。称取0.5g琼脂糖,置干净的100ml锥形瓶中,加入40ml蒸馏水,微波炉内加热使琼脂糖彻底溶化均匀。待胶凉至60-70℃,依次加入9ml甲醛、5ml 10X MOPS缓冲液和0.5ul溴化乙锭,混合均匀。灌制琼脂糖凝胶。 样品准备:取DEPC处理过的500ul小离心管,依次加入如下试剂:10x MOPS缓冲液2ul,甲醛3.5ul,甲酰胺(去离子)10ul,RNA样品4.5ul,混匀。将离心管置于60℃水浴中保温10分钟,再置冰上2分钟。向管中加入3ul上样染料,混匀。 上样与电泳:电泳槽内加入1XMOPS缓冲液,于7.5V/ml的电压下电泳。电泳结束后,在紫外灯下检查结果。 案例分析 Agarose gel electrophoresis showing total RNA extracted from P. orientalis leaves using five RNA isolation methods: CTAB method (lane 1), SDS method (lane 2), TRIzol method (lane 3), plant RNAout kit protocol (lane 4), and Improved plant RNAout kit protocol (lane 5).
WB缓冲液配方大全,实验必备! 上样缓冲液 SDS 上样缓冲液(Laemmli 缓冲液):63 mM Tris-HCl、10% 甘油、2% SDS、0.0025% 溴酚蓝,pH 6.8 2X 储存液配方 LDS上样缓冲液:106 mM Tris-HCl、141 mM Tris base、2% LDS、10% 甘油、0.51 mM EDTA、0.22 mM SERVA Blue G250、0.175 mM 酚红,pH 8.5 4X 储存液配方 电泳缓冲液 Tris- 甘氨酸 SDS 电泳缓冲液:25 mM Tris base、192 mM 甘氨酸、0.1% SDS,pH 8.3 Tris- 甘氨酸非变性电泳缓冲液:25 mM Tris base、192 mM 甘氨酸,pH 8.3 MOPS SDS 电泳缓冲液:50 mM MOPS、50 mM Tris base、0.1% SDS、1 mM EDTA,pH 7.7 MES SDS 电泳缓冲液:50 mM MES、50 mM Tris base、0.1% SDS、1 mM EDTA,pH 7.3 Tricine SDS 电泳缓冲液:100 mM Tris base、100 mM tricine、0.1% SDS,pH 8.3 转印缓冲液 Tris-甘氨酸转印缓冲液:12 mM Tris base、96 mM 甘氨酸, pH 8.3 Bis-Tris 转印缓冲液:25 mM bicine、25 mM Bis-Tris(游 离碱)、1 mM EDTA,pH 7.2 这些配方是进行WB实验时常用的缓冲液配方,根据实验需求选择合适的缓冲液,以确保实验结果的准确性。
WB实验失败?5个常见原因及解决方法 1. 样品质量问题: 样品蛋白质浓度过低:通常,WB实验建议加载10-30 的蛋白质。如果信号太弱,可以尝试增加样品量,但不要超过膜的承载能力。可以使用醋酸盐沉淀法或超滤浓缩法进行样品浓缩。 样品蛋白质降解:使用蛋白酶抑制剂和磷酸酶抑制剂来保护样品,避免蛋白质降解。样品的处理和保存也要注意,例如快速冻存样品并在低温条件下保存。 样品受到污染:确保实验过程中使用的试剂和器材干净,并进行适当的对照实验。例如,使用纯化的蛋白质作为阳性对照,同时进行阴性对照实验。 蛋白质转印问题: 转印条件不正确:优化电流强度、转印时间和缓冲液成分。通常,常规WB实验使用200-400 mA的电流强度,转印时间为1-2小时。优化缓冲液的成分,例如使用含有甲胺基甲酸盐(MOPS)或三甲基氨基甲酸盐(CAPS)的转印缓冲液,以提高转印效率。 膜没有完全均匀湿透:使用100%甲醇浸透膜,确保膜表面均匀湿润。在转印之前,将膜放入100%甲醇中浸泡5-10分钟,然后将其转移到转印缓冲液中进行转印。 抗体问题: 抗体特异性不足:选择具有高特异性的抗体。可以通过文献调研、厂家推荐或其他实验室的经验来选择抗体。此外,进行充分的验证和优化,例如通过Western blot实验使用阳性和阴性对照来验证抗体的特异性。 抗体效力不足:根据实验的需要,尝试使用更高浓度的抗体。通常,建议使用1:1000至1:5000的稀释倍数。也可以优化抗体结合条件,例如优化阻断剂的浓度和洗涤缓冲液的成分。 阻断和洗涤条件问题: 阻断剂浓度不足:增加阻断剂的浓度,通常建议使用3-5%的脱脂奶粉或1-3%的牛血清白蛋白(BSA)。优化阻断时间,通常建议阻断1-2小时。 洗涤缓冲液成分不适合:优化洗涤缓冲液的成分和浓度,例如添加Tween-20或Triton X-100来增加洗涤缓冲液的洗涤效果。优化洗涤时间,通常建议进行3-5次洗涤,每次洗涤5-10分钟。 显色问题: 显色时间过长或过短:根据实验条件和试剂的建议,控制好显色时间。通常,常规WB实验的显色时间为1-5分钟。如果信号过强,可以缩短显色时间,如果信号过弱,可以延长显色时间。 在实际操作中,还需要根据具体实验条件和样品特性进行进一步的优化和调整。
电泳条件 传统电泳液的局限性 在实验室中,传统的Tris-Glycine-SDS缓冲液被广泛使用。然而,这种电泳液在使用时电压不能过高,通常不超过150V,否则会导致缓冲液过热,蛋白降解。因此,需要在低温条件下进行电泳(冰浴)。此外,传统电泳液的速度较慢,例如在150V电压下,10*8cm的胶大约需要90分钟才能将15-170KD的蛋白完全分开。 快速电泳液的优点 快速电泳液允许电压增加到250V,且缓冲液不会过热,不会导致蛋白降解,无需低温条件。它能在30分钟内将15-170kD的蛋白分开,大大提高了电泳效率。 Bis-Tris体系 MES-SDS电泳缓冲液和MOPS-SDS电泳缓冲液适用于Bis-Tris Plus预制胶。MES具有较低的pKa,使得MES-SDS电泳缓冲液的速度比MOPS-SDS更快。MOPS-SDS电泳缓冲液推荐用于分离中等至高分子量的蛋白质,而MES-SDS电泳缓冲液则适合分离低至中分子量的蛋白质。 凝胶系统 SDS电泳缓冲液 Bis-Tris体系 MES-SDS:MES (50mM)、Tris base (50mM)、SDS (0.1%)、EDTA (1mM)、pH 7.3 MOPS-SDS:MOPS (50mM)、Tris base (50mM)、SDS (0.1%)、EDTA (1mM)、pH 7.7 Tris-HEPES体系 HEPES-SDS电泳缓冲液专门用于HEPES预制胶,适用于多种样本类型和宽范围分子量的蛋白,具有分离效果优良、条带清晰锐利等优点,同时还大大缩短了电泳时间。 凝胶系统 SDS电泳缓冲液 Tris-HEPES HEPES-SDS:Tris base (50mM)、HEPES (50mM)、SDS (0.1%)、pH 7.7
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